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基孔肯雅病毒（Chikungunyavirus，CHIKV）属于披膜病毒科中的甲病毒属，是有包膜的单股正链RNA病毒。CHIKV基因组长11805bp，由2个开放阅读框（openreadingframe，ORF）组成，其5'端ORF编码4种非结构蛋白（nonstructuralprotein，nsP），即nsP1～nsP4，而3'端ORF编码6种结构蛋白［衣壳（capsid，C）蛋白、包膜（envelope，E）1～E3蛋白、6K蛋白和核糖体移码蛋白］。nsP与病毒复制密切相关。在结构蛋白中，E2蛋白介导病毒与宿主受体之间的相互作用，E1蛋白介导病毒包膜与宿主细胞的膜融合，E3蛋白可促进p62（E2蛋白的前体）的折叠及E2蛋白与E1蛋白形成异二聚体，后者进一步形成三聚体并镶嵌在病毒体表面，即病毒刺突蛋白。
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