【原】IMvigor210CoreBiologies中DESeq包安装体会

健明 2022-03-20

展开全文

前言

最近想研究一下IMvigor210 cohort，生信技能树已经把指南写得很清楚了IMvigor210CoreBiologies包安装指北，但是今天发现了一个bug，花了我几个小时时间，总算找出答案~~~~我把整个过程写下来，研究之后发现，R包的安装有时候真是一把辛酸泪。

首先我们按照流程来

我的R版本是4.1

version                      
#platform       x86_64-w64-mingw32          
#arch           x86_64                      
#os             mingw32                     
#system         x86_64, mingw32             
#status                                     
#major          4                           
#minor          1.0                         
#year           2021                        
#month          05                          
#day            18                          
#svn rev        80317                       
#language       R                           
#version.string R version 4.1.0 (2021-05-18)
#nickname       Camp Pontanezen

我们直接先本地安装，先按照生信技能树教程的指引，去网站下载IMvigor210CoreBiologies_1.0.0.tar.gz和DESeq_1.38.0.tar.gz两个文件，然后本地安装，接着就报错了。

install.packages("IMvigor210CoreBiologies_1.0.0.tar.gz",repos=NULL)
#这个是可以安装成功的
load("cds.RData")
#Warning: namespace 'DESeq’ is not available and has been replaced
#by .GlobalEnv when processing object 'cds’. 载入需要的程辑包：DESeq
#Failed with error:  '程辑包'DESeq’是在R版本3.0.0之前建的：你得重新安装’
#Error in .requirePackage(package) : unable to find required package 'DESeq’.
install.packages('DESeq')
#Warning in install.packages :package 'DESeq’ is not available for this version of R
#A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
#see the ideas at https://cran./doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages

可以看到有2个报错，一个是当我load数据集cds.RData的时候，提示了DESeq包得重新安装，第二个是无法安装DESeq包，也就是说关键在于DESeq包是否成功安装。

那么有没有可能是devtool包的问题，我接着操作了一下,发现devtools是没问题的，我之前有安装过了。

library(devtools)
#载入需要的程辑包：usethis
#Warning messages:
#1: 程辑包'devtools’是用R版本4.1.2 来建造的 
#2: 程辑包'usethis’是用R版本4.1.2 来建造的 
# devtools::find_rtools()
[1] TRUE

那么我们重新找安装DESep包的办法，采用最官方的语句安装

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
   BiocManager::install("DESeq")
#Warning message:
#package(s) not installed when version(s) same as current; use `force = TRUE` to
#re-install: 'DESeq' 
load("cds.RData")
#Warning: namespace 'DESeq’ is not available and has been replaced
#by .GlobalEnv when processing object 'cds’
#载入需要的程辑包：DESeq
#Failed with error:  '程辑包'DESeq’是在R版本4.0.0之前建的：你得重新安装’
#Error in .requirePackage(package) : 
#unable to find required package 'DESeq’

#按照它的要求，加上force=TRUE
if (!requireNamespace("BiocManager", force=TRUE)
    install.packages("BiocManager")
   BiocManager::install("DESeq")
#Warning message:
#package(s) not installed when version(s) same as current; use `force = TRUE` to
#re-install: 'DESeq' 
load("cds.RData")
#Warning: namespace 'DESeq’ is not available and has been replaced
#by .GlobalEnv when processing object 'cds’
#载入需要的程辑包：DESeq
#Failed with error:  '程辑包'DESeq’是在R版本4.0.0之前建的：你得重新安装’
#Error in .requirePackage(package) : 
#unable to find required package 'DESeq’

可以看到，这两次安装都有warning,但是没报错，不过仍然无法顺利的load("cds.RData"),所以DESeq仍没有被正确安装。我去看了一下bioconductor对这个包的注释，发现这个包还有一个本地的安装包可以用，就是红色线上的“DESeq_1.38.0.zip”，我下载下来，本地安装一下，发现成功安装了，但是仍然没作用~~

install.packages("DESeq_1.38.0.zip", repos = NULL, type = "win.binary")
#package 'DESeq’ successfully unpacked and MD5 sums checked
load("cds.RData")
#Warning: namespace 'DESeq’ is not available and has been replaced
#by .GlobalEnv when processing object 'cds’
#载入需要的程辑包：DESeq
#Failed with error:  '程辑包'DESeq’是在R版本4.0.0之前建的：你得重新安装’
#Error in .requirePackage(package) : 
#unable to find required package 'DESeq’

我回头去看了一下原文的代码，发现作者竟然是没有安装DESeq这个包的[TGF-b attenuates tumor response to PD-L1 blockade by contributing to exclusion of T cells ()(http://research-pub./IMvigor210CoreBiologies/#raw-image-data)]，跟他很像的是DESeq2,但是不是这个啊，这个我有library之后，仍然无效。

我们不要灰心，把各种报错信息放到网上找一下答案。试一下这个，不行~~

也有人说现在建议使用DESeq2代替DESeq,但是我已经试过了，没效果

太难了~，该怎么办？

仔细看提示信息

我回头再去细看一下waring,我总感觉肯定忽略了什么东西，可以看到warning其中比较重要的1句话是

#Failed with error:  '程辑包'DESeq’是在R版本4.0.0之前建的：你得重新安装

这提示着这个包或许还没有及时更新，因此用R version 4.1是没法运作的，这时候我们就得回去bioconductor看一下这个包的历史了，我们可以看到蓝色字体部分，这个包对应的R版本是3.6，那么是不是换成3.6版本就行了吗？还有其他原因吗？再仔细看一下，上面说的这句“This package is for version 3.10 of Bioconductor; for the stable, up-to-date release version, see DESeq"，让我恍然大悟！

我们点开黄色线上DESeq进去看看，总算发现原因了，可以看到，在Bioconductor version 3.13 ，DESeq就已经被removed，取而代之的是DESeq2,但是IMvigor210CoreBiologies仍然需要的依赖包是DESeq！真是泪目......

成功解决

那么接下来就简单了，我把R version改成3.6，然后将Bioconductor version改为3.10

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.10")
install.packages("DESeq_1.38.0.tar.gz",repos=NULL)
install.packages("IMvigor210CoreBiologies_1.0.0.tar.gz",repos=NULL)
#因为换版本了，所以依赖包都要重新安装一下，这里我不展示了
library(IMvigor210CoreBiologies)
load("cds.RData")
cds
#CountDataSet (storageMode: environment)
#assayData: 31286 features, 348 samples 
 #element names: counts 
#protocolData: none
#phenoData
#sampleNames: SAMf2ce197162ce SAM698d8d76b934 ... SAM2de7cffb5f72 (348
# total)
#varLabels: Best Confirmed Overall Response binaryResponse ... TCGA
#Subtype (25 total) 
#varMetadata: labelDescription
#featureData
# featureNames: 1 10 ... 9997 (31286 total)
#fvarLabels: entrez_id symbol ... Symbol (6 total)
# fvarMetadata: labelDescription
#experimentData: use 'experimentData(object)'
#Annotation: