18世纪20年代后，清军入藏平准后设置西宁办事大臣（1725），西藏则定期派出的钦差大臣行使办事大臣职能，驻藏大臣的固定办事衙门（1729）与换防期限（1732年定为三年一换班）也逐渐定制。
准噶尔蒙古在噶尔丹·博硕克图统治时期，于17世纪70年代统一天山北部后，又从1680年开始进军塔里木盆地，并通过察合台家族的代表或者准噶尔统治者收取贡赋。1680—1690年代，清朝还没有和准噶尔统治下的新疆突厥伊斯兰社会直接打过交道。向西，准噶尔蒙古进攻哈萨克和吉尔吉斯人。向东，则于1688年趁喀尔喀左右两翼发生冲突时，噶尔丹击败由土谢图汗率领的喀尔喀左翼军。土谢图汗和哲布尊丹巴则逃往内蒙古寻求清帝保护。乌兰布通与昭莫多两次大战后，噶尔丹败走后死，哈密维吾尔领主归附清廷。此后僧格之子策妄阿拉布坦继位，先后侵扰哈密与西藏，但遭到清军的挫败。 在清军的反击下，1720年吐鲁番的额敏和卓归附清廷。至噶尔丹策零统治时期，准噶尔蒙古与清军时战时和；西藏在和硕特蒙古统治时期和贵族噶伦统治时期，清廷采取派遣钦差大臣加之扶持西藏僧俗贵族的方式处理西藏事务，使得其职责分工具有非固定、临时性的特征。因此驻藏大臣在设置初期就“协理”甚至别的状态，后来才慢慢有了职责与列衔的规定。1727年卫藏战争爆发后的第三年，建立常驻性的驻藏大臣衙门。此后郡王颇罗鼐在位期间加强了西藏与清中央的联系，由于其大权在握并面临准噶尔蒙古的侵袭，驻藏大臣权力中心也一直以军事为主而未能进一步扩大有效统治。
第二阶段为18世纪中后期，清军逐渐消灭达瓦齐和阿睦尔撒纳叛乱，并在平定回疆回部叛乱中率先开始将军—参赞大臣—办事大臣的军府制设置，并逐渐开始了对伯克制政教分离与土官改流官的改革。驻藏大臣的军事职能则因平定西藏贵族的叛乱而重新恢复，但驻藏大臣控制西藏政教势力结合的尝试无疑为回疆伯克制政教分离的改革提供了反向经验。 18世纪80-90年代，多倾向选派具有任职伊犁经验的伊犁领队大臣、伊犁参赞大臣与伊犁将军赴藏，不仅以上三旗为主，并且满洲八旗和蒙古八旗出身的官员几乎达到了1:1的比例。廓尔喀战役后，驻藏大臣进一步掌控了政教事务的大权，因此参赞大臣成为驻藏大臣体制改革的最优参考对象。
1745年噶尔丹策零死后，达瓦齐上台，但因斗争激烈，导致准噶尔达什达瓦部、杜尔伯特部、辉特部相继来附清廷。喀什噶尔的统治者玉素甫联合叶尔羌的统治伯克起义并攻下叶尔羌和喀什噶尔。清朝于1755年击败达瓦齐后，阿睦尔撒纳和大小和卓随后趁机发动叛乱。清军于1756年和1759年又相继平定了天山南北。清廷在善后之初就意识到采用编旗设佐的“扎萨克制”或者编立保甲都不适宜回疆，因此沿用准噶尔任命伯克实行间接统治的策略。 同时又设有伊犁将军等大臣分城驻防，禁止伯克世袭是为防止伯克家族形成地方势力。与之相配套的经济基础建设则是实行大规模屯田与筑城；朱尔墨特那木扎勒叛变让清廷意识到在西藏建立常备军队的重要性，并以驻藏大臣体系限制僧俗权力的重要性。1751年《藏内善后章程十三条》的颁布，首次确定了驻藏大臣和宗教僧主共同处理西藏政务的体制。1788年清廷由监护藏政与对外事务转为直接管理西藏内部行政事务。
清廷入藏平定准噶尔军这一军事行动，间接催生出为稳定青海蒙藏部落控制的西宁办事大臣，以及初为办理善后事宜而钦派的赴藏办事大臣。由于准噶尔蒙古的威胁始终持续，不定期钦派办事的体制不利于应对突发事变，因此西藏的驻防办事大臣体制逐渐固定下来，其任期、固定的办事衙门、正副大臣也相继定制。 有趣的是，这种将军—参赞大臣—办事大臣的军事指挥体系被再次应用到平定达瓦齐、阿睦尔撒纳以及大小和卓叛乱中，并在即将结束剿灭阿睦尔撒纳的1759年下半年，开始在回疆叶尔羌等地进行固定化驻防大臣体系的尝试。1765年乌什回民不堪阿奇木伯克与驻扎大臣剥削，爆发人民起义。事后，乾隆帝将乌什定为新的总汇回疆事务之地，并增设了各回城事务参赞大臣，也注意对驻扎大臣和伯克勾结的管理，但伯克和驻扎大臣对本城人民的剥削仍屡禁不止。
与此类似，在西藏，自1789年后，乾隆帝对驻藏大臣和高级僧俗贵族的勾结也十分警惕，如“自平定回部以來，派令大臣等前往驻扎办事大臣三十余年，亦只有素诚、高朴、格绷额三人任意纵恣，经朕查讯得实，即行正法，並未稍有姑息，众所共知。嗣后必须秉公办事，断不可图利徇私，自贻伊戚。”乾隆五十四年因奉乾隆帝谕旨将八世宗教僧主兄弟（罗卜藏根敦扎克巴）移居别寺，驻藏大臣巴忠、舒濂和普福同奏声称，宗教僧主之伯阿古拉已年老体衰，不能滋生事端。
宗教僧主之兄弟资忠、绥本与宗教僧主亲密未便分离，并请求皇帝赏给宗教僧主之兄弟以名号，俟前藏寺庙堪布缺出再补任。乾隆帝则认为宗教僧主兄弟虽然近年来为恣意妄为，即使宗教僧主稍有偏袒也可以接受，但是不允许驻藏大臣对高级僧侣之任命不加以约束，若驻藏大臣有勾结僧俗贵族以哄骗宗教僧主等滋事舞弊，将奏闻治罪。此后嘉庆帝对于番民匿名控告驻藏大臣策拔克收受前噶伦丹津班珠尔贿赂而擢升其子台吉敏珠尔索（素）诺木班珠尔为噶伦一案，后来虽然证明是诬陷，成林和策拔克仍以其他理由遭受惩罚。
从乾隆帝和嘉庆帝对待驻藏大臣和藏地僧俗贵族勾结的谨慎与严惩态度来看，固然是对驻藏大臣代表朝廷和皇帝公正威严形象的维护，但是对于驻防大臣和地方僧俗贵族的反腐败斗争仍然是基于回疆驻扎大臣和伯克勾结引发人民起义的记忆恐慌，以及对藏传佛教信仰维护者的权威丧失的担忧。廓尔喀战役后，面对回疆军府制中参赞大臣的政军结合管理体制以及西藏驻藏大臣的事权不统一的情况，因此如何在政教结合中去掌控军政大权便成为了驻藏大臣改革的重要参考对象。 |
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