|
又是新的一年开工时。假期这么短，笔者回归岗位的第一天就又开始了新一轮的测序实验之路。挖空心思的回想着假期前工作的结尾以及如何接下一步的工作，每个实验过程的经验都是踩坑过来的。 没想到兔年开工第一天，就又踩坑了。 赶快记录下来，今天和大家分享的踩坑小作文是Miseq测序过程中出现的簇生成失败问题，该如何解决。如何才能挽救昂贵的试剂和宝贵的数据呢？让我们一起寻找答案吧！ 问题描述： 在Miseq测序过程中第一个测序循环时测序仪出现报错，报错信息如下图所示。 提示，簇生成失败。
出现问题不要慌，先找出问题的原因最重要。 我们首先取出试剂以及测序芯片，发现芯片和往常不一样，如下图所示，芯片上和周边有一些白花花的试剂残留。
咨询了工程师后告知，这种情况大概率是哪个地方堵住了。测序文库压根没有打到芯片里面去，造成了簇生成失败的情况。 那么，到底是什么原因导致的呢？ 我们这套试剂和芯片还能抢救吗？ 答案是：能！ 看我们的抢救大作战如何进行。 我先需要检查到底哪里造成了堵塞，有2个地方最为可疑，分别是芯片堵塞和导液管道注射针的问题。我们分别来排查一下。 先来看一看芯片的检查方式 小气泡跑的很流畅。视频显示液体流通无阻，没有问题。 下一个检查的是芯片通液的注射针头~
检查方法，放一张清洗芯片以及清洗槽，倒空废液瓶，选择清洗步骤，检查清洗程序完成后废液瓶里的体积是否满足17~18ml左右，液体少于16ml说明注射针头有堵塞。 不过，笔者操作后发现废液体积没有问题，这里就能排除注射针头的问题了。 那么到底是什么地方出现问题了呢？ 那只有最后一种可能了，可能我们测序前在放置芯片的时候没有放正，导致芯片和注射针错位导致的漏液。 问题找到了，虽然是偶然操作失败出现的问题，但如果就这么认输损失也好大的，难道之前上机的试剂就作废了吗？？NoNoNo~ 还是有办法补救的 接下来我们一起来看看如何反败为胜~ 1、打开测序程序SEQUENCE 先放入清洗芯片，试剂，完成测序下机的清洁任务。 重新打开测序程序，如SEQUENCE出现此界面需要强行关机，重新启动测序仪
2、重新启动测序仪，打开测序程序SEQUENCE，选择Next
3、打开放置芯片的机盖，按正常流程演示一遍放芯片的过程，注意演示过程不需要放置芯片，弹出新的对话框，点击Enter Code
3、输入序列号（此步骤需要和工程师索要序列号），点击Next
4、输入芯片的编号，点击Next（注：此编号是报错测试剂盒）
5、再次输入序列号（之前和工程师咨询获得的序列号），点击Next
6、输入试剂PR2的编号，点击Next（注：此编号是报错测试剂盒）
7、点击Change Sample sheet，导入建立好的Sample Sheet，点击Save and Continue
8、弹出对话框，点击Get Code ，再点击Enter Code
9、再次输入序列号（之前和工程师咨询得到的序列号），点击Next
10、输入试剂盒编号，点击Next （注：此编号是报错测试剂盒）
Reagent Kit Version根据使用选择试剂盒选择，笔者使用的是Version3
11、把芯片和试剂都重新放到相应的位置上（要检查一下有没有放好哦~），点击NEXT
12、点击Next
13、检查相应配置，点击Next
14、质检完成后点击Start Run
15、开始测序
16、测序完成啦，挽救成功~
经过一番紧张的操作，我们的测序试剂、测序文库都挽救回来啦~成功~ 再次感谢illumina工程师们的技术支持和全程指导，远程帮助我们解决了此次由于芯片放置位置不正导致的偶发的试剂漏液问题。 结果很美满，过程很波折。将这个实验室小小波折过程记录下来，与大家分享 希望此篇小作文可以帮助出现类似问题的伙伴们，加油~ 长按关注 公众号名称：微微悦明 科学的乐趣是获得新知识的喜悦~ 高通量测序、大数据病原微生物检测和监测健康大数据行业资讯记录与分享 |
|
|
