| 共 17 篇文章 |
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来自吉林大学第一医院与斯坦福大学医学院的研究者最近在Genome Biology（IF=13.214）上在线发表了题为A novel FLI1 exonic circular RNA promotes metastasis in breast cancer by coordinately regulating TET1 and DNMT1的研究，介绍了FLI1外显子circRNA（FECR1）作为上游调控因子通过协同调控DNA甲基化和去甲基化酶，起到控制乳腺癌肿瘤生长... 阅132 转2 评0 公众公开 19-01-19 23:48 |
circRNA综述系列|文献阅读1|两篇综述带你全观circRNA的研究进展（一）CircRNA通常来自蛋白质编码基因的中间外显子。测序手段改善及生物信息的发展已获得了一批circRNA，circRNA的相关研究如火如荼的进行，但关于circRNA生物发生和功能的许多问题仍未得到解决，比如circRNA水平与其相应的mRNA之间的联系、不同细胞类型和组织circRNA的表达与线性... 阅754 转13 评0 公众公开 19-01-07 14:23 |
ceRNA网络构建。其中miRNA处于调控的核心地位，当miRNA被lncRNA或circRNA这类ceRNA竞争结合时，受miRNA调控的mRNA转录水平会上升。并非如此，ceRNA调控机制作为普遍存在的现象，但是并非任何mRNA，lncRNA，circRNA都能够具有MRE，对于不具有共有MRE的mRNA，lncRNA，circRNA来说，就不存在ceRNA调控机制。除了miRNA和靶标mRNA之间关系，该数据库... 阅11341 转125 评0 公众公开 18-12-26 13:22 |
进一步，作者通过RAT分析（基于反转录的分子捕获分析），作者发现了在乳腺癌中受FECR1调控的下游基因，这些基因主要与细胞增殖调控有关。有趣的是，DNMT1基因也是FECR1的下游基因，但FECR1主要是抑制DNMT1的表达，与此同时，作者还发现TET1也能结合FECR1。DNMT1是常见的参与基因启动子区CpG岛甲基化调控的甲基转移酶，有趣的是，作者在FECR1调... 阅343 转2 评0 公众公开 18-12-21 21:15 |
有好几千种基因能够产生circRNA，但是除了极少数circRNA之外的其它circRNA的功能仍有待确定。环状RNA（circRNA）是一种新型的RNA分子，最近被认为是肿瘤发展的关键因子，但尚未确定源自脂肪组织的外泌体circRNA的作用。这篇文献中研究者发现HCC中脂肪分泌的外泌体circRNA可调控基因去泛素化过程，从而促进HCC细胞生长，并观察到外泌体去泛素化c... 阅226 转3 评0 公众公开 18-12-17 14:03 |
circRNA不只是讨论ceRNA作用方式，circRNA结合蛋白发挥功能，以及circRNA翻译成多肽发挥功能，都是能出高分文章的好故事。共发现122个circRNA与核糖体结合（Ribo-circRNA）。通过分析151个Ribo-circRNA的5’UTR，发现约40%的可翻译circRNA与亲本基因共用起始密码子，Ribo-circRNA相对于其他circRNA更长，以便容纳下蛋白翻译调控序列；3） circR... 阅1575 转32 评0 公众公开 18-12-14 13:13 |
circRNA学习专题 -- 站在前人的肩膀上提升circRNA鉴定结果。作者对比了raw data及clean data的鉴定结果，处理后的数据将提升大部分的程序都获得了更多的circRNA预测数量 (0–27%)，适度提高了敏感度，但同时也增加了预测的假阳性 (13–67%, 12–48% using raw sequence reads)。Combining Prediction Algorithms绝大多数的算法都支持高表达circ... 阅374 转8 评0 公众公开 18-12-07 22:47 |
circRNA学习专题 - circ_find使用手册。这是第一篇以find_circ获得人类、小鼠及线虫circRNA数据的文章，也从此来开动物circRNA研究的序幕，其中circRNA能够以miRNA sponge的方式发挥内源性ceRNA功能报道被视为circRNA功能分析中经典案例。$ wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP009/SRP009373/SRR... 阅978 转14 评0 公众公开 18-11-29 19:57 |
方法：为了确定前列腺癌中差异表达的circRNA是否可以作为前列腺癌诊断的新生物标志物，作者使用SBC-ceRNA芯片对4对前列腺肿瘤和癌旁组织中差异表达的circRNA进行筛选；circRNA-miRNA-mRNA分析功能网络显示，circ_0057558和circ_0034467调控miR-6884, circ_0062019和circ_0060325调控miR-5008。hsa_circ_0061012前5位MREs分别为hsa-miR-7157-5p... 阅192 转3 评0 公众公开 18-11-23 18:31 |
