 GCTA学习6 | GCTA计算GRM矩阵（G矩阵） |
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GCTA学习7 | 计算单性状遗传力和标准误
R语言箱线图添加显著性--不同水平实现方法
【R数据处理】多元回归分析最佳模型选择之全子集回归
绝了！从未见过如此清新脱俗的找书方式！
| 基于基因集的样品队列分组之gsea等打分 |
| dat[1:4,1:4] dim(dat)a ids=idmap(''''''''GPL570'''''''',''''''''soft'''''''')head(ids)ids=ids[ids$symbol != '''''... |
单细胞测序揭示不同环境下的中性粒细胞异质性
| 两组单细胞样品的不同亚群比例差异的火山图展现 |
| 两组单细胞样品的不同亚群比例差异的火山图展现。head(phe)table(phe$celltype)table(phe$orig.ident)phe$group = ifelse(g... |
| 基于基因集的样品队列分组之层次聚类 |
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| 美化你的单细胞亚群比例图 |
| DimPlot(sce,reduction = "umap",label = TRUE) unique(Idents(sce))sce$celltype = Idents(sce)代码如下所示：source(''''... |
| 在umap图上面叠加基因表达量 |
| DimPlot(sce,reduction = "umap",label = TRUE) unique(Idents(sce))sce$celltype = Idents(sce)# 4.寻找各个单细胞亚群的... |
| 美化你的单细胞各个亚群特异性高表达基因小提琴图 |
| DimPlot(sce,reduction = "umap",label = TRUE) unique(Idents(sce))sce$celltype = Idents(sce)R'''''''')library(patchwo... |
| 对单细胞亚群取子集后继续降维聚类分群该如何做 |
| sce <- FindNeighbors(sce, dims = 1:15)sce <- FindClusters(sce, resolution = 0.8)table(sce@meta.data$RNA_snn_res.0.8... |
| 读取loom格式的单细胞文件 |
| 读取loom格式的单细胞文件。library(stringr)phe=str_split(rownames(sce.all@meta.data),''''''''_'''''''',simplify = T)... |
甲基化测序数据分析之methylKit
高度定制的go和kegg富集分析R语言绘图 | Circular barplot
| 把基因表达量画在拟时序结果图上 |
| 把基因表达量画在拟时序结果图上。所以很简单的代码即可：library(ggsci)colnames(pData(cds))pData(cds)$FCGR3A = log2( e... |
| 猪的单细胞分析如何过滤线粒体基因 |
| 找一个基因测试下ENSSSCG00000018060> mito_genes=rownames(sce.all)[grep("ENSSSCG00000018060", rownames(sce.all))] > m... |
| 一个通路居然在上下调基因集里面都富集到了 |
| dat$group = ifelse(dat$group ==''''''''up'''''''',1,-1)dat$pvalue = -log10(dat$pvalue)dat$pvalue <- dat$pvalue*dat$... |
| 读取h5ad格式的单细胞文件 |
| scRNA <- RunPCA(scRNA, features = VariableFeatures(object = scRNA), verbose = FALSE)scRNA <- FindNei... |
使用 CellTypist 进行免疫细胞类型分类
6种免疫细胞的850K甲基化芯片和转录组测序数据资源
拟时序分析就是差异分析的细节剖析
| Linux安装Nodejs |
| 访问nodejs官网：https://nodejs.org/en/download/，按图中步骤复制下载地址（也可直接左键点击图标下载... |
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Windows下用vs2017编译和配置libcurl库（手把手教，适合新人）
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OpenCV-实现背景分离（可用于更改证件照底色）
