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传统的历史学研究范式是从文本到文本，囿于文本的来源局限，以及文本鉴定精度局限，对历史还原的准确性也有很大局限。把自然科学的方法引入历史学研究，可以突破两种局限，形成从文本到实证（基因谱系和考古发现）再到文本叙述的历史人类学研究范式。2016年的Science上，对我们的历史人类学研究做了专门的报道。无论地域或者时间上距离多远，基因谱系都可以精确地重建人类个体与个体之间、群体与群体之间的血缘关系，所以可以为历史研究提供一把精确的尺子。构建基因谱系最便利的遗传材料就是父系遗传的Y染色体，全世界的Y染色体都可以准确地组成一棵谱系树，谱系树的根部都在20万年前的东非大裂谷。在谱系树上任何两个人的共同祖先年代都可以精确到100年内。故而，历史上无论多久远的人物，只要他子嗣众多，在基因谱系中就很容易被检测出来，特别是文明之初的统治者，其后人在人群中占有极高比例。文明的起源，是人口增长的结果。人口增长的基础，是1.2万年前末次冰期的结束，此后全球气候变暖，动植物繁盛。1万年前人口增长后，又发明了农业，进一步促进了人口增长。约8000年前，人群向农业中心聚合，形成了最初的民族和语系。约7000年前，在人群聚合的基础上，产生了国家，四大文明古国纷纷建立。所以文明是建立在农业基础上的。中国农业有两大起源，1.1万年前湖南沅江流域的大米，1万年前河北桑干河流域的小米。由此聚集成了南方的苗瑶语系和北方的汉藏语系，并催生了周边农业区的南岛-侗傣、孟高棉、匈羯、满蒙、芬乌等语系。在中国的Y染色体谱系中，发现了三个急速扩张的个体节点，其直系后人各占现代中国Y染色体的二成左右。估算其年代，分别距今6800年、6500年、5400年。这三个祖先子嗣众多，必然有着至高无上的政治地位，很可能是传说中的中华始祖。从考古发现看，湖南高庙文化中，始建于6800年前的中国第一城——城头山古城，出土了八角星盘和大量凤鸟图案的陶器，很可能与传说中的风姓太昊伏羲氏有关。其文化特征与现代苗瑶民族也最相关。山东的Y染色体类型主要源于湖南，与少昊氏出于太昊氏的传说吻合。近6500年前的河南仰韶文化西水坡大墓中，用蚌壳排布周天星象，暗指墓主为太阳神，或为炎帝神农氏。仰韶文化彩陶多为太阳、水波、鱼、锅庄舞的造型，与姜姓炎帝文化以及后来的藏缅语族羌人之间的关联性最大。5400年前，辽宁建平的牛河梁上开始兴建一系列红山文化的金字塔陵墓，墓主人有最高规格的玉器仪仗。略早一些的朝阳半拉山陵墓中，一位帝王胸前摆放四套仪仗：神权的玉璧、皇权的玉瑁、军权的玉钺、宗主权的玉熊头。红山文化崇玉的传统，以及大量龙凤造型、修行玉人造型的出现，与汉文化和黄老传统最吻合，最可能是黄帝轩辕氏的源头。牛河梁金字塔的边上有女神庙，很可能是黄帝拜祭的九天玄女庙。红山文化地理上也处于涿鹿之北，符合古史传说。从5300年前往后，中国各地的文化发生了剧烈变化：中原仰韶文化向庙底沟文化转变，西北被仰韶文化入侵变成马家窑文化，安徽出现凌家滩文化，湖广大溪文化变为屈家岭文化，江浙崧泽文化变为良渚文化，各地都像红山文化一样开始大量使用玉器。这很可能是涿鹿之战之后轩辕黄帝的势力辐射到全国的结果。涿鹿之战应该是大米文明的太昊蚩尤族群与小米文明的炎黄族群之间的一场冲突。之后两个文明融合起来，才形成了中华文明。历史人类学的研究，把自然科学的实证引入了历史学研究，增加了历史分析的精度和深度，突破了古史研究中文本匮乏的局限，应该可以对中华文明起源的研究作出全新的解析。
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