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RNA-seq miRNA-seq联合分析。提取了来自20个中国肝癌患者的肿瘤组织，门静脉组织和癌旁组织，共计60个样本，分别对其进行miRNA-seq，甲基化分析，拷贝数变异分析和RNA-seq分析。最后，进行了主成分分析，绘制PCA图，紧致性不如上面的RNA-seq，应该是前两个PCA代表的信息太少的缘故，第一主成分只有代表源数据19%的信息，第二主成分代表17%的信... 阅543 转5 评0 公众公开 19-03-21 19:27 |
1、筛选差异miRNAs.3、预测差异miRNAs的下游靶基因。MiRNA发挥生物学功能主要是通过负向调控下游基因的表达，因此我们预测了差异miRNA的下游靶基因，并构建了miRNA-靶基因网络图（如下图A与C）。因此，在这里我利用了miRNA的负向调控靶基因的这个作用机制，并引入了TCGA数据库中GBM的mRNA数据，并对其做差异分析，得到了一些差异的mRNA。2）miR... 阅740 转13 评0 公众公开 19-03-19 21:15 |
随后，使用可视化，注释和综合分析数据库获得miRNA-目标DEG的富集基因本体论（GO）术语，并且通过Map Viewer确定这些基因在染色体中的位置。miRNA在动脉粥样硬化的各个阶段充当刺激因子，以调节许多基因，从而调节内皮细胞，血管平滑肌细胞和控制动脉粥样硬化发生的巨噬细胞的功能（51）。本研究中鉴定的26种miRNA基因对的相互作用可通过双荧光... 阅1067 转5 评0 公众公开 19-03-07 21:06 |
从miRWalk2.0鉴定乳腺癌相关的miRNA-基因对。miRWalk2.0用于预测DE-miRNA的靶基因，产生1,278个潜在靶基因，包括上调miRNA的1,155个基因和下调miRNA的123个基因。8种DE-miRNA（miR-23a-3p，miR-200b-3p，miR-4286，miR-23b-3p，miR-107，miR-214-3p，miR-3141和miR-16-5p）是先前通过靶向一系列癌基因或肿瘤抑制因子如PTEN，PPM1D，TP53，KRAS... 阅772 转5 评0 公众公开 19-03-07 21:02 |
在新窗口中打开图像 功能富集分析GO分析表明，与上调基因相对应的最显着富集的GO术语是“免疫反应”（本体：BP），“细胞外”（本体：CC）和“受体活性”（本体：MF），而最显着对应于下调基因的富集的GO术语是“细胞生长和/或维持”（本体：BP），“外来体”（本体：CC）和“钙离子结合”（本体：MF）（图 2）。在本研究中，在溃疡性IC / PBS... 阅394 转0 评0 公众公开 19-03-07 20:58 |
