常见的离子片段
| 正模式
| 原因
| M+1
| [M+H]+
| M+14
| 在LCMS中羧酸与甲醇成酯，或其他多一个碳的情况
| M+18
| [M+NH4]+
| M+19
| 水合
| M+23
| [M+Na]+ | M+33
| [M+CH3OH+H]+ | M+39
| [M+K]+ | M+42
| [M+CH3CN+H]+ | M+64
| [M+CH3CN+Na]+ | 2M+1
| 二聚+氢离子，倍峰
| 2M+23
| 二聚+钠离子 | 一系列相差42的峰
| 可能为石蜡油污染
| | 一系列相差44的峰 | 可能为聚乙二醇污染
| M-16
| [M-NH2]+(多见于苄胺，烯丙胺，苯甲酰胺）
| M-17
| [M-OH]+(多见于苄醇，烯丙醇，苯甲酸） | M-31
| [M-OCH3]+(多见于苯甲酸甲酯） | M-35
| [M-Cl]+(多见于苄氯或烯丙基氯） | M-44
| 羧酸和含Cbz的分子常见，重排后脱CO2 | M-45
| [M-OCH2CH3]+(多见于苯甲酸乙酯） | M+1-56
| 含Boc的分子常见，脱叔丁基片段
| M-79
| [M-Br]+(多见于苄溴或烯丙基溴） | M+1-100
| 含Boc的分子常见，脱Boc片段
| M-127
| [M-I]+(多见于苄碘或烯丙基碘） | (M+2)/2
| 分子络合两个氢离子，半峰
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| 负模式
| 原因
| | M-1 | [M-H]-
| M+X
| [M+X]-, X=溶剂或缓冲溶液的阴离子
| M+S-1
| [M+S-H]-, S=溶剂 |
LCMS监测分子量时，苄位的氨基，羟基，卤原子都很容易打断，分子量出苄基正离子的分子量。另外苯甲酸和苯甲酸酯，也会出打断羟基和烷氧基后的正离子的分子量。
在分析LCMS图谱时，通常一个特定峰的离子流图谱中，不止一种片段峰，我们在分析时可以相互印证，帮助我们判断反应是否成功。比如我们在做Boc保护的反应【叔丁氧羰基保护氨基】时，分析其LCMS图谱，看到出原料分子量[M+1]+的峰，我们不要武断的认为其就是原料，要仔细分析这个峰对应的MS图谱中是否有[M+100+1]+或[M+100+Na]+的很小的碎片峰， 只要有一点非常微小的片段，那大概率这个峰应该是上Boc后的产物峰而不是原料。
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