进入NCBI官网后选择GEO,输入GSE183976,进入数据下载页面。 https://www.ncbi.nlm./geo/query/acc.cgi?acc=GSE183976 1.png
点击SRA Run Select选项,进入fastq数据下载页面。 2.png
进来后我们可以看到很多的样本和它们对应的原始数据。 3.png
由于数据太大,这里只下载第一个进行演示。下载的话我们可以用sra-tools中的 prefetch命令。
如果需要一次需要下载多个数据的话可以下载 4.png
这个文件里面有所有的文件ID号
也可以自己写个脚本进行下载。 或者我们也可以点击那个样本名后,进入下面的页面用wget直接进行下载 5.png
其实也可以用迅雷直接下载的,速度很快,我一般就直接在这里用迅雷下载…… 二、数据转换:SRA文件转换为fastq文件
这样我们就下好数据并转换为fastq文件了,并用于下面的数据分析。 RNA-seq入门 RNA-seq入门(一)数据下载和格式转换 |
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