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这是一个神奇的网站：UCSC Genome Brower.而UCSC就是一个类似于NCBI的航母，收录的各种各样的战斗装备：我们从UCSC主页面（http://genome.ucsc.edu/）进去后，点击Genome Brower就可以了：基本上几个功能框的说明就到这里了，UCSC Genome Brower作为UCSC众多工具中的一种，我们简要的进行了介绍，从这些介绍中我们发现这个工具功能之强大，简直... 阅4 转自微笑如酒 公众公开 18-05-02 08:58 |
(年终盘点) 这一年lncRNA领域的研究都有哪些进展？CNS三大顶级期刊关于lncRNA的一共有19篇。（The liver-enriched lnc-LFAR1 promotes liver fibrosis by activating TGFβ and Notch pathways.Nat Commun. 2017 Jul 26;8(1):144.）（The MBNL3 splicing factor promotes hepatocellular carcinoma by increasing PXN expression through the a... 阅1222 转15 评0 公众公开 17-12-14 19:53 |
点（node）和线（edge）是网络图的两个核心要素。我们做各种各样的网络图，归根结底是对图中的点和线进行注释，我们通过改变点和线的样式来对点和线赋予各种各样的信息，从而实现数据的可视化。导入网络数据这个和欢迎界面的一样，导入表格则是通过导入一个表格的信息对节点或者线注释（导入数据时建议导入txt格式的文件！）。2、这个表格是针... 阅455 转10 评0 公众公开 17-12-12 16:41 |
响应广大坚持在一线科研的同志们的号召，提供生信人小工具，所有工具的主旨是无需安装，便捷易用，一目了然，本文专用小工具下载链接以下是部分小工具的简介，之后我们将制作如何“灵活系统运用各个小工具，产出发表级论文图片”的教程。win64位：百度云链接：http://pan.baidu.com/s/1dFgZjtn 密码：u9he.教程：https://www.shengxin.ren/arti... 阅47 转2 评0 公众公开 17-10-12 10:44 |
使用长read比对工具GMAP和短read比对工具HISAT2的IDP可以预测更多的可变剪接。Iso-Seq算法敏感度最低，而其精度在IDP和Cufflinks、StringTie之间。在这里我们比较了基于基因组比对的cufflinks和StringTie（使用不同的比对工具），基于转录本比对的工具，eXpress和Salmon-Aln，不需要比对的kallisto，Sailfish，Salmon-SMEM和Salmon-Quasi，以及... 阅13635 转111 评0 公众公开 17-10-02 18:53 |
测序技术及测序报告中的SNP用途。弄明白测序的原理后，接下来面对的问题是测序的深度以及原始数据到底是什么、数据量的衡量标准等，最常见的问题就是样本测序该如何选择合适的测序数据量和测序深度首先给大家介绍基础概念：PE：Pair end，即检测过程中分别从同一条序列的两端进行测序；对于测序数据我们都会对其进行质量评估，来评估测序数据的... 阅3301 转35 评0 公众公开 17-09-12 21:16 |
TaqMan探针法通过设计PCR引物和针对于位点的荧光探针实现对SNP的分型检测，适合少量SNP位点的分析。该技术使用引物扩增目标SNPs所在片段，使用测序酶、四种荧光标记ddNTP和 5'' -端紧靠SNP位点的延伸引物进行PCR反应，引物延伸一个碱基即终止，经ABI测序仪检测后，根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点，根据峰的颜色可得知掺... 阅1300 转15 评0 公众公开 17-09-12 21:15 |
除了DNA水平研究SNP，你知道RNA水平的SNP吗？先补充一个概念：密码子简并性（氨基酸对应三联密码子），所以发生SNP不一定会引起编码氨基酸的改变，这就引入了Synonymous SNP（同义突变，不引起任何变化） 和Non-Synonymous SNP（非同义突变，大家关注的焦点）概念。做了RNA－seq分析，我们可以拿到发生SNP基因信息、位置信息及SNP 是否会引起翻... 阅6774 转46 评0 公众公开 17-09-12 20:14 |
实用|这基因是啥功能啊？KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes），KEGG is a database resource for understanding high-level functions and utilities of the biological system, such as the cell, the organism and the ecosystem, from molecular-level information, especially large-scale molecular datasets generated by g... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 17-09-07 10:46 |
那些年倒腾的R语言学习笔记，全都在这里了~作者:杜雨，EasyCharts团队成员，R语言中文社区专栏作者，兴趣方向为：Excel商务图表，R语言数据可视化，地理信息数据可视化。关于内容分类，我分成了学习心得篇、R语言基础、数据可视化、网络数据爬取，然后各自类别进行详细的再分类。数据可视化：R语言商务图表。R语言学习笔记精华汇总！ 阅1 转自微笑如酒 公众公开 17-08-15 08:50 |
