之前我们介绍过关于[[ENCODE-转录调控必知数据库]]这个数据库。目前这个数据库更新到了V 5.0的版本。基本界面也发生了变化。所以这里就重新来介绍一下关于ENCODE: https://www./ 。 背景数据集介绍ENCODE当中包括了多组学的数据。不同于TCGA多个肿瘤患者的测序患者。ENCODE的测序数据主要还是要探讨基因组上的多组学的变化。其中主要包括:
除了包括以上数据之外,ENCODE还综合了DNase-seq 和 H3K4me3、H3K27ac、 CTCF ChIP-seq测序内容最后汇总成一个一个顺式调节元件 (cis-Regulatory Elements, cCREs) 的结果。在cCREs当中,一共包括了五个顺势反应标签:promoter-like (PLS), enhancer-like (Distal enhancer-like (dELS), Proximal enhancer-like (pELS)), DNase-H3K4me3, and CTCF-only 数据库使用新版本的ENCODE,基本上属于有了一个专门数据检索的界面。在主页界面当中,可以直接检索想要获取数据即可。比如我们搜索 CTCF,就可以获得和CTCF有关的数据 对于检索的结果。点击进去之后,也就和之前的版本差不多了。所以这里也就不做过多介绍了。有需要的可以看一眼[[ENCODE-转录调控必知数据库]] 除了基本的数据检索之外,在新版本的ENCODE当中,还包括了一个用来可视化cCREs的genome browser:SCREEN: Search Candidate Regulatory Elements by ENCODE: https://screen./ 。 在这个里面可以搜索基因、染色体位置、SNP编号等。比如搜索:TP53。在结果里面,首先看到的是一个基因浏览器,里面包括了检索的内容和cCREs的关系。下面还包括了里面多个组蛋白修饰以及CTCF chip-seq的结果。
除了这个,还可以查看检索结果的基因表达情况以及转录因子活性 总的来说以上就是ENCODE的新版本的内容了。里面主要是新开发了一个SCREEN工具。这个工具当中可以观察基因的cis调控的情况。 |
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