本文是想研究astrocyte星形胶质细胞与microglial小胶质细胞在AD中所发挥的作用。但是The proportions of microglia and astrocytes defined by snR-NASeq of nuclei isolated from the human brain post-mortem are low and variable。
继续以Astro差异基因为例。文章将Amyloid-beta、pTau两个指标的回归差异基因进行通路富集分析(GO/Reactome/Wikipathways),得出结论:Increased expression of genes related to metal ion homeostasis, proteostasis, and inflammation in astrocytes with AD pathology。同法,也对Micro差异基因结果进行类似的分析。
4、细胞通讯分析
使用CellChat包对Astro与Micro进行ligand–receptor的细胞间通讯分析。
根据配受体基因与Amyloid-beta、pTau两个指标的相关性,将CellChat结果分为3类: (1)Amyloid-beta and pTau; (2)Amyloid-beta only; (3)pTau only
然后使用AUCell包计算出每个细胞核的对应细胞类型模块的score。然后结合Aβ/pTau指标进行类似上述差异基因的回归分析。即Aβ/pTau指标变化与模块表达score是否存在相关性。根据分析结果,初步得到结论:The EC and SSC show similar co‑expression signatures。如下图展示部分module与regulon
根据上述得到的基因模块表达特征与功能特征,分析AD GWAS基因所发挥的cell-specific功能。例如下图所示:GPNMB已知是AD的biomarker,它是Micro的amyloid-beta and pTau 正相关模块(module11)的hub gene;而且该基因在AD的Micro中也是相对高表达。