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Nature Microbiology | 山羊粪便的绿色秘密

 宏基因组 2022-09-09 发布于北京
https:///10.1038/s41564-020-00861-0

题目:Genomic and functional analyses of fungal and bacterial consortia that enable lignocellulose breakdown in goat gut microbiomes

期刊:Nature Microbiology

第一作者:Xuefeng Peng

通讯作者:Michelle A. O’Malley

单位:加州大学圣巴巴拉分校

发表日期:2021年2月1日

DOI:10.1038/s41564-020-00861-0

原文链接:https:///10.1038/s41564-020-00861-0

导读

山羊肠道菌群可以帮助人类将植物材料转化为有价值的环保商品。

将植物中坚韧的纤维和复杂的糖类转化为生物燃料和其他产品,可能是人类获得更好的材料、药物和不依赖石油的可持续未来的门票。但是,利用这些分子并不是一项简单的任务。我们可能认为这本是理所当然的,因为我们的身体似乎会自动做到这一点,但实际上,每次我们吃绿叶蔬菜时,生活在我们体内的微生物正在用精心设计的分解通路来协调化学反应,将植物物质分解成人体细胞可以使用的简单糖类。

像加州大学圣巴巴拉分校(UCSB)和联合生物能源研究所(JBEI)的Michelle O'Malley这样的科学家希望发现用于工业用途的新的和改进的植物材料加工方法,一直在研究地球上最多产的食草动物的肠道微生物组:反刍动物,如山羊。

除了研究山羊微生物组的专业知识外,伯克利实验室的科学家们对山羊本身也并不陌生(偶尔会踩到羊粪)。每年夏天,一群山羊来到实验室所在地,啃食清理草地和灌木,有助于减少火灾风险。(图片来源: Aliyah Kovner)

美国能源部联合基因组研究所(JGI)高级科学家和真菌项目负责人Igor Grigoriev说:"反刍动物的消化道里有许多微生物,包括真菌,它们进化了数百万年,比我们在实验室里能更有效地进行重要的化学反应。最终,我们希望利用这些过程将植物材料转化为人类需要的产品,而这些产品目前供应有限。"

Grigoriev和伯克利实验室的其他科学家为O'Malley的最新研究做出了贡献,该研究发表在Nature Microbiology上。山羊粪便样本由圣巴巴拉动物园一位名叫Elway的居民采集,该团队对样本中存在的数千种微生物基因组进行了重建并确定了代谢酶和其他消化相关蛋白质的基因。

这项工作揭示了700个以前未知的微生物物种,并且还强调了山羊肠道中厌氧真菌的重要性。

据O'Malley说,她的团队以前曾发现在肠道的大量细菌中存在少数真菌物种,但他们没有意识到这些生物体发挥了多么大的作用。

O'Malley在加州大学旧金山分校的一份新闻稿中指出:“真菌产生了大部分的生物质降解酶,而这些酶是微生物群落赖以生存的关键。”

该团队的最终目标是开发一个人工版本的食草动物微生物群,在生物反应器中培养,可用于执行在工业规模上分解植物物质所需的复杂化学过程。

机构简介

JBEI是一个由伯克利实验室领导的美国能源部(DOE)生物能源研究中心。JGI是位于伯克利实验室的DOE用户设施。

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