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DNA快速提取:一步提取植物基因组

 GCTA 2023-07-13 发布于云南

DNA提取是分子生物学实验中基础的技术之一,为了降低拟南芥(Arabidopsis thaliana)DNA提取的劳动力、时间和成本,研究人员建立了一种从拟南芥中进行一步式DNA提取的方法。经过多次试验,他们发现可以使用一个已知方案(Edwards等人,1991年)中的稀释提取缓冲液来成功地实现一步提取拟南DNA。

注意事项

该方案的目的是为了提取用作PCR模板的DNA,此外,当植物样品与提取缓冲液的比例大幅改变、使用机器猛烈压碎植物组织或将提取物加入PCR反应的体积增加时,实验可能不会成功。

操作步骤

  1. 准备植物样品:从拟南芥的叶片中采集3-5mg的样品,并将其放入一个1.5毫升的塑料管中。

  2. 添加提取缓冲液:向塑料管中加入200μL的提取缓冲液,这个提取缓冲液是在实验室内制备的,是将Edwards溶液(200 mM Tris-HCl(pH 7.5)、250 mM NaCl、25 mM EDTA和0.5% SDS)用TE缓冲液(10 mM Tris-HCl(pH 8)和1 mM EDTA)稀释10倍得到的。

  3. 压碎植物组织:使用适合管子的塑料棒将叶片压碎并与管壁接触摩擦。经过压碎后,溶液会变为透明绿色,并可见残留的植物组织留在溶液中。

  4. 去除组织残留物(可选):如果需要去除植物组织残留物,可以在14,000 rpm下将管子进行5分钟的离心,然后回收上清液。

  5. 存储提取物:无论该溶液是否带有组织残留物,可以在-20°C下存放数月而不会发生变质。

  6. PCR反应:在20μL的PCR反应中,加入1μL以上溶液。需要注意的是,若加入2μL会抑制PCR反应。

PCR产物的核酸电泳结果

(A)稀释提取缓冲液对PCR扩增的影响。使用原始缓冲液(x1)和十倍(x0.1)、百倍(x0.01)、千倍(x0.001)稀释的缓冲液,以及TE缓冲液进行测试。使用引物组1扩增DNA,该组引物应该产生118 bp的DNA片段。

(B)转基因检测。使用NOB7和野生型植物进行检测。NOB7植株的转基因位点位于染色体V上NOBf(左引物)和NOBr(右引物)的目标位点之间。Binv4的目标位点(右引物)在NOB插入物上。NOB转基因植株通过NOBf和Binv4引物给出677 bp的PCR产物,而野生型植物通过NOBf和NOBr引物给出1337 bp的PCR产物。

(C)DNA微量提取的PCR产物。从1毫克叶片组织和约1 mm²的叶片组织和2个花瓣进行了普通比例的提取和微量提取。使用引物组3扩增DNA,该组引物应该产生116 bp的DNA片段。


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