由于1264号通函只是建议案，具体操作时每艘船的熏舱程序未必完全相同，从笔者检查过的程序文件来看，大同小异，现将最为常见的货舱熏蒸操作步骤总结如下。
1、熏舱前
指定负责熏舱的高级船员，通常为船长、大副和一名甲板部船员，应经过培训且十分熟悉操作流程、检测方法、安全防护、应急程序、注意事项，医务负责人应熟悉中毒应急处理，船长或大副组织对全体船员进行培训。
熏蒸处所的密闭性非常关键，通常在船舶到达装货港前已提前告知受载谷物种类及熏舱事项，可提前检查货舱各开口的密性，关闭通往其它舱室的管路阀门、人孔、风道，做好警示标记。到港后，熏蒸机构专业人员与船舶接受过培训的人员联合检查货舱密闭性。
作业开始前，船长清点船员人数，通报熏蒸作业内容及注意事项，确保船员撤离熏舱现场，同时确保所有的码头工人及无关人员离船。船长或大副应以书面形式知会熏舱人员船上的安全事项，包括船方的值班安排、现场负责人、船舶通讯设施、船员工作语言、货舱和舱盖设置及防护装置、舷梯状况、船上消防救生设备处所、预计离港时间、应急处理等，通常这些信息应被制成一份安全信息清单，由大副亲自向熏舱工人进行讲解，并应取得熏舱工人代表的签字。
通常船公司会编制一张熏蒸前安全检查表，逐项落实即可。
2、熏舱期间
在熏舱作业开始后，船长应使用公用广播通知船员，除特别紧急的情况外，任何人不得进入正在熏蒸的区域。熏舱完成后，盛装熏舱药剂的空瓶及袋子责令熏舱人员带走，不要留在船上，以免残留的药品产生中毒、自燃等事件。舱盖和下舱道门应被封闭，每一处下舱通道入口均应设置建议案中规定的禁止入内标识。载重线公约对货舱舱口盖的密性要求为风雨密而非气密，即使舱盖状况良好，船长也应向发货人申请封舱胶带，以保证舱盖达到气密要求。如有必要，可在封舱胶带与舱盖连接处涂油漆增强密性。
船长和大副应确认检测设备可靠性，组织检测生活和工作区域的磷化氢气体浓度，在整个航程中，应当每隔一段时间(通常为4至8小时)检测上述区域磷化氢气体浓度。
除极端情况下，航行途中货舱不应打开和进入，必须进入至少要两人操作，穿戴好防护设备和自给式呼吸器，一人进入另一人在舱外照看安全带和救生索。
磷化氢本身无色无味，但磷化铝产生的磷化氢通常有大蒜味或鱼腐味，中毒症状表现为胸闷、恶心、呕吐、头痛、乏力、咳嗽、呼吸困难等，闻到气味或出现疑似症状时应考虑到磷化氢进入生活区和工作区的可能性。船长应立即安排健康船员穿戴防护装置，进行有毒气体测量，同时将船员转移至新鲜空气处。
熏蒸时间达到规定时间后，必须对货舱进行通风，尽量在风向不朝向生活区的时候通风，防止熏蒸气体在居住和工作区域聚集。在船舶抵港前，一般不少于 24 小时，船长应将熏舱情况通知目的国和靠港有关当局，信息包括使用的熏蒸剂种类、熏蒸日期、已熏蒸的货舱以及是否已开始通风。
3、熏蒸后
抵达卸货港时，应确定接收方关于处理熏蒸过的货物的要求。进入货舱之前由熏蒸机构专业服务人员佩戴呼吸防护设备检测残留气体，确认气体残留减少到船旗国规定的职业接触限值以下，并将监测值计入航海日志。
在卸货过程中，即使舱盖被彻底打开，也应充分认识到药品残留和角落毒气聚集的可能性，在未按程序进行气体检测前不得同意船员下货舱。卸货的最后阶段，当人员确有必要进入货舱时，只有在核实货舱无熏蒸气体排放后，才应允许进入货舱。卸货完成后，确认船舶无熏蒸剂后，撤出所有警告标志，并记录在航海日志中。
通常船公司会编制一张熏蒸后安全检查表，逐项落实即可。
4、总结
船舶熏舱是一个高风险的操作，尤其是随航熏舱后的航行中可能由于思想麻痹和培训不到位发生人员中毒事件。船长和船员必须充分认识到随航熏舱的风险，严格按照与熏舱公司商定的程序或公司体系规定的程序操作，保证人员安全。
