肃北蒙古族自治县源于1938年在古肃州之北设立的“肃北设治局”。因境内蒙古族人口较多，1956年成立肃北蒙古族自治县。 春秋时期，肃北为"西戎"、"羌人"等少数民族居住。战国时期古月氏民族由西北迁徙到河西走廊，并吞瓜州之戎，而占据其地。肃北全境为月氏占据。秦始皇二十六年（前221年），秦始皇统一六国，河西仍为月氏占据，祁连山为乌孙所据，马鬃山为匈奴所据。西汉文帝后元六年（前156年）匈奴破月氏，河西走廊为匈奴占领。西汉元狩二年（前121年），匈奴降汉，汉王朝统一河西，先后设置了武威、张掖、酒泉、敦煌四郡，史称"河西四郡"。当时的敦煌郡管领着敦煌、冥安、广至、龙勒、效谷、渊泉六县。今肃北石包城一带属广至县，鱼儿红一带属冥安县，党城湾至别盖在龙勒县，马鬃山地区大部分属渊泉管辖。这种统属关系延续至曹魏政权的末期。西晋初期党城湾地方增设昌蒲县，管辖别盖、党城至沙枣园等地，敦煌郡新增设伊吾县，管辖马鬃山地区一带，改冥安为宜安管辖石包城一带，增设阳关、新乡、会稽诸县，鱼儿红一带属于会稽县管辖。东晋隆安四年（400年），敦煌太守李镐建立西凉国，定都敦煌，统领12郡1县，其中武兴郡在今别盖桥头子一带，武郡县在今党城湾一带，张掖郡在今沙枣园一带。隋炀帝五年（610年）肃北今地石包城、马鬃山、党城、别盖仍属敦煌郡管辖，盐池湾属于西海郡治理。唐武德五年（623年）改敦煌为西沙州，贞观七年（634年）改西沙州为沙州和瓜州，沙州领敦煌、寿昌二县和子亭镇。今肃北党城、别盖一带属于子亭镇管辖。石包城一带属于瓜州常乐县。大龚岔、石坂墩属新乡镇。马鬃山地区直属瓜州管辖。盐池湾地区为吐蕃牧地。唐代宗广德二年（765年）至代宗大历十二年吐蕃先后共攻占了沙州、肃州、新兴镇、子亭镇等，今肃北全境为吐蕃管辖。宣宗二年（849年）唐朝设立沙州节度使，肃北全境为沙州节度使管辖。宋仁宗景祐三年（1036年）至嘉祐三年（1058年），西夏先后占据了肃州、瓜州、沙州。肃北党城湾、别盖、石包城、马鬃山等地为西夏王朝管辖，盐池湾一带由草头鞑靼占据。蒙古太祖十六年（1221年），西夏王朝被元所灭，瓜州、沙州被回纥占领。元至元十三年（1276年），元始祖收回纥，并吞草头鞑靼，肃北全境纳入元朝版图。明洪武三年（1371年）至永乐二年（1405年），先后在嘉峪关以西以南设置关外七卫。今肃北马鬃山南部、鱼儿红地方隶属赤金蒙古卫管辖，党城、别盖一带归沙州卫管辖，石包城、盐池湾一带属罕东卫管辖。嘉靖七年（1529年），明政府封闭嘉峪关，党河下游、马鬃山地区为哈密辉和尔占据，疏勒河流域以西的石包城、盐池湾地方为西喇郭勒蒙古人占据。清朝雍正二年（1724年）在关外相继设置五卫，后又改称或合并为府、州、县，肃北鱼儿红地方属玉门，石包城地方属安西，党城、别盖、盐池湾、色尔腾地方属于敦煌，马鬃山也归属安西。 民国二十六年（1937年）9月设立马鬃山设治局。民国二十七（1938年）3月易名肃北设治局，为六等县级，隶属甘肃省第七行政督察专员公署。1949年10月25日成立肃北蒙民临时自治委员会。1950年7月20日成立肃北自治区（县级）隶属酒泉专员公署。1953年10月25日肃北自治区易名肃北蒙族自治县。1955年7月25日成立肃北蒙古族自治县，隶属酒泉专员公署。是年10月7日"酒泉、武威专区合并为张掖专区"。肃北蒙古族自治县隶属张掖专区。1960年酒泉专区恢复，肃北蒙古族自治县人民委员会隶属酒泉专区治。2002午9月，撤销酒泉地区，设立地级酒泉市，肃北蒙古族自治县隶属酒泉市。在肃北为数不多的湖泊、天池中德若淖尔象一面明镜清澈、灿烂，她在海拔三千多米的高山群岭中，面积约三万多平方公里，湖水及其两岸的景色是原始、粗犷、质朴的，而且湖水吸引了很多候鸟，周围是典型的高原牧场，羊群象珍珠洒在那里，两边的雪山上长着雪莲、当归等名贵药材。湖边风景宜人、气候凉爽，每年的6-8月间这里成为人们避暑、观光、游弋自然的理想地。"德若淖尔"是蒙古语，马镫湖的意思。关于这名称的由来有好几种说法。有说湖形象马镫子的:从两边的高山上往下看去，湖形的确象一个巨大的银镫。湖水呈镫眼，湖岸成镫边，从西面的山谷间流入湖水的小河象一条熟牛皮的镫绳，河水正好又绕过湖边的一座小山，恰似把镫绳坚固地拴在那儿。也有人说湖水正好在高山的的一个巨大的台阶上，好似踩着上马的银镫，坚固而闪光。无论如何德若淖尔湖的名字都与蒙古人及他们的图腾--骏马有着直接的联系。故事也很多，其中老人们讲的有一个传说很生动、感人。在很久很久以前，这里没有人烟、没有水、没有草，只有光秃秃的山脊和戈壁沙丘。那时，在遥远的雪山之乡有一位蒙古族英雄为保全自己部落的草原，与其他部族的人进行争夺结果未能获胜，反而部落中身坚力壮的男人被战死，女人们全被抢走，草场和牲畜被占领了。这位英雄领着老人和孩子们翻山越岭寻找生存的地方，可是所到之处没有水、没有植物，走了三天三夜，老人累了、孩子哭了，骏马渴了，人们开始失望了。面对这样的悲痛局面，英雄果断地说:"大家不要悔心，只要等着我你们就能找到生存的地方"，便跨上骏马独自一人经过茫茫戈壁走向那山的方向。
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