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最新一期《细胞》精选:基本人类基因+真核生物翻译+饮食中抗氧化剂转运蛋白+膜磷脂+流水线式基因组编辑器+人类基因组进化最快的区域

 GCTA 2022-11-28 发布于广东

真核生物翻译启动过程中的快速40S扫描及其由mRNA结构介导的调节】
饮食中抗氧化剂麦角硫因的一种微生物转运蛋白
膜磷脂调节GPCR-β-arrestin复合物的组装和动力学】
多病毒编码的CRISPR-Cas系统包含流水线式基因组编辑器
适应性序列分化在人类中形成了新的神经发育促进剂】(封面)
基本人类基因的表型景观】

Rapid 40S scanning and its regulation by mRNA structure during eukaryotic translation initiation

真核生物翻译启动过程中的快速40S扫描及其由mRNA结构介导的调节】

在真核生物中,mRNA翻译是一个复杂的多步骤过程,包括三个阶段:起始、延伸和终止。其中,起始阶段的调节是影响mRNA翻译的关键。目前,已经发现mRNA翻译起始有多种方式,最经典的就是第一个被发现的m7G帽依赖性扫描机制。

真核生物核糖体的小亚基40S结合到mRNA的5'端m7G帽开始形成翻译起始复合物(完整的翻译起始复合物包括翻译起点的起始密码子,核糖体小亚基、起始tRNA(tRNAi)和核糖体大亚基和各种起始因子)并扫描mRNA,直到找到起始位点。真核生物的起始位点由一个包含AUG密码子的10核苷酸序列构成。在起始位点,核糖体的60S亚基加入到复合体中。

该研究对单启动真核核糖体的直接观察建立了核糖体如何扫描mRNA 5′UTR以定位起始密码子以及该过程如何受mRNA序列和结构调控的定量框架。

A microbial transporter of the dietary antioxidant ergothioneine
饮食中抗氧化剂麦角硫因的一种微生物转运蛋白

麦角硫因具有类似辅酶性质,已被证明在人体的各种细胞和组织中以高浓度积累,并且在红细胞、骨髓、肝脏、肾脏以及眼睛的晶状体和角膜中最为丰富。作为一种强大的抗氧化剂,其抗氧化功能主要体现在延缓人体细胞衰老速度。当外用于皮肤时,它可以提高皮肤细胞的活性;防止皮肤轻度老化;它可以抑制黑色素细胞的活性和皮肤蛋白质的糖基化,从而减少黑色素的产生并使皮肤变亮。

麦角硫在生物体中的作用取决于一种特殊的转运蛋白OCTN1。OCTN1存在于角质形成细胞和黑素细胞中,对麦角硫具有高亲和力。因此,皮肤组织和细胞可以容易地接受、吸收和充分利用麦角硫。通过存在于细胞膜和线粒体膜上的OCTN1,麦角硫被运输到细胞内的线粒体,保护线粒体免受氧化损伤,同时直接消除活性氧自由基,从而达到延缓人类细胞衰老的最终目的。

Membrane phosphoinositides regulate GPCR-β-arrestin complex assembly and dynamics

膜磷脂调节GPCR-β-arrestin复合物的组装和动力学】

膜磷脂含有一个或多个磷酸基的复合脂质。包括甘油磷脂和鞘磷脂,分别由甘油和鞘氨醇构成,是生物膜的重要成分。磷脂(Phospholipid),也称磷脂类、磷脂质,是指含有磷酸的脂类,属于复合脂。

GPCR 是目前最成功的药物靶点。到目前为止,市场上约有40% 的药物以 GPCR 为靶点。作为细胞信号转导的“信号兵”,GPCR 通过下游 G 蛋白和阻遏蛋白两条主要信号途径传递跨膜信号。当受到外部信号刺激时,GPCR 激活 G 蛋白来调节第二信使的产生,从而“打开”下游信号转导。为了“关闭”这个信号,GPCR 激酶(GRK)磷酸化 GPCR 的尾巴。一旦 GPCR 的尾部被磷酸化,它将激活阻遏蛋白并与之形成紧密结合的复合物,从而介导信号“关闭”。

通过作为arrestin构象的变构调节剂,膜磷酸肌醇增强了arrestin的活性构象并稳定了GPCR arrestin复合物。因此,膜PIP可以驱动GPCR构象多样性,超出仅通过GPCR磷酸化所看到的,并为GPCR抑制蛋白复合物的形成提供空间控制。


Diverse virus-encoded CRISPR-Cas systems include streamlined genome editors
多病毒编码的CRISPR-Cas系统包含流水线式基因组编辑器

CRISPR/Cas 系统是细菌和古细菌在长期进化过程中形成的一种适应性免疫防御系统,可用于对抗入侵病毒和外来 DNA。CRISPR 主要有两种类型: 1型(包括 I 型、 III 型和 IV 型)需要多种 Cas 蛋白,而2型(II 型、 V 型和 VI 型)需要一种 Cas 蛋白。这些 Cas 蛋白利用 RNA 指导外来入侵 DNA 的靶切割和降解。哺乳动物细胞中常用于基因编辑的 Cas 酶包括 II 型产脓链球菌(Sp) Cas9。在 II 型 CRISPR 系统中,crRNA 和反式激活 tracrRNA 形成复合物(称为指导 RNA,gRNA) ,其靶向 Cas9蛋白以切断 DNA 中的特定位点。

在哺乳动物细胞基因编辑的应用中,gRNA 一般包含一个20bp 的序列,定位 Cas9蛋白结构位点,从而在 DNA 中产生双链断裂(DSB)。Cas9蛋白切割后产生的 DSB 主要通过两种机制进行修复: 一种是内源性非同源连接修复机制(NHEJ) ,其可导致小的插入或缺失,或通过同源定向修复(HDR) ,通过添加外源模板donor修复成新的 DNA。

本研究利用噬菌体编码的CRISPR-Cas酶的大规模宏基因组学分析为基于CRISPR的新工具提供了丰富的资源。

Adaptive sequence divergence forged new neurodevelopmental enhancers in humans
适应性序列分化在人类中形成了新的神经发育促进剂

封面故事揭示了现代人类和黑猩猩基因组之间的特征性差异区域,为人类基因组进化研究提供一个强有力的工具。

科学家之前发现人类和黑猩猩之间的氨基酸序列几乎没有差异,因此假设这种差异主要存在于非编码区。人类加速进化区(human accelerated regions,HARs)是人类基因组中一组高度保守的DNA片段,不编码蛋白质,但其序列变化会影响基因表达。然而,局部突变率的变化和阳性选择通常被认为是Hars的两种互斥解释,因此尚不清楚这两种原因是单一作用还是协同作用的结果;这项研究将比较基因组学与人类群体的遗传变异数据相结合,以确定人类基因组中进化最快的区域,称为人类祖先快速进化区(human ancestor quickly evolved regions, HAQERs)。研究人员开发了体内单细胞自转录活性调控区测序(scSTARR-seq),用于测定发育中的小鼠大脑皮层中的多个单细胞增强子,以证明HAQER伪造了人类家族特有的功能元件。作者认为,缺乏多效性约束和突变率的提高使 HAQER 具有快速适应性和随后的疾病易感性。


The phenotypic landscape of essential human genes
基本人类基因的表型景观】

人类基因有两万多个,本文利用合并的基于图像的 CRISPR 筛选来产生基于细胞形态学的综合基因型-表型资源,系统地评估人类5072个基本基因的重要性。

若要了解细胞生长、增殖和功能的基础,就首先要确定基本基因在不同细胞过程中的作用,包括可视化它们对细胞组织和形态的贡献。在这里,作者将基于CRISPR-Cas9的人类HeLa细胞中5072个健康相关基因的功能筛选与基于DNA、DNA损伤反应、肌动蛋白和微管的显微成像相结合。对3100多万个体细胞的分析确定了90%以上基因敲除的可测量表型,这表明基因靶点参与了特定的细胞过程。

基于数百个定量参数的表型相似性聚类进一步揭示了跨不同细胞活动的共功能基因,为基因功能和关联提供了预测。通过进行合并活细胞筛选∼针对239个基因的450000个细胞分裂事件,作者还鉴定了对染色体分离有功能贡献的不同基因。该工作建立了一个庞大的科学研究资源库,详细描述了破坏核心细胞过程的后果,这代表了人类基本基因的功能景观。

往期回顾:(点击每期任意文字可转到详解内容)

2022年Cell第1期共发表6篇研究论文,内容包括:指纹基因的发现、mRNA疫苗功效、艾滋病的预防、细菌生物膜分段时钟的机制、蛋白质折叠校正结构机制、肺癌免疫逃逸机制。
2022年Cell第2期共发表8篇研究论文,内容涉及DNA非依赖的基因编辑技术,单HIV病毒分析,GSDMB不依赖细胞焦亡调节上皮恢复/修复,乳腺癌浸润性转变与进展性有关,皮层细胞类型和功能发育与视觉有关,腹侧嵴髓小脑束神经元控制哺乳动物运动,利用3D的“最小活细胞”模拟细胞内部基本运作,解析酵母核孔复合体的三维结构。
2022年Cell第3期共发表7篇研究论文,有5篇和疫情直接相关,另外两篇关于是微生物,具体内容包括奥密克戎变异株对抗体介导的中和作用具有高度抗药性,mRNA疫苗增强剂诱导的中和免疫,奥密克戎突变体广泛逃离中和抗体反应,德尔塔变异株接种疫苗后的传播能力,肠道微生物聚糖代谢
2022年Cell第4期共发表7篇研究论文,包括镁并调节CD8+T细胞效应功能,新冠mRNA疫苗有效性的关键是滤泡辅助T细胞,真菌配体的物理性质与抗原免疫原性,人血管紧张素转换酶2(ACE2)受体及其复合结构HIV病毒微结构,哺乳动物中性别典型的社会行为由大脑基因活动的差异决定,泵状光敏感通道蛋白ChRmine通道传导的结构。

2022年Cell第5期共发表9篇研究论文,包括:
胞表面的波动调节早期胚胎谱系分选
转录因子蛋白质相互作用组揭示
心脏病的遗传决定因素
GPR35 响应血清素代谢物5-羟基吲哚乙酸 (5-HIAA)促进
中性粒细胞募集
黏膜真菌
通过17型免疫促进肠道屏障功能和社会行为
新冠
疫苗可诱导针对Omicron变体的强大记忆T细胞免疫效应
SARS-CoV-2
奥密克戎传染性和免疫逃避的结构和功能特征
SARS-CoV-2的突破性感染或会引起强有力、广泛且持久的
机体中和抗体反应
多种早期因素预示着急性2019
冠状病毒疾病后遗症
新一代2019冠状病毒疾病
疫苗的呼吸道黏膜输送可提供强有力的保护,抵抗原始和变异;

2022年Cell第6期共发表9篇研究论文,包括:

局部热疗诱导白色脂肪褐变并治疗肥胖,泡个热水澡也可减肥啊!
合成信号通路可实现细胞群规模调控
TFPI是超毒力分支艰难梭菌毒素B肠道隐窝受体
两种抗体的组合使用有望治疗多种致命的埃博拉病毒物种。
新冠
mRNA疫苗可促进有效抗原特异性生发中心反应
疫苗接种与SARS-CoV-2感染后产生的
抗体不同
大部分个体(但并非所有个体)对 SARS 冠状病毒2型
奥密克戎变异株的T细胞反应仍然存在。
非细胞自主破坏核结构是 COVID-19诱导
嗅觉丧失的潜在原因。
中脑-丘脑-皮层回路重组皮层动力学以启动准备好的运动

2022年Cell第7期共发表7篇研究论文,包括:

果子狸等“野味”病毒多,不能吃。
cAMP纳米畴是不同G蛋白偶联受体
GPCR行使不同功能的关键。
冷冻电镜结构揭示了细菌外膜
蛋白质折叠的多个阶段。
以MHC/HLA-1为受体的新肠球菌成孔毒素(Epxs)。
肠粘膜
唾液酸化调控肠道宿主-菌群生理稳态。
人类乳腺癌中的组织驻留
FOLR2+巨噬细胞与CD8+T细胞浸润相关。
肿瘤反应性抗体非结合性和自身反应性前体演化而来。

2022年Cell第8期共发表9篇研究论文,包括:

为了包装更大的基因组,杆状病毒进化成纺锤形
oskar核糖核蛋白颗粒通过液相-固相转变调控果蝇胚胎发育;
新型聚集体自噬受体CCT2介导固态聚集体的清除;
TMEM106B在多种
神经退行性疾病中的同型纤维化;
肿瘤内的
微生物促进乳腺癌转移定植;
表达LGR5的皮肤成纤维细胞定义硬皮病中一个主要的细胞枢纽;

古基因组揭示了7世纪阿瓦尔族精英的起源和快速跨欧亚大陆迁移;
替代细胞因子激动剂的筛选方法。

2022年Cell第9期共发表10篇研究论文,包括:

【Argonaute蛋白通过一种新机制中和入侵 DNA,增加NAD (P) + 消耗,触发细胞死亡】
合成基因元件的跨物种表达有助发现人类微生物组衍生性的代谢物】
【雄性来源的
非核糖体多肽信息素控制着雌性血吸虫发育
靶向线粒体凋亡增强NK细胞免疫治疗
【Omicron 和 Delta 变异
疫苗对感染的保护作用随着时间的推移而减弱
【猴试验:测试针对奥密克戎变异毒株的疫苗保护】
加强针疫苗增强反应性记忆B细胞诱导的免疫反应】
【增强变异匹配或历史mRNA疫苗对小鼠Omicron感染的保护作用】
【印迹 SARS-CoV-2特异性记忆淋巴细胞定义混合免疫】
【前额叶远程抑制对海马信噪比的自上而下控制】

2022年Cell第10期共发表10篇研究论文,包括:

有袋动物的不完全谱系分类和表型进化】
【GPCR介导β-arrestin激活的单分子精度机制】
大麻与心脏病有关,金雀异黄素可以降低该风险
【静息的癌细胞通过形成免疫抑制生态位来抵抗T细胞的攻击】
【骨髓组织的适应性先天免疫训练是炎症性合并症的基础】
【SARS-CoV-2环状RNA疫苗及其变异体的研究】 
【蛋白酶调控的CAR-T细胞受体可增强安全性和有效性】
人类线粒体DNA中A-到-G的碱基编辑
【DNA纳米阵列技术绘制小鼠器官发生时空转录组图谱
【哺乳动物组织中细胞药物靶点的原位识别

2022年Cell第11期共发表10篇研究论文,包括:

【1.29万年前第一批农民的基因起源
【宿主和病原体能够响应针对脓肿分枝杆菌肺部感染而设计的噬菌体】
【第三剂SARS-CoV-2 mRNA疫苗对Omicron反应性B细胞记忆的影响】
【一种植物免疫蛋白能够通过挽救microRNA的缺乏来实现广泛的抗肿瘤反应
【谱系追踪揭示了肿瘤的系统动力学、可塑性和进化途径
淋巴结定植诱导肿瘤免疫耐受促进远处转移
【抑制 PAAN/MIF 核酸酶可预防帕金森病中的神经退行性疾病
细胞外基质(ECM)动力学在自发滤泡模式下产生超细胞流动性】
癌症中突变导向的新蛋白相互作用
【人类复发性反转多态性与遗传不稳定性和基因组疾病相关】

2022年Cell第12期共发表10篇研究论文:
【帕金森病蛋白α-突触核蛋白调控mRNA稳定性
【拆除反义寡核苷酸搭起的“路障”可显著提高其在脊髓性肌萎缩症中的疗效】
先天性巨痣消退的局部治疗及黑色素瘤的预防
【破坏自动抑制回路产生“开环杀伤力”以产生
抗逃逸的抗病毒剂
【SARS冠状病毒2型
奥密克戎变异株BA2的病毒学特性
奥密克戎突破性感染后能够增强疫苗保护效果并产生大量反应性抗体
【人类
核外泌体靶向复合物(NEXT) RNA监测的结构机理】
【锌调节的GTPase金属蛋白激活剂1(ZNG1)调节
脊椎动物的锌稳态
XIST缺失损害乳腺干细胞分化,增加乳腺的成瘤性
胶质瘤的进展是由遗传进化和微环境相互作用决定的
2022年Cell第13期共发表11篇研究论文:
【星形胶质细胞和小胶质细胞中胆固醇与基质体通路失调
【骨髓
造血促进多发性硬化症的进展】
【基因编辑
人类造血干细胞的无化疗移植新方法
【新一代
重组蛋白疫苗高效预防Omicron
【新的人类冠状病毒CCOV-HuPn-2018
起源于犬类
【帕金森病风险蛋白TMEM175是
溶酶体中质子激活的质子通道
【非编码7S RNA通过
线粒体RNA聚合酶二聚化抑制转录】
【III-E 型
CRISPR-Cas7-11效应子配合物的结构与工程化】
【BacPROTACs 介导
细菌靶向蛋白质降解
【一系列保守的细菌毒性因子
通过阻断钙信号来抑制干扰素的反应
【植物免疫受体的TIR结构域为介导
细胞死亡的2′ ,3′-cAMP/cGMP合成酶】

2022年Cell第14期共发表11篇研究论文:


【四种新冠
疫苗诱导的体液和细胞免疫记忆
轻微的新冠感染仍可导致神经细胞和髓鞘失调】
【GABAA受体自身免疫性脑炎的结构机制】
抑制食欲的器官间神经回路】
肠道菌群将橙皮纤维转化为活性代谢物N-甲基-5-羟色胺】
皮肤共生微生物来源的一种气味挥发物促进黄病毒感染宿主吸引蚊虫】
【从
多能干细胞生成人类动脉和静脉细胞突出了尼帕病毒和亨德拉病毒的动脉嗜性】
【胸腺上皮细胞通过谱系相关转录因子清除自身反应性T细胞】
单细胞测序绘制首张全基因组基因型-表型图谱
【小鼠卵母细胞在哺育细胞的帮助下在囊中发育】
【解析未经治疗的
人类黑色素瘤脑转移的生态系统】

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