14-IF8+:纯生信分析m6A基因与白血病预后的关系

一.研究背景

近两年，科学家们首次发现了一种可逆性的RNA甲基化—m6A，m6A是真核生物mRNA中最常见的修饰[1]，m6A修饰能调控基因表达、蛋白质的转录和mRNA的可变剪切[2,3]。目前，研究人员已经发现了m6A修饰过程中所需要有用到的酶：包括“writers”（METTL3和METTL14），“readers”（YTHDF1和YTHDF2）以及“erasers”（FTO和ALKBH5）。但是，目前缺乏m6A在人类癌症发生发展过程中的研究。

Chau-To Kwok等人通过整合TCGA数据库中的急性髓性白血病的拷贝数以及突变数据，进一步去刻画当m6A修饰过程中所需要有用到的酶发生突变和拷贝数改变时，这些基因的异常是否与AML疾病的的临床和分子层面的特征相关，从而分析由于m6A异常和AML疾病的关系。Chau-To Kwok发现，m6A修饰酶发生突变或拷贝数变化对应的AML病人预后较差，同时，TP53突变特征与m6A调控基因发生基因组学改变存在一定的关系。在同时结合TP53突变特征、其他临床特征（如age、WBC和DNMT3A等）构建多因素cox回归模型时，m6A调控基因不能作为独立的预后因子；而在不结合TP53突变特征，只结合其他临床特征（如age、WBC和DNMT3A等）构建多因素cox回归模型时，m6A调控基因可以作为独立的预后因子

今天小编就和大家分享一篇关于m6A requlators的文章【Genetic alterations of m6A requlators predict poorer survival in acute myeloid leukemia.】。 杂志：Journal of Hematology & Oncology   IF：8.731   发表日期：2017.2.2

二.方法和材料

（1）数据：TCGA数据库中AML拷贝数以及突变数据（如Table 1所示）；

（2）通过文献检索得到m6A修饰过程中所需要有用到的酶：包括“writers”（METTL3和METTL14），“readers”（YTHDF1和YTHDF2）以及“erasers”（FTO和ALKBH5）；

（3）生存分析：log-rank检验。

（4）相关性分析：fisher精确检验。

（5）判断作为独立预后因子：通过构建多因素cox回归模型。

三.结果展示

1.  通过K-M分析方法去观察m6A调控基因发生突变或者拷贝数变化对样本的生存影响，从OS和EFS的角度（如Fig 1a，1b，1c），发现m6A调控基因如果发生突变或者拷贝数改变的病人样本组生存更差。

2.  TP53突变特征与m6A调控基因发生基因组学改变之间的关系：从Table 1中，我们可以观察到TP53突变特征在有m6A调控基因发生突变组/拷贝数改变病人中病人样本数要多一些，进一步将TP53突变特征拿出来研究，如Fig 1b所示，发现在考虑TP53突变时，将样本的age、WBC、DNMT3A以及Cytogenetic risk临床特征和m6A调控基因发生基因组学改变的特征结合构建多因素cox回归模型，发现m6A调控基因发生基因组学特征与否无法作为独立的预后因素（OS: p = 0.75；EFS：p = 0.554）；相反，在不考虑TP53突变特征时，结合样本的age、WBC、DNMT3A以及Cytogenetic risk临床特征和m6A调控基因发生基因组学改变的特征去构建的多因素cox回归模型中，m6A调控基因发生基因组学特征可以作为独立的预后因素（OS: p = 0.018； EFS：p = 0.017）。

四.结论

（1）鉴于m6A调控功能的广泛性，m6A修饰可能和AML疾病的发生发展相关；

（2）TP53突变特征与m6A调控基因发生基因组学改变存在一定的关系；

（3）这篇文章是第一篇探索m6A修饰发生基因组学上的改变对AML生存的影响以及分析m6A修饰发生基因组学上的改变相关的临床特征。

（4）在AML中，后续的研究可以对m6A修饰与TP53信号通路之间的关系进一步刻画。

五.参考文献

1. Liu N, Pan T. N6-methyladenosine-encoded epitranscriptomics. Nat Struct Mol Biol. 2016;23:98–102.

2. Dominissini D, Moshitch-Moshkovitz S, Schwartz S, Salmon-Divon M, Ungar

3. L, Osenberg S, Cesarkas K, Jacob-Hirsch J, Amariglio N, Kupiec M, Sorek R, Rechavi G. Topology of the human and mouse m6A RNA methylomes revealed by m6A-seq. Nature. 2012;485:201–6.