【原】如果三代测序一直在奇怪物种找存在感

前些天我们密集的宣传了三代测序，比如纳六城·以孔会友 – Oxford Nanopore大中华区系列用户分享会 和 【见所未见 纤毫毕现】2023 PacBio HiFi测序全国巡讲即将开启  让粉丝们误以为我们进军三代测序数据分析领域或者下重注押宝了三代测序的腾飞，继承上一个五年的单细胞时代的火爆，其实不然。

三代测序已经是十年前流入中国，比上一个五年的单细胞时代还早五年，但是一直不温不火。虽然ISO-seq优势非常明细了，但是目前这个测序的数据分析居然没有权威的best practice，而且简单搜索看了看，都是在奇奇怪怪的物种：

• 2022年2月，克氏原螯虾，Integrated application of Iso-seq and RNA-seq provides insights into unsynchronized growth in red swamp crayfish (Procambarus clarkii)
• 2019年1月，葡萄，Iso-Seq Allows Genome-Independent Transcriptome Profiling of Grape Berry Development
• 2021年7月，虹鳟，PacBio Iso-Seq Improves the Rainbow Trout Genome Annotation and Identifies Alternative Splicing Associated With Economically Important Phenotypes

如果三代测序一直在奇怪物种找存在感，那就辜负了Nature Methods宣布的2022年的年度最佳方法了：

2022年的年度最佳方法

虽然说，这个技术获选Nature Methods推荐是因为T2T基因组， 2022年3月， T2T联盟发表了第一个人类完整基因组序列。马上这个T2T(Telomere-to-telomere) 技术思路就迁移到了大量其它物种，结合多种测序技术（HiFi+ONT ultra-long），实现一条或多条染色体端粒到端粒水平组装的0 gap基因组。

但是物种是有限的，前面的人摘到了低垂的果实就堵死了后面的人的路，所以注定了它不可能成为主流，而且费用早就跌破了五位数，比如朋友圈看到的海报：

费用早就跌破了五位数

那么，三代测序在单细胞领域呢？虽然我也收到了广告宣传，但是感觉单细胞都已经式微，不应该是在单细胞领域重新长出来一个爆发点，哪怕是空间单细胞或者单细胞多组学，都只能说很小众。所以，三代测序结合单细胞也应该是火不起来。

三代测序结合单细胞

其实ngs领域，技术繁多，比如：https://www./courses-workshops/

ngs领域，技术繁多

真正火爆起来的就是十年前bulk转录组，五年前的单细胞转录组，所以我合理的推测接下来的五年应该是三代bulk转录组，无论是是费用还是数据分析的多元化，都非常值得期待，可以刷十万篇左右高分文章。