大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) 作为DNA调控元件百科全书整合了1w+个来自不同组织或细胞系的各类实验数据标准。以表观组学研究中的ChIP-seq为例,ENCODE Consortium使用不同的表观基因组分析,并制定对应的分析方案和指南,具有绝对的权威和参考意义。 本期,易基因小编为大家说明ENCODE数据库的组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq指标要求,包括测序分析概述、处理流程(Pipeline)指南和不同分析类型的数据标准。 组蛋白 ChIP-seq 数据标准和处理流程 (1)分析概述 ChIP-seq是一种用于分析蛋白质与DNA互作的方法。ChIP-seq将染色质免疫沉淀与DNA高通量测序相结合,以推断DNA相关蛋白的可能结合位点。ENCODE Consortium开发了两个分析pipeline来研究两种不同类别的蛋白质-染色质互作(组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq)。组蛋白ChIP-seq的pipeline适用于与较长区域或结构域上的DNA相关蛋白质。典型的靶点是组蛋白或特定的翻译后组蛋白修饰。 (2)处理流程 组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复样本统计处理方面有所不同。 组蛋白分析流程可以解析点状结合和更长的染色质结构域,这些结构域由许多靶蛋白或靶修饰实例结合。组蛋白ChIP-seq 流程的output适合作为将染色质区域分类为功能类别的染色质分割模型的input。 (3)流程指南
(4)现行标准
特定目标标准
转录因子ChIP-seq 数据标准和处理流程 (1)分析概述 转录因子ChIP-seq (TF ChIP-seq) 处理流程适用于预测以点状方式结合的蛋白质,例如特定 DNA 序列或特定染色质结构。其中,IP标靶通常是已知或推定的转录因子或染色质重塑蛋白,也可以是 RNA 结合蛋白、其他 DNA 或染色质特异性因子。 (2)处理流程 组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复统计处理方面有所不同。转录因子ChIP-seq(TF ChIP-seq)专门研究被认为与特定DNA序列相关联以影响转录速率的蛋白质。 (3)流程指南
(4)现行标准
特定目标标准
其他指标 在没有定义阈值的情况下计算额外的指标,例如FRiP(fraction of reads in peaks),在比较类似实验时很有用。 以上为ENCODE数据库中组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq数据标准及处理流程是简要说明。 参考来源:https://www.encodeproject.org/data-standards/ 手把手教你做染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)分析实验 项目文章 | ChIP-seq揭示HIV-1感染细胞转录抑制因子Schlafen 5的表观遗传调控机制 项目文章|ChIP-seq揭示H3K27me3去甲基化酶在体细胞重编程调控转录机制 |
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