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肌肉营养不良的类型不同，预后的效果也不同，D型肌营养不良大多都会有心肌损伤，30%的患儿会存在不同程度的智力障碍。到了12岁左右不能行走，只能依靠轮椅，最后会因为呼吸肌萎缩而导致呼吸变浅，、咳嗽无力或心功能不全，20到30岁左右会导致呼吸道感染、心理衰竭而死亡。
肌肉营养不良症患者进展速度缓慢，病情较轻，12岁后能行走，心脏很少受累，智力正常，存活时间较长，接近于正常生命期限。大约20%的面肌肱型肌肉营养不良的患者会坐轮椅，病情比较缓慢，累积到躯干和盆带肌肉。肢带型肌肉营养不良的患者在10到20岁左右起病，病情进展缓慢，20年后会导致和动力丧失。
患者5-15岁左右缓慢起病，智力正常，心脏传导功能障碍，表现为心动过速、晕厥、房颤、心脏扩大，心肌明显损害。起病比较慢，患者会因心脏病而死亡。除此之外，眼肌型和远端型患者发病很慢，但是生命年限会接近于正常人。
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