1. MAFFT简介MAFFT是一个高效且准确的多序列比对工具，它通过采用快速和迭代的算法来在速度和比对质量之间取得平衡。它提供的多种比对算法选项可以根据序列的特点和长度进行选择，以在不同场景下优化比对准确性和速度。有文献报道：比对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），比对准确性（MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW）。这使得它成为处理大规模序列数据时的理想选择。 2. 插件用法
第一步：Input file？ 输入需要比对的文件路径，要求为 FASTA 格式。（或者黏贴多条Fasta序列）
第二步：Strategy？ （1）参数介绍： --auto 如果在比对时，不知道如何选取合适的算法，直接在Strategy选择--auto，软件会根据输入序列的特征，自动选择合适的算法(此时其他参数设置无效)。 --globalpair 使用Needleman-Wunsch算法执行全局比对策略，即比对整个序列而不考虑局部相似性。 --localpair 使用Smith-Waterman算法执行局部比对策略，即仅比对序列中的局部相似片段，适用于较长序列或存在结构变异的序列之间的比对。 --genafpair 使用了Genafpair算法执行亲缘比对策略，即根据序列的亲缘关系进行比对，适用于相对较近的物种之间的比对。 Maxiterate 设置为一个正整数，表示进行迭代细化的次数。较大的迭代次数可能会导致更准确的比对结果，但也会增加计算时间。官方软件默认为0，在这里准确性优先默认修改为1000。 Retree 设置为一个正整数，表示重新生成索引时使用的树的数量。 Threads 设置运行线程数，默认为2个 （2）官方推荐的几种比对策略 <1>准确度优先包括G-INS-I; L-INS-I; E-INS-I G-INS-I ：适合于序列长度相似的多序列比对。#序列条数 < 200, 序列长度 ≤2000 aa/nt。 参数设置：--globalpair --maxiterate 1000 其他默认 L-INS-I ：最准确的方法。#序列条数 < 200，且序列长度 ≤ 2000 aa/nt 的比对。 参数设置：--localpair --maxiterate 1000 其他默认 E-INS-I ：适合序列中包含较大的非匹配区域。#序列条数 < 200, 序列长度 ≤ 2000 aa/nt。 参数设置：--genafpair --maxiterate 1000 其他默认 <2>速度优选的方法：FFT-NS-1; FFT-NS-2 FFT-NS-1：减少迭代次数，最大迭代次数减为2。 参数设置：--retree 1 --maxiterate 2 其他默认 FFT-NS-2 ：最大迭代次数减为0。 参数设置：--retree 2 --maxiterate 0 其他默认 第三步：output format？ Output Order 输出序列顺序，这里提供了2种. --inputorder和输入文件序列顺序一致；--reorder根据比对情况重新生成新的排序。 Output Format 输出格式也可以按照自己的需要选择，提供了fasta，clustal和phylipout格式。 官方默认为fasta格式，可以修改为常用的多序列比对结果文件格式clustal或phylip。 比对结果: fasta格式:
clusta格式：
phylip格式：
3. 打包过程第1步：官网下载windows安装包 https://mafft./alignment/software/ 第2步：解压后发现提供了mafft.bat脚本，几乎不需要自己动手。 第3步：整理了mafft常用的参数，主要包括Strategy比对算法的相关参数和output format输出结果文件的格式相关参数。决定提供官方推荐几种比对策略涉及的参数供选择，包括Strategy；Maxiterate；Retree；outputorder；outputformat；Threads等。 第4步：对于一些软件内置默认的参数但实际需要进行选择的参数附值。例如软件默认输出格式为fasta格式但命令行版本没有提供参数，但实际上在插件中需要进行选择，故在源文件添加了--fastaout参数。 第5步：查看TBtools 插件开发入门完全指南，稍微设置一下界面排版，找朋友测试一下，打包成功！
发送给CJ，上传到 TBtools 插件商店
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