分享

IP / Co-IP / pull down,从 protocol 到常见问题解析

 外科黄文斌 2023-08-09 发布于广东

Co-IP 和 WB 差不多,多少占点「玄学」。其实 Co-IP 也是有迹可循的,从实验设计、样本制备、抗体固定、样本孵育、洗涤/洗脱、检测,这 6 步入手,一定能带你打败 Co-IP。

但实验室里还是会有几个师弟师妹因 「co 不下蛋白」苦恼。组会导师终于看不下去了!在群里发了一个教学视频——解锁免疫共沉淀讲座

那我们就来看看,赛默飞的线上讲座都包含哪些干货内容。文字凝练笔记 精彩视频回放的教学形式,一定可以解决你的实验问题。

▼ 点击下方卡片立即看视频 ▼

图片

如果你没有时间回看讲座,也没关系,我们帮你总结了讲座的精华,整理成了笔记!接着看下去吧~

一、实验前期准备 & 思考必不可少

在实验前,做好以下问题的思考,可以让你的实验事半功倍。

 IP、Co-IP、pull-down:都有什么区别?如何进行选择?

 IP,Co-IP 实验的流程是固定的吗?是否可以调整?

 input,output,pre-clear,阳性对照,阴性对照,「行话」如何理解?

 抗体提前选经过 IP 验证的抗体,减少假阳性概率。

 抗体结合蛋白 Protein A, Protein G, Protein A/G, Protein L,到底选哪种?

 基质,琼脂糖还是磁珠?

 孵育顺序与孵育条件:抗体,裂解液,beads,如何排列组合?会有怎样的影响?

 整个 Co-IP 系统,涉及到裂解液,结合液,洗涤液,洗脱液,这 4 种溶液要如何考量呢?

以上问题的答案,均可以从赛默飞线上「解锁免疫共沉淀」讲座了解。点击下方图片,直播精华抢先了解~

二、6 步带你解锁免疫共沉淀

图片
图片
图片
图片
图片
图片
图片

左右滑动查看更多

图片

在了解以上 6 步后,大家在具体操作时可能会遇到很多个性化问题,我们收集了常见实验问题以及经典回答。看看是否有你的 Co-IP 困扰?

问题:做 CoIP 实验的时候,是必须选择平时所用的某特异的细胞,还是用工具细胞也可以?是动物组织样本还是细胞样本?

回答:CoIP 实验的目的一般是验证两个蛋白在体内的真实结合情况,所以选择工具细胞系,特殊的细胞系,还是组织进行,还是需要根据真实实验目的来进行。一般来讲细胞系要比组织更好操作些,如果没有合适的细胞系,直接用动物组织也是不错的选择。此外,如果两个蛋白间相互作用较弱,很容易在样本制备过程中就破坏掉,这种情况下会推荐使用交联剂先固定住蛋白间的相互作用,以保证在后续 Co-IP 实验中被检测到。

问题:请问 IP 抗体与 IF 抗体有什么区别?想做 IP 实验,但是没有目的蛋白的 IP 抗体,查了所有的公司,只有 IF 或者 wb 抗体,那么可以用 IF 抗体代替吗?

回答:标注 IP 的抗体一般是可以做免疫共沉淀的抗体,标注 IF 的抗体是用作免疫荧光实验的抗体。在您选择抗体进行 IP 实验时,一定要优选选择 IP 验证过的抗体,不能用 IF 抗体来替代。如果实在找不到 IP 抗体,用IF抗体会比 WB 抗体的成功率更高。还可考虑换成 pull-down 实验。

问题:我跑出来的 Co-IP,为什么 IgG 有很浓的条带?

回答:在实际操作的过程中很难避免一些非特异性条带,要看条带的位置,如果条带位置正好是抗体轻重链,且该位置在 input 组没有,IP 组有,是有可能的。可以通过多次漂洗,使用磁珠代替琼脂糖等办法,看看是否可以改善现有问题。

问题:请问跑出来 IgG 泳道有和 IP 组一样目的条带大小的条带,且不是轻链重链的大小处,是什么原因呢?背景也很干净,没有杂带。

回答:通常 IgG 对照是不能特异性结合目标蛋白的,如果出现条带了,要考虑同型对照或者琼脂糖珠/磁珠本身对蛋白的非特异性结合。

问题:IP 后蛋白分子量变化了(和 input 不在同一水平线上)是什么原因呢?

回答:IP 下来的样本中可能含有较高浓度的盐或者离子去垢剂或者是不同的 pH 值(这个取决于使用的洗涤剂),这些成分可能会干扰 WB 检测时蛋白在胶内的迁移速率,所以会出现 Input 和 IP 后蛋白分子量不一样的情况,如果想要改善,可以试着在 WB 跑胶前调整一下 buffer 的成分,如果不严重干扰实验结果,也可以不调整。

图片

向上滑动查看更多

图片

    本站是提供个人知识管理的网络存储空间,所有内容均由用户发布,不代表本站观点。请注意甄别内容中的联系方式、诱导购买等信息,谨防诈骗。如发现有害或侵权内容,请点击一键举报。
    转藏 分享 献花(0

    0条评论

    发表

    请遵守用户 评论公约

    类似文章 更多