【原】线粒体基因组测序的简单方法：分段设计引物做几个PCR构建质粒测序就可以。那引物如何设计？

HACS

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小总结: 

本文介绍基于PCR的鸟类和其他脊椎动物线粒体基因组测序方法的引物。

文章标题：

Primers for a PCR-Based Approach to Mitochondrial Genome Sequencing in Birds and Other Vertebrates

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核心内容：

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|核心内容：

本文描述了一种基于pcr的完整线粒体基因组测序方法，以及86个主要为鸟类线粒体DNA(mtDNA)设计的86个引物。

这种基于pcr的方法可以准确地测定完整的mtDNA序列，比测序克隆的mtDNA更快。

引物沿着两条DNA链的间隔约为500个碱基。许多引物包含简并位置，以适应鸟类类群间mtDNA序列的变异，并减少核假基因优先扩增的潜力。

假基因=伪基因，是基因家族在进化过程中形成的无功能的残留物。它与正常基因相似，但丧失正常功能的DNA序列，往往存在于真核生物的多基因家族中，常用ψ表示。假基因可视为基因组中与编码基因序列非常相似的非功能性基因组 DNA 拷贝，一般情况都不被转录，且没有明确生理意义。根据其来源可分为保留了间隔序列的复制假基因（如珠蛋白假基因家族）和缺少间隔序列的已加工假基因。假基因的发现是在真核生物的研究中应用和技术而取得的成果。第一个假基因是1977年在研究非洲爪蟾核糖体5SRNA的基因时发现的。以后又发现编码蛋白质的结构基因也有相应的假基因，如小鼠、兔和人的或β珠蛋白的假基因等。简单说，基因是有遗传效应的DNA片段，假基因是没有遗传效应的DNA片段。

与已发表的脊椎动物mtDNA序列的比较表明，许多引物将具有广泛的分类效用。

此外，这些引物应该为基于更小的数据集的研究提供更广泛的线粒体基因。

-原文摘要-

A PCR-based approach to sequencing complete mitochondrial genomes is described along with a set of 86 primers designed primarily for avian mitochondrial DNA (mtDNA). 

avian[ˈeɪviən] of or connected with birds.

This PCR-based approach allows an accurate determination of complete mtDNA sequences that is faster than sequencing cloned mtDNA. 

The primers are spaced at about 500-base intervals along both DNA strands. 

Many of the primers incorporate degenerate positions to accommodate variation in mtDNA sequence among avian taxa and to reduce the potential for preferential amplification of nuclear pseudogenes. 

Comparison with published vertebrate mtDNA sequences suggests that many of the primers will have broad taxonomic utility. 

In addition, these primers should make available a wider variety of mitochondrial genes for studies based on smaller data sets.

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参考文献：

https://www./science/article/pii/S1055790398906029

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【科研经验】“当你进入实验室时，要像脱去外衣那样放下你的想象力，因为实验操作中不能有一丁点的想象，否则，你对事物的观察就会受影响；当你翻开书本的时候，你又必须尽可能展开想象的翅膀，否则你就不可能走在别人的前面。”--《现代分子生物学》主编：朱玉贤

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