circMine除了有搜索、浏览、数据上传/下载的常规功能外,还在Tools和Web Server模块中部署了其他针对circRNA的分析工具。
* 上述功能均可以通过首页导航栏访问
为了通过定制分组和设置不同参数全面分析circMine中的数据,开发团队基于R设计了13个分析函数。所有13种分析功能都允许用户根据其临床数据对样本进行分组,为不同的分析分配不同的参数,还可以使用自己的circRNA转录组数据执行这些分析。:
1)差异表达模块包含7种分析功能:普通分析、差异表达分析、箱线图、火山图、热图、GO和KEGG分析;
2)共表达模块则包含6种分析功能:共表达分析、线性图、箱线图、关联图、GO以及KEGG分析。
circMine还开发了另外3种工具来系统地发现circRNA–miRNA相互作用和circRNA可翻译性:
1)circRNA-miRNA预测:基于miRanda、miRBase和circBase资源开发了circRNA-miRNA预测工具来识别/推测circRNA-miRNA相互作用;
2)circRNA IRES预测:根据BLAST、IRESbase和circBase资源,开发了circRNA IRES预测,以确定实验验证的人类circRNA IRESs;
3)ribo-circRNA定位工具:为鉴定ribo-circRNA并预测其翻译的肽和蛋白的亚细胞定位,开发团队实现了基于riboCIRC、DeepLoc和circBase的ribo-circRNA定位工具。
考虑到circRNA在不同平台使用的命名法不同,开发团队还开发了一个circRNA名称转换工具,能够实现不同平台的circRNA ID的相互转换。
用户可以在此模块上传自己的数据,进行差异表达和共表达分析(13种工具)。