从莫高窟建窟伊始，就有编号。按窟主家族、姓氏或窟主神氏表示，如阴家窟、文殊窟等，不具现代考察意义。
现代研究以阿拉伯数字为序的编号，有四次，因用途而各异。
第一次，是伯希和编号。从窟区南端开始，再向两边展开，建窟时代顺序凌乱，只为配合其考察拍摄所需。
第二次，是敦煌县官厅编号。自南至北。
第三次，是张大千编号。按洞窟下、中、上的层次关系和排列次序编号，科学明了，不足之处是将大窟中的小窟、耳洞附于大窟，编号比实际窟数少。
第四次，是史岩编号。但只适用于准备出版的《石窟供养人题记考察》一书。
现在莫高窟的编号是敦煌文物研究所1964年的编号，基本按张大千编号，不同之处在于，
一是将附于大窟的小窟、耳洞单独编号，
二是将张大千“之”字型整窟反转编号。此次编号，共计492窟，一直沿用至今。
1947年常书鸿带领李承仙、段文杰等人所编《敦煌莫高窟洞窟编号图》成为敦煌瑰宝一级文物。
在莫高窟可以看到大多数洞窟都有三个不同的编号，其中居中的是敦煌文物研究所的编号，C是张大千编号，P是伯希和编号。现在都采用敦煌文物研究所于1964年对莫高窟所有洞窟进行的统一编号。(来源:敦煌研究院)
