|
影响因子：6.155 本文从投稿到接受不到两个月！
关于单基因泛癌分析，我们已经介绍了很多。我们的客户也发了数篇8分+的文章，只不过由于保密的原因，我们不会进行宣传，只能讲解别人发的文章。 请扫描下方二维码
被致谢！2021年7分+单基因泛癌纯生信，投稿到接受30天！ 单基因干湿结合发7.5分SCI，2个月接收，有实验条件的可轻易模仿 6.2分 生信+实验 经典套路，永不过时（一篇单基因泛癌的文章可以拆分成多个肿瘤单独发） 6.2分SCI，从投稿到接收仅38天！刚见刊的单基因泛癌纯生信
中心体和纺锤体极相关蛋白(CSPP1)是一种中心体和微管结合蛋白，在细胞周期依赖性的细胞骨架组织和纤毛形成中发挥作用。目前还没有该蛋白相关的泛癌症分析。本研究系统地探讨了CSPP1的表达及其与诊断、预后和治疗相关的潜在临床结果。CSPP1与铁死亡和TME成分密切相关，有可能作为一种诊断和预后的生物标志物。CSPP1相关肿瘤的患者可能受益于基于铁死亡的药物治疗和免疫治疗。 研究结果： 一、CSPP1的异常表达可作为癌症的诊断性生物标志物 1、CSPP1广泛存在于机体各组织及细胞中，并在睾丸生殖细胞瘤(TGCT)、胃腺癌(STAD)和乳腺浸润性癌(BRCA)中高表达（图1A-C）。 2、TCGA数据集显示，CSPP1在10种癌症中显著上调，在5种癌症中下调(图1D)。 3、GTEx数据库中引入正常样本后，CSPP1在BRCA、胆管癌(CHOL)、结肠腺癌(COAD)、DLBC等癌症类型中表达增加，但在肾上腺皮质癌(ACC)、宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌(CESC)、肾透明细胞癌（KIRC)等类型中表达降低（图1E）。 4、使用Oncomine数据集进行验证发现，在大多数癌症类型中，CSPP1的表达显著升高，但在膀胱癌和肾癌中其表达降低（图1F）。 5、ROC曲线表明，CSPP1在多种癌症类型中ACC的诊断值为中位数或高(图1g，H)，提示，异常的CSPP1表达可作为癌症的诊断生物标志物。
二、涉及基因改变、DNA甲基化和miRNAs的CSPP1失调机制 1、使用cBioPortal进行遗传变异研究，发现在这26种癌症类型中，21种包含突变，21种有CNAs，CSPP1与CNAs呈正相关(图2A-B)。 2、BRCA、HNSC和READ中CSPP1表达上调其甲基化程度减少，而KIRC和LUSC中CSPP1表达下调伴随着甲基化水平增加(图2c-D） 3、miRNAs也在调节mRNA表达，使用ENCORI分析发现，这些miRNAs在除ACC外的大多数癌症中都被发现。CSPP1的上调与BRCA中miR-221-3p和miR-377-3p的下调相关，而在STAD中miR-145-5p和miR-125b-5p的下调相关。同时，KICH中miR-222-3p、KIRC中miR-425-5p、miR-725-5p、miR-221-3p、miR-222-3p、miR-340-5p、miR-150-5p、LUAD中miR-1-5p、miR-708-5p、LUSC中miR-135b-5a-5p、THCA中miR-221-3p、miR-222-3p和UCEC中miR-271-3p的上调可能影响CSPP1下调，这些上调或下调的因素均与患者的OS、DSS相关。（图2E-H）
三、CSPP1在Ser424位点磷酸化可能在肿瘤发生中发挥作用 1、在BRCA、GBM、HNSC、KIRC、LIHC、LUAD、OV、PAAD和UCEC等数据集中，LIHC、PAAD和UCEC的CSPP1蛋白表达较正常组织显著升高，而BRCA和HNSC的CSPP1蛋白表达显著降低(图3a） 2、翻译后修饰(PTM)是蛋白活性相关的关键分子机制。在不同癌症类型中，磷酸化位点也不尽相同，本文研究表明CSPP1特定位点的磷酸化可能在肿瘤发生中发挥作用，特别是在Ser424位点(图3b，C）。
四、CSPP1与多种癌症的临床特征和预后相关 1、READ、ACC和KICH中CSPP1过表达与晚期病理分期显著相关，HNSC和LIHC中晚期组织学分级显著相关；然而，KIRC中CSPP1高表达与低组织学分级相关（图4A-D） 2、在BRCA、COAD、ESCA、LGG、LIHC、READ、LUSC和UCEC中，CSPP1的分子亚型表达有显著差异(图4E，F)。 3、Cox回归分析表明，在CSPP1上调的癌症中，CSPP1过表达与LGG和LIHC中不良的OS、DSS和PFI相关。在CSPP1下调的癌症中，CSPP1表达的降低与ACC中良好的OS、DSS和PFI相关(图4G）。单因素Cox回归分析进一步表明CSPP1与不良预后相关。此外，多变量Cox回归分析证实，CSPP1过表达是一个与OS、DSS和PFI相关的独立因素(图4G-I）。 4、基于多变量Cox回归分析，建立了列线图预测模型证实，CSPP1是LGG生存的独立危险因素。（图4J-K）
五、功能富集表明CSPP1可能与LGG中的铁死亡和TME有关 1、将LGG患者分为CSPP1高表达组和低表达组，共鉴定出14个上调基因和67个下调基因(图5A-B) 2、采用GO和GSEA分析方法研究CSPP1的功能机制发现，CSPP1相关的DEGs富集于(i)CCs：突触前、突触前、转运囊泡和突触膜；(ii)MFs：被动跨膜转运体活性、通道活性和底物特异性通道活性；(iii)BPs：信号释放、突触中囊泡介导的突触转运和转运体活性的调节（图5C） 3、GSEA分析发现，CSPP1相关的DEGs与细胞周期相关通路、癌症相关通路、EMT和炎症反应呈正相关，同时与KRAS信号DN、铁垂病相关的代谢通路呈负相关。对于GO和KEGG基因集，CSPP1相关的DEGs与细胞周期相关通路，癌症相关通路呈正相关。（图5D）
六、CSPP1在LGG和其他癌症类型中异常调节铁死亡 1、CSPP1高表达组中TP53和ATRX突变频率较高，CIC、FUBP1、NOTCH1、IDH2和ZBTB20突变频率较低(图6a，B)。 2、CSPP1与大多数铁死亡驱动基因（FAGs）呈正相关，但与铁死亡抑制基因（FTL）的呈负相关(图6c）。 3、在CSPP1表达上调的癌症中，CSPP1与LAML患者的铁死亡评分呈正相关，而BRCA、GBM、LGG、LIHC和THYM患者则呈负相关。在CSPP1下调的癌症中，ACC和LUAD呈正相关，而KIRC、OV和PRAD呈负相关(图6D)。 4、将这些肿瘤样本进一步分为CSPP1高表达组和低表达组，并进一步比较两组间的铁死亡评分，作为一种抗肿瘤机制，铁死亡在泛癌中整体被抑制（图6E）
七、CSPP1相关肿瘤在不同的TMEs中浸润，提高了ICB对特定癌症的治疗效果 1、CSPP1与癌症中的大多数免疫细胞呈负相关，但与辅助细胞、中央记忆T(Tcm)和辅助细胞2(Th2)呈正相关。在大多数癌症中，CSPP1与基质评分、免疫评分和估计评分呈负相关，而在LGG中与这些评分呈正相关(图7a）。 2、在大多数癌症中，CSPP1与MHC呈负相关，与免疫刺激剂和免疫抑制剂呈正相关，并且，CSPP1在多种肿瘤中与免疫检查点呈正相关(图7B-C） 3、CSPP1在LGG、STAD、PRAD中与TMB呈正相关，而在COAD、LIHC、THCA、UCEC中与TMB呈负相关；CSPP1与MSI之间的相关性。LGG、READ、STAD、LUAD、LUSC呈正相关，而DLBC呈负相关(图7D）。 4、在CSPP1上调的癌症中，CSPP1高表达组的TIDE评分较低，CSPP1低表达组的LIHC的TIDE评分较低；在CSPP1下调的癌症中，CSPP1高表达组的TIDE评分较低(图7E-F）。
研究总结： CSPP1广泛存在于组织和细胞中，其异常表达可作为癌症的诊断生物标志物。CSPP1的失调涉及基因改变、DNA甲基化和miRNAs的多维机制。CSPP1特定位点的磷酸化可能在肿瘤发生中发挥作用。此外，CSPP1与多种癌症的临床特征和预后相关，功能富集分析表明，CSPP1可能在铁死亡和肿瘤微环境(TME)中发挥作用，。进一步的分析证实，CSPP1在LGG和其他癌症中调节铁死亡，这使得基于铁死亡的药物有可能用于治疗这些癌症。此外，CSPP1与肿瘤浸润相关的TME有关。该研究首次证明了CSPP1是一种与铁死亡和TME相关的潜在诊断和预后生物标志物，为特定癌症的药物治疗和免疫治疗提供了新的靶点。 |
|
|
