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本文由沐子星根据实践经验而整理，希望对大家有帮助。 原创微文，欢迎转发转载。 多重序列比对软件有很多，常见的有ClustalW、Muscle等，然而，无论从比对速度，还是比对精准度来说，还有一款实用软件值得推荐，那就是MAFFT。MAFFT多重序列比对方法高效快速，操作简单。话不多说，直接来看操作流程。 第1步，官方下载地址：http://mafft./alignment/software/ 根据自己需要选择Windows、Mac OS X、Linux下载版本。 第2步，打开MAFFT操作界面，载入序列文件，设置输出文件。 输入文件（例如XX.fasta）可以直接拖拽到相应位置，确定后回车； 输出文件需要自己手动建立（例如XX_out.fasta，当然扩展名可以改），并拖拽到相应位置，确定后回车。注意，路径中最好不要有中文。 第3步，设置输出信息参数。 输出格式和排列顺序，建议选择4，确认后回车； 比对策略推荐选择1，根据序列情况自动匹配相应的比对策略，确认后回车； 附加参数根据实际情况自己选择，如果不需要参数，即可直接回车。 第4步，开始比对。 设置完参数后，输入“Y”，确认后回车，即开始比对。 当出现输出文件时，说明比对完成。输出文件在自己设置的路径下。 感谢阅读！
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