【原】CPGView | 叶绿体基因组结构可视化与注释错误检测工具

生信药丸 2023-02-16 发布于贵州

展开全文

针对叶绿体基因组注释，我们已开发有CPGAVAS2工具，具体使用方法可以查看叶绿体基因组系列往期推文。由于物种的多样性以及参考基因组质量良莠不齐，我们通过CPGAVAS2或者其他注释程序得到的结果需要进一步手动校正。然而，哪些基因的注释错误需要手动校正，手动排查起来过于繁琐，因此我们开发了CPGView工具用于基因组可视化以及注释错误检测，助力叶绿体基因组相关研究。

叶绿体基因组系列推文：

(1)零基础教程 | CPGAVAS2 快速，准确的叶绿体注释工具（附保姆级教程）

(2)CPGAVAS2命令行版 |一次准确高效的注释300个叶绿体基因组？！

(3)CPGview-RSG 网页版 | 优雅的找出叶绿体基因组潜在的注释错误。

(4)(本期)：CPGView——叶绿体基因组结构可视化与注释错误检测工具

(5)(下一期)：CPGAVAS系列筹备中……

植物线粒体基因组系列推文筹备中……

第三期推文我们初步介绍了CPGView-RSG的初步开发版本以及使用方法，再经过同行评议之后，我们根据审稿人的建议做出了部分修改，本次修改更有利于注释错误的判断，并且丰富了基因组可视化的形式。

首先，我们修改了冗长的程序名字，把CPGview-RSG修改为CPGView。在原有的基础上，它可以对叶绿体基因组的注释进行快速检测，提供一个QC文件，方便阅览可能的注释错误。除此之外，绘制基因组图谱的时候添加了变异位点功能，并且可以查看叶绿体基因组的SNP或者RNA编辑事件。该程序已制作成一个网站，为大家提供在线服务。

网站首页：

使用方法

步骤一：点击 DrawMap

步骤二：提交数据。一共有三种数据提交方法。

方法1：点击选择文件，提交本地GenBank格式文件，然后点击Submit。

方法2：输入NCBI GenBank Accession Number，如NC_000932，然后点击Submit。

PS：此方法适用于有NCBI登录号的物种，可以快速访问结果。

方法3：提交本地GenBank格式文件的同时，可以根据情况，上传vcf格式文件，然后点击Submit。

PS：这个VCF文件建议使用gatk软件生成的版本，用于可视化SNP位点。

步骤三：结果查询。一般会提供一个结果查询号，一般可以在1-2分钟后查询结果。

步骤四：结果下载。

方法1：直接复制结果查询号到下面方框，点击提交，即可查看结果。

方法2：点击ViewMaps，在方框粘贴结果查询号，点击提交，即可查看结果。

结果文件解读：

提交结果查询号后，会得到如下结果，其中包含4个方面的信息。

1. Inputfile

可查看提交的文件信息。

2. Maps

2.1 The cpg circular genome map

展示叶绿体基因组图谱。

2.2 The cis-splicing gene map

展示叶绿体基因组中顺式剪接基因。可以快速确认顺式剪接基因的位置信息，以及是否被注释出来。

2.3 The trans-splicing gene map

展示叶绿体基因组的反式剪切基因。注：如果该图片无法正常显示则代表rps12基因注释错误。

3. Repeat elements

展示叶绿体基因组的重复序列分析结果。其中包括微卫星重复（Short Tandem Repeats (STR)/ Simple Sequence Repeats (SSR) / Microsatelite sequences）、串联重复（Long Tandem Repeats）和散在重复（Dispersed Repeats）。具体的分析方法和结果描述，在网页已有详细的标注。

4. Other files

4.1 The intermediate files in tar.gz format

点击此链接，可以下载包含全部分析结果的压缩包。

4.2 The QC report for the GBF file

此报告详细展示了基因组的注释信息，是注释检测的核心文件。该报告即结果压缩包里面以.log.txt为后缀的文件。

具体包含了如下7个内容：

（A）可查看基因组的蛋白质编码基因结构，以及可能注释丢失的蛋白质编码基因信息。

（B）可查看具有不同长度的多拷贝基因信息。

（C）可查看常见的含有内含子（intron-contained）的基因信息。

（D）可查看具有内部终止密码子的基因信息。

（E）可查看具有非标准起始密码子的基因信息。

（F）可查看具有非标准终止密码子的基因信息。