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从受精卵到死亡，从摇篮到坟墓，在人们肉体存续的100年左右寿命期间，人类基因组支撑了人体生命的全过程，其中主要包括了胎儿在子宫内的十月怀胎阶段、胎儿出生后从婴幼儿向青少年的发育过程，以及后续从中老年逐渐走向衰老和最终走向死亡的不可逆过程。在胚胎发育阶段，在母体子宫环境的支持下，人类基因组主导了受精卵着床后，从单个细胞形成胎儿肉体的所有自主发育过程（出生前）。 然而，随着胎儿出生，新生儿从母体离开之后，进入到充满微生物的自然环境中，开始了人生的第二个发育阶段（出生后），直到肉体的消亡（离世）。在这个过程中，人体的发育则是始终处于自然界微生物环境的压力而进行的，从而形成了人菌共生体，即所谓的“人和菌群是一个超级共生体”的概念，其中，人类基因组是第一基因组（第一操作系统，Operatingsystem 1, OS/1），而人体共生微生物的基因组系统则是第二基因组（OS/2），其中以肠道菌群为最多。 已知在胎儿期间，人类基因组可以独立主导胎儿生理发育过程；然而，在胎儿出生后，人类基因组系统（OS/1）如何与人体共生微生物基因组系统（OS/2）之间进行交叉对话，却一直并不清楚。虽然说肠脑轴、肠皮轴、肠肝轴、肠肾轴、肠肺轴等概念越来越多地被学术界认可，然而，肠道菌群的作用却始终未能被揭示出来，除了大量研究报告肠道菌群与人体多种慢病存在高度相关而已。自从胎儿出生以后，肠道菌群（基因组系统）就会自然而然地直接介入到人体生理系统的控制之中，在每天一日三餐或一日两餐的时间通过强制性地赋予人体饥饿感，迫使人体摄食，其结果则是让肠道菌群和人体都能够从食物中得到能量而生存，表现出良好的共存现象，即“饥饿源于菌群”。大量临床研究证明，通过控制肠道菌群对人体的饥饿感的控制，人体即可进入到连续7-14天饥饿感消失、只饮水不摄食、正常作息的状态，而且在此阶段，人体生理系统中在消化食物方面的子系统（模块）相对暂停工作，人的认知系统和精神系统的工作效率则相对显著提升，从而体现在胎儿出生后人体同时并终生受到OS/1和OS/2之间共同控制的模式。为此，我们提出了“菌心说”学说和“菌脑双心论”，认为肠道菌群基因组系统在成年人生理学研究中具有极其重要的控制作用。 “菌心学说”指的是就人体而言，除大脑是人体的中心之外，与人体共生存在的微生物即由非人类DNA组成的“第二基因组”遗传系统，尤其是肠道菌群微生态构成了人体的另外一套复杂控制系统，是人体的另外一个“中心、重心与核心”，终生影响甚至控制着人体的饥饿感、欲望甚至心理活动，即“饥饿源于菌群”、“欲望源于菌群”、“心理源于菌群”，具体表现为肠道菌群通过赋予人体饥饿感迫使人体摄食而完成吃饭动作，即人体是被动地吃饭、而不是主动地吃饭的，将传统意义上的“民以食为天”升级解释为“菌以食为天、民以菌为先”的新的科学道理。如果由于不良的生活方式和不健康的饮食习惯导致肠道菌群紊乱，这些异常的肠道菌群就会逐渐形成慢病的“病根”，并长期“潜伏”在消化道之中持续诱发慢病。随着日常生活中一日三餐持续进行，这些异常的菌群会不断地向人体传递异常的代谢信号，从而导致慢病难以改善和康复。同时，“菌心学说”认为，人们对于不同食物的倾向性与特定种类的肠道菌群的数量和质量异常密切相关，即一个人的饮食习惯被长期甚至终生记录在这个人的肠道菌群的数量和种类之中，反过来通过人的“欲望”和“心理”状态体现出来。 为此，“菌心学说”认为人的内心活动即心理活动的物质基础有可能是“肠道菌群”，而并非人脑本身，具体表现在“人心即菌群”和“菌群即人心”，故名“菌心”。因此，总体上而言，“菌心学说”认为人体是由躯体、菌群（菌心）和人脑组成的“身心脑·三位一体”的结构体系，从而提出了对于人体结构和功能的新理解，突破了以前中医对于人体的宏观解剖学认识以及西医对于人体的微观解剖学的认识，并且认为“菌心主导情商”、“人脑主导智商”，而人体只是一个为“菌心”和“人脑”提供“栖息之地”的生理空间。
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