空间转录组样本的选择高度依赖于临床医生和患者的理解、疾病性质和严重程度、病理大小和位置。组织病理学诊断和局部病变确认也是确保空间转录组学产生精确信息的质量保障。
手术室样品保存时间和冷冻保存时间是间接因素,而手术室到实验室的运输方式是影响空间转录组质量的直接因素,此项研究显示在手术室样品保存时间>30分钟和冷冻保存时间>7天时,组织形态的质量较低。使用RNA探针进行原位杂交技术的影响还需要在大规模群体中进一步验证。在组织形态学质量较低的情况下,很难确定阳性染色的位置和分布。
临时保存条件和溶液的变化直接影响组织形态和空间转录组的质量。此项研究选择了干冰和OCT的组合来制备肺组织,同时研究数据显示,在测序之前样本在-80℃的保存时间应保持在7天之内。当样品暂时保存在干冰中并转移到-80°C时,RNA降解率可以有效降低。
组织学质量与RIN结合是空间转录组的预测因素。在进行空间转录组学研究之前,应推荐将HE评分与RIN值相结合,以呈现组织的形态完整性和rRNA的完整性,并在空间转录组学的展示方法中加以明确。
此外,全面的空间转录组临床样本准备工作还有其他挑战需要面对和克服。例如如何将OCT填充或渗透到切除的人体组织的肺泡空间;样品RNA完整性的受损程度与样品反复冻融的次数高度相关;另一个挑战是选择和定义理想的切片位置、角度、完整性、形状、大小和厚度,以获得空间分子图像和位置的最佳特征;聚类的注释也是一个挑战。