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零代码 | 超级实用绘制基因家族结构图进化树组合图

 生信漫谈 2023-07-29 发布于湖北

软件背景

  很巧在简书看到有人在推一个比较好用的绘制基因结构进化树组合的可视化软件,不需要任何代码,看着出的图片都非常精美,所以下载来推荐给小伙伴。这个软件相当于GSDS的本地版http://gsds./index.php也能绘制进化树图,Motif图,结构域图,启动子图, BED文件 等多种图表的绘制和组合绘制,但是使用起来非常方便,出的图片比GSDS漂亮许多,可以直接用于SCI论文中。


开发了一个绘制基因结构和蛋白质结构的工具(CFVisual)。CFVisual可以将系统发育树、基因结构和蛋白质结构绘制在一张图中,并具有丰富的交互功能,可以满足研究人员的工作需求。此外,它还支持上述分析图像的任意拼接。它已成为基因家族分析的得力助手。CFVisual包是用Python实现的,可以从https://github.com/ChenHuilong1223/CFVisual/免费获得。

电脑版下载地址:https://github.com/ChenHuilong1223/CFVisual/releases/tag/2.1.5,如果不想自己下载,可以关注微信公众号生信漫谈加交流群免费下,都免费上传了!


如何使用

上面介绍了如何下载,那具体软件怎么使用呢?

直接使用文中自带的示例文件进行演示:

点击开始即可:


如果对颜色,图形不满意可以进行编辑,进行Redraw就行

修改后得到的

同时为了为了方便写论文时描述外显子-内含子的长度和数量等信息,这是很多小伙伴关心的一个问题,点击Statistics按钮即可。

具体样式修改可以参照简书作者龙star180也是本软件作者的样图。

1

准备文件,用示例文件

2

其他信息

3

点击开始即可

4

进行颜色调整修改

5

重新绘制

最后调整好的用于文章即可


具体的使用方法

可以参考下载参考说明,写的非常清楚,作者还是非常用心的,能把一个软件功能写的那么的详细,感谢!

颜色的问题

CFVisual可以 识别 的 交互 格式 文件:从 左 到 右 的 列 分别 表示 为:基因 名 、 形状 符号、 形状 尺寸、 形状 填充 颜色 和 形状 轮廓 颜色。其中, 形状 符号 理解 如图 40 颜色 参数 支持 常用 的 8个 表示 颜色 的 单词 或 简写 图 41 和 十六 进制 的 颜色 编码 字符 串 图 42这里 作者 推荐 菜鸟 工具 中 的 一个 板块 https://c.runoob.com/front-end/55 因 为 不仅 支持 颜色 查找, 也 支持 RGB格式 和 十六 进制 颜色 编码 字符 串 的 相互 转换 值得 收藏

图像的问题

树图 分类 控制 文件 的 格式 如下 图从 左 到 右 的 列 分别 表示 为:分类 区域 上端 或下端 的 基因名 、 分类 区域 下端 或 上端 对应 的 基因 名 、 颜色 和 分 类 的 标签 。注意:每一行 对应 一个 分类 区域 第四 列 可以 不提供。

功能强大实用

用户 充分 利用 CFVisual的 树图 分类 功能, 真的 可以 不用 再 用 Ps或 Ai等 修图 工具 去 修饰 了。然后, 作者 展示 两张 样图 以供参考,希望大家多多学习,软件真的非常nice好用。


按上述要求操作,你就能得到发表级别的图片,如果需要示例文件及中间结果文件,请私信加小编微信,免费提供!


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