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大家好，今天和大家分享的题为he prognostic value of tumor mutation burden(TMB) and its relationship with immune infiltration生信蛋加in breast cancer patients（肿瘤突变负荷（TMB）的预后价值及其与免疫浸润的关系生信蛋加癌症患者）人类肿瘤具有不同数量的体细胞突变，统称为肿瘤突变负荷 (Tumor muta tional burden, TMB)。评估TMB状态是预测患者预后和治疗获益的方法之一。 01 研究背景 尽管肿瘤突变负荷（TMB）作为各种癌症免疫治疗的生物标志物被报道，但它能否有效预测乳腺癌患者的生存预后仍不清楚。本研究采用多组研究探讨TMB的预后价值及其与免疫浸润的相关性。 从TCGA数据库中获取986例乳腺癌患者的体细胞突变数据。乳腺癌患者根据TMB评分的四分位数分为低TMB组和高TMB组。差异表达基因（DEGs）由“limma”R程序鉴定。利用CIBERSORT算法估计每个样品的免疫细胞分数。利用TIMER数据库评估免疫基因CNV与肿瘤免疫细胞浸润的关系及乳腺癌免疫细胞的预后价值。 见图一 乳腺癌样本中的突变谱。  图一 A 乳腺癌样本的突变景观图。 B 乳腺癌样本中的变异分类、变异类型和 SNV 类别。 C 突变基因之间的排他性和共生性。SNP单核苷酸多态性;SNV 单核苷酸变体。 见图二 TMB评分的预后价值及其与临床病理特征的相关性。  图二 A 低TMB组和高TMB组的生存曲线。 B TMB与临床病理特征的相关性。TMB，肿瘤突变负荷。 见图三 低TMB组和高TMB组之间基因表达谱的比较。   图三 A 前 40 个 DEG 显示在热图图中。 B，C GO分析的丰度条形图和点图。 D， E 丰度条形图和点图显示 KEGG 分析结果。F GSEA结果显示，免疫相关的[刺猬，TGF-b，GnRH mTOR和MAPK]信号通路在低水平TMB组中富集。DEG，差异表达基因;TMB，肿瘤突变负担。 见图四 低TMB和高TMB组的免疫细胞浸润和免疫相关DEGs分析。  图四 A 每个样本中22种免疫细胞亚型的相对百分比用直方图描述。 B 小提琴图显示了低TMB组和高TMB组之间免疫细胞浸润的比较。绿色表示低TMB组，红色表示高TMB组。 C 使用维恩图鉴定了<>个与免疫相关的DEG。 见图五 免疫相关基因的生存预后。  图五 A、B CCL18和TRGC1免疫基因存活曲线显示低表达组预后良好。 C 高危组与生存率低有关。D ROC曲线证实了风险生存曲线的可靠性（AUC = 0.610）。 见图六 免疫基因CNV与免疫细胞浸润的相关性。  图六 A 手臂水平的增益可能抑制免疫细胞的浸润。 B 生存曲线比较免疫细胞浸润程度高和低的患者的预后。低B细胞组对应于乳腺癌患者的生存预后不良。*， p < 0.05;**， p < 0.01;， p < 0.001。 02 研究结论 这项研究表明，TMB可能是预测乳腺癌患者免疫治疗总生存期的生物标志物。它也与免疫细胞浸润有关。值得注意的是，高TMB评分与乳腺癌患者的生存率降低相关。CCL18是乳腺癌中的重要基因，CCL18的CNV可以减少免疫细胞浸润。此外，低B细胞浸润与乳腺癌患者的不良生存预后相关。 好了，今天的文献解读就到这儿来，我们下期再见！如果你正在开展临床研究.需要方案设计.数据管理. 数据分析等支持.也随时可以联系我们。 |
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