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微卫星不稳定性（Microsatellite instability,MSI）对于多种实体瘤患者具有重要临床意义。过去以多重荧光聚合酶链式反应（Polymerase chain reaction,PCR）毛细管电泳法作为MSI检测的金标准。近年来，NGS panel开始用于MSI检测，使用计算工具同时研究基因组上的微卫星序列成为可能。并且NGS panel还可以基于血液样本评估患者的MSI状态，这为组织样本不足或难以获取的患者提供了新选择[1]。  图1 IHC、PCR和NGS方法学特点比较 目前，基于血液样本的b-MSI检测仍处于验证阶段，马里兰大学研究团队设计了一个58 基因panel（98kb），覆盖了BAT25、BAT26、MONO27、NR21、NR24共5个单核苷酸微卫星位点，采用Barcoding和DPF方法判断血液样本的MSI状态。检测结果与PCR毛细管电泳法进行一致性分析，并结合真实世界临床数据，验证该方法的有效性。新方法的判断标准为，若有2个及其以上位点不稳定，则该样本为MSI-H[2]。  研究团队首先设计了一款125基因panel,除上述5个微卫星位点外，又增加65个微卫星位点，NGS测序61例MSI状态已知（31例MSI-H，30例MSS）的肿瘤组织样本及其对照样本，灵敏度和特异性均为100%。通过比较MSI-H肿瘤样本和对照样本的微卫星序列，发现微卫星不稳定表现为重复序列变短。这为新方法仅仅分析微卫星重复序列缺失奠定了基础。  随后，研究团队纳入29例MSI状态已知的肿瘤患者（23例MSI-H，6例MSS）和163例健康人（MSS）的血液样本。基于59 gene panel NGS检测结果提示，18例MSI-H和174例MSS。总体样本来看，该方法的灵敏度和特异性分别为78.3%（18/23）和99.4%（168/169），即检出5例假阴性患者，1例假阳性健康人。 仔细分析5例假阴性样本，发现与血液样本中来源于肿瘤细胞的DNA等位基因变异丰度（mutant allele fraction,MAF）相关。单核苷酸微卫星位点loci的MAF定义为，微卫星不稳定位点的最短reads数量与该位点所有reads数量的比值。研究发现，5例假阴性样本，2例未检出ctDNA，2例患者的MAF平均值仅为0.4%和1.1%，剩余1例样本的平均MAF为24.7%。这表明，对于ctDNA含量较低的样本，该方法检测结果存在假阴性的可能。  上述29例患者（18例b MSI-H，11例b MSS）均接受PD-1免疫检查点抑制剂治疗,中位无进展生存期（mPFS）分别是16.2mvs2.8m（HR:0.21,p=0.001）,中位总生存期（mOS） 分别是16.3mvs6.9m（HR:0.41,p=0.063）。尽管与MSS患者相比，MSI-H患者显示出生存获益，但mOS差异并未有统计学意义。如果排除4例ctDNA含量不足的患者后，再次数据分析会发现，mPFS和mOS的HR值分别是0.15(p=0.001)和0.26（p=0.01）。   目前，绘真医学的肠癌8基因系列产品和胃食管癌9基因系列产品均采用该检测方法，可以基于血液样本同时报出患者的驱动基因变异、MSI状态以及化疗相关基因多态性，从而辅助临床医生制定靶向、免疫和化疗方案，为组织样本不足或难以获取的胃肠道肿瘤患者提供了新的MSI检测解决方案。   1.结直肠癌及其他相关实体瘤微卫星不稳定性检测中国专家共识[J].中华肿瘤杂志,2019(10):734-735-736-737-738-739-740-741.2.Georgiadis A, Durham JN, Keefer LA, et al. Noninvasive Detection of Microsatellite Instability and High Tumor Mutation Burden in Cancer Patients Treated with PD-1 Blockade. Clin Cancer Res. 2019;25(23):7024-7034. doi:10.1158/1078-0432.CCR-19-1372. |
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