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Tn5丨转座现象如何应用于文库构建

 舒桐科技 2023-07-12 发布于浙江

20世纪40年代,美国遗传学家芭芭拉·麦克林托克(Barbara McClintock)在研究玉米籽粒颜色的遗传不稳定性时首次发现了转座现象,并因此荣获1983年诺贝尔生理学或医学奖。转座现象是指一段DNA序列可以从原位上单独复制或断裂下来,环化后插入另一位点,并对其后的基因起调控作用。这段序列称为“跳跃基因”或转座子。

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转座的分类

一般来说,根据转座方式的不同,将转座子分为“Ⅰ型转座子”和“Ⅱ型转座子”。

Ⅰ型转座子:“复制-粘贴”模式,RNA polⅡ将转座子DNA转录为mRNA,再反转录为cDNA,最后在整合酶催化下将其整合到基因组上的新位置。

Ⅱ型转座子:“剪切-粘贴”模式,在转座酶的作用下,Ⅱ型转座子从原来位置上解离下来,重新整合到染色体上。常应用于NGS领域的Tn5,也属于此类转座子。

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Tn5转座子的性质

Tn5转座子是一种细菌转座子,最早从E. coli中发现,其序列主要包含四个组分:

(1)IS50

IS50R和IS50L的序列高度同源。IS50R上的Tnp和Inh分别编码转座酶(Tnp)和转座抑制因子(Inh),Inh可与Tnp形成多聚体复合物进而抑制Tnp介导的转座;IS50L上的P3和P4则分别编码Tnp和Inh的无功能形式。

(2)Outside end(OE) sequences

OE序列由19个碱基组成,可被Tnp所识别,参与整个Tn5的转座。

(3)Inside end(IE) sequences

IE序列不参与Tn5的转座(OE-OE),仅参与IS50的转座(IE-OE)。

(4)Drug resistance genes

Tn5上的耐药基因主要有kan、str和ble。

 


图1 Tn5转座子结构

转座发生时,两个Tnp识别结合Tn5转座子两端的OE序列,形成Tnp-OE复合物,然后两个Tnp-OE复合物通过C端介导互作并形成具有切割DNA能力的Tn5转座复合体。随后Tn5转座复合体利用切割活性,经过一系列化学反应切除供体DNA,离开供体链。当结合到靶DNA上时,复合体识别并攻击靶序列(Target site),将转座子插入到靶序列中,粘性末端通过DNA聚合酶、连接酶作用进行填补,两端形成9bp正向重复序列。整个转座过程完成了基因从原始DNA被剪切之后粘贴在另一受体DNA的过程,实现了基因的“跳跃”。

  

图2 Tn5转座过程

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Tn5用于NGS文库构建

NGS文库构建即把DNA样本片段化或筛分成指定长度的目标序列,再加上寡核苷酸接头P5、P7(和条形码Barcode),用于后续测序上机。传统建库方式需要经过DNA片段化、末端修复、接头连接、文库扩增、多次纯化分选等步骤,耗时较长,将Tn5用于测序文库构建时,可将DNA片段化、末端修复、接头连接等多步反应转变为1步反应,极大缩短建库时间,提高工作效率。

研究发现,Tn5转座酶可以仅识别OE序列并将其随机插入DNA中,完成体外的转座。根据这一原理,将测序的P5、P7端部分接头序列(Adapter 1/2)加入OE序列中,Tnp识别含有OE序列的Adapter 1和Adapter 2序列后便可形成Tn5转座复合体。该复合体识别受体DNA的靶序列(Target site),切断受体DNA,并插入携带的供体DNA,形成一端带有P5部分接头Adapter 1,一端带有P7部分接头Adapter 2的DNA,之后通过PCR加上Barcode以及接头其余部分,形成含P5端与P7端完整接头的DNA文库。

  

图3 加入Adapters后的Tn5转座复合体

  

图4 Tn5用于文库构建

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Tn5的前沿应用

(1)ATAC-seq全称为Assay for Transposase - Accessible Chromatin with highthroughput sequencing,即利用高通量测序检测转酶易接近的染色质的技术。真核生物的核DNA紧密缠绕在组蛋白周围,并经过进一步的折叠、浓聚形成染色体。当DNA进行复制或转录时,折叠结构会被打开形成可接近的区域,ATAC-seq技术利用Tn5转酶切割暴露的DNA,使其连接上特异性的Adapters,插入Adapters的DNA片段可被分离出来用于二代测序,从而获得大量的细胞系和组织样本基因表达、转录调控、转录修饰等的信息。相对其他如MNase-seq,FAIRE-seq和DNase-seq等染色质研究方法来说,ATAC-seq具有快速、样本需求量少、一次性获得全基因组上的染色质开放区域等优势,在表观遗传学具有广阔的发展前景。

(2)LIANTI,全称为Linear Amplification via Transposon Insertion,即通过转座子插入线性扩增,是一项经过改良的单细胞全基因组扩增(Whole-genome Amplification, WGA)方法。利用Tn5转酶结合LIANTI序列,形成含有T7 promoter的Tn5转座复合体,复合体结合到单细胞基因组DNA,将DNA随机片段化并插入LIANTI转座子。通过T7 promoter的体外转录,获得大量线性扩增的转录本,然后经过逆转录得到大量的扩增产物,随后进行建库测序操作。整个过程仅进行线性扩增,没有进行指数扩增,大大增强了扩增稳定性,降低PCR干扰,此外,该技术使得测量拷贝数的空间分辨率提高了3个数量级(能在千碱基分辨率进行微CNV检测,基因组覆盖率可达到97%),助力更有效、更精准地检测出更多遗传疾病。

 珠海舒桐医疗科技有限公司凭借多年的蛋白表达纯化经验,可提供极具优势的Tn5转座酶及Tn5相关建库试剂盒——Tn5-DNA Lib Prep kit for Illumina/MGI,助力广大科研工作者获得理想的建库结果。

Tn5-DNA建库试剂盒简介

Tn5-DNA Lib Prep kit for Illumina/MGI 是针对纯化的DNA样品进行快速文库构建的试剂盒。其原理是采用转座酶对DNA进行片段化并同时加上部分接头序列。与传统的DNA文库构建方法相比,降低了模板量的需求,减少了对打断仪器的依赖,且显著缩短了文库构建时间。构建的文库经质检合格后可直接用于Illumina/MGI平台测序分析。该试剂盒适用于各类纯化的DNA样品(人,动物,植物,微生物基因组及纯化的 PCR 产物)。整个实验过程只包括用转座酶进行DNA片段化和PCR扩增两个过程,整个实验可在2小时完成。试剂盒中的每种试剂都经过了严格的质量控制,保证产品的稳定性和可重复性。

Tn5-DNA建库试剂盒优势

🔸 快速:整个建库时间只需要2h;

🔸 稳定:针对不同双链DNA样本均可获得良好建库结果;

🔸 操作简单:单管操作,片段化和加接头反应同时进行;

🔸 效率高:专用聚合酶配以精心优化的反应体系,提升了文库扩增的效率。

产品信息



参考文献
[1]Goryshin I Y, Reznikoff W S. Tn5 in vitro transposition [J]. The Journal of biological chemistry, 1998, 273(13): 7367-74.
[2]Li N, Jin K, Bai Y, et al. Tn5 Transposase applied in Genomics Research [J]. International journal of molecular sciences, 2020, 21(21): 8329.
[3]Steiniger-White M, Rayment I, Reznikoff W S. Structure/function insights into Tn5 transposition [J]. Current Opinion in Structural Biology, 2004, 14(1): 50-7.
[4]Picelli S, Björklund A K, Reinius B, et al. Tn5 transposase and tagmentation procedures for massively scaled sequencing projects [J]. Genome research, 2014, 24(12): 2033-40.
[5] Haniford D B, Ellis M J. Transposons Tn10 and Tn5[M]. John Wiley & Sons, Ltd, 2015.

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