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赛尔，你好。 过去的一周，我的心绪总在跌宕着。每一天都有新的事情发生，使我不能静静地在键盘上回复你的留言，想说的话题好像很多，多到一定程度，又不知从何说起。 就像单细胞测序，从2018年开始，已经有不少的文字，既有不断发表的新文章，也有不少经典方法的更新。2018年有人问什么是barcode，2024年依然有人这样问。数据分析的方法虽然有所改善，但是依然还在Seurat所定义的框架内。我这几年的体会是：单细胞数据分析一直很难，不管接触单细胞数据多久，都会这么觉得。 为什么会这样？ 前两天在翻《人工智能在生物信息学中的应用》时，在1.3.3组学数据的类型与特点中，作者的洞察或许可以解惑一二。
不管怎么说，单细胞数据分析一直很难。 所以，有时候再给老师朋友答疑的时候，我会冒出一句：欲戴皇冠，必承其重。我们的确是要带着这些难题来讲述自己的生物学故事。 这让我想起高中的时候，有段时间很迷茫，看到别人的成绩那么好、受教育环境那么好、穿的那么好，而自己该如何是好？当时的我，告诉自己：我的确是要在这样的初始条件下，开创幸福人生！ 所有的“难”终将过去，或伴随我们成长。 不把这些“难”转嫁出去，而是与之共舞，也很酷。正所谓：两岸猿声啼不住，轻舟已过万重山。 在过去的几年里，单细胞数据分析中进展最快，也讨论最多的当属细胞类型注释，既有cellmarker 这样的数据库，也有大量的算法，比如ChatGPT，然而就在最近，Nature Medicine上的一篇Multiomic analyses uncover immunological signatures in acute and chronic coronary syndromes文章Fig1,用的还是十分朴素的注释和标注的方法。  这个故事告诉我们，虽然很难，只要我们懂得抓住主要矛盾，也能讲好故事。懂得忽略什么，和懂得重视什么一样重要，有时候甚至更重要。如中值基因、线粒体含量、双细胞…… 各地陆续入夏，分享每到夏天就会想起的两首诗词，以供消暑。
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