背景 要点 裂解翻转于低温,避免降解是根本。 抗体珠子需加足,抗体蛋白过夜孵。 蛋白丰度了于心,重链轻链已变性。 Protocol与datasheet,研读操作需仔细。 常见问题解析 01 免疫共沉淀(Co-IP)与免疫沉淀(IP)的区别 IP Co-IP IP:通过对某蛋白质的富集,研究该蛋白的特性(如翻译后修饰)。 Co-IP: 通过对某蛋白质的富集,研究与其结合的其他蛋白(即蛋白-蛋白相互作用、蛋白复合物等)。 ▶ 关键试剂选择:使用可以富集蛋白的抗体是Co-IP的前提,因此,适用于IP的抗体都可应用于Co-IP。 02 Co-IP与Gst pull-down的区别 Co-IP:利用抗原抗体反应的特异性; GST Pull down:一般指用一个带GST标签的重组蛋白,与目的蛋白进行孵育,最后用结合GST的Beads拉下相互作用复合物。 03 免疫共沉淀中的input是指什么?阴性对照的意义是什么? input是阳性对照。免疫共沉淀实验中,会直接取细胞裂解液进行WB,用于验证细胞裂解液中确实存在目的蛋白。阴性对照是用来排出污染的可能性, 当阴性对照(即lgG对照)没有出现阳性说明没有非特异性的蛋白,当对照出现阳性,说明抗体有非特异结合的可能。 04 免疫共沉淀中ProteinA/G琼脂糖珠有何作用? ProteinA/G能特异性地结合到免疫球蛋白的FC片段,因此能和抗体结合,而抗体与目标蛋白结合,目标蛋白和相互作用的蛋白结合。 05 Co-IP实验中如何去除重链轻链的影响? 1. 靶标蛋白与抗体重链(55kD)、轻链(25kD)分子量差别很大 ; 2. IP抗体:将IP抗体固定于磁珠上 ; 3. WB抗体:IP捕获抗体(如鼠源)与WB检测一抗(如兔源)选用不同种属来源的抗体(初级方案); 4. 特殊二抗:传统二抗可识别变性的重轻链, 而 Protein A/G-HRP 二抗仅结合完整的IgG。 06 Co-IP实验两个抗体需要不同种源吗? 最好选择两个不同种源的抗体。选择同一种源的抗体的问题在于:在WB之前进行的蛋白变性这一步,由于加样缓冲液中含有巯基乙醇,巯基乙醇会把抗体的重链和轻链间的二硫键破坏, 从而使抗体变成重链分子55KD和轻链分子25KD, 如果目的蛋白在55KD或25KD附近,则IP抗体的重链或轻链和目的蛋白会重叠在一起,无法分辨。 07 进行IP反应时,抗体、磁珠的加样和反应顺序会对最终结果有影响吗? 一般有三种反应顺序: 1.样本+抗体先反应,然后加磁珠; 2.抗体+磁珠先反应,然后放入样本中; 3.样本+抗体+磁珠同时反应。 推荐使用第一种和第二种,差别不大。不推荐用第三种,第三种方式虽然可以减少反应时间,但有实验表明同时加入三个组分的方式会使最终的结果变差。 Trouble shooting 高背景 制备样品中可能有不完全溶解的大的蛋白复合体 ▶ 制备样品后进行短暂超声处理(3次,每次5秒钟),然后离心纯化,取上清后进行后续试验 洗涤不彻底 ▶ 多次洗涤,并逐渐增加洗涤缓冲液中的NaCl和去垢剂浓度 非特异性蛋白吸附于珠子上 ▶ 进行Preclearing以排除非特异性吸附 抗体本身特异性不好 ▶ 选择合适的抗体,可以考虑单抗 使用了太多的抗体 ▶ 进行条件优化减少抗体 使用了过多的细胞或组织进行裂解 ▶ 减少样本量,我们推荐100-500μg细胞裂解物 抗原降解 ▶ 保证样品中加入了蛋白酶/磷酸酶抑制剂,尽量使用新鲜制备的样品 WB步骤 ▶ 使用规范的WB,注意封闭、一二抗稀释的条件 无信号 目的蛋白在样本中表达量低或者不表达 ▶ 首先对目的蛋白表达量进行检测,或者加大IP中加入的蛋白裂解物并进行预处理。 ▶ 胞内蛋白互作的水平较低或没有互作,增加蛋白裂解物或进行诱导处理。 细胞裂解液使用不当 ▶ 根据实验需要选择,慎重考虑。 目的蛋白未被洗脱 ▶ 保证使用合适的洗脱液,保证洗脱液的强度和pH值合适。 抗体没有很好的与珠子相互结合 ▶ 选择合适的珠子。 抗体选择不当或者不工作 ▶ 利用WB对抗体进行验证 抗体使用不足 ▶ 查阅文献或者说明书,并多次优化或选择合适的抗体使用量。 |
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