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它通过配对的 肿瘤和正常样本中测序深度均大于等于20的微卫星位点，建立每个微卫星重复序列的预期（正常）和观察（肿瘤）长度的分布，并使用Pearson的Chi-Squared进行检验， 若显著不同, 则认为该微卫星位点不稳定; 最后统计不稳定位点的比例, 若该比例超过阈值, 则判定为MSI-H, 其中, 阈值是根据该指标在一组样本上(包括MSI-H和MSS的样本)的累... 阅1 转自生物_医药... 公众公开 21-08-17 10:45 |
单细胞DNA做基因捕获，要注意什么？在介绍单细胞捕获之前，先将单细胞DNA扩增技术做一个简单的整理：因此，单细胞扩增产物在测序时，不论测序深度是多少，起原始的DNA分子来源都是2个。很多检测需求是真·单细胞测序，比如胚胎植入前检测，扩增用的模板来自一个细胞的DNA，那么考虑到细胞扩增前的分选和处理，很难保证DNA没有断点。在单细... 阅418 转4 评0 公众公开 20-12-04 08:33 |
图：DNA甲基化（来源/Google）自1992年[1]首次使用以来，重亚硫酸氢盐(BS)测序DNA已成为分析DNA甲基化的金标准。对DNA进行重亚硫酸氢盐处理是最常见的DNA处理方式，也是DNA甲基化测序的金标准。由于样本多来自于体液的cfDNA，DNA量较少，经过BS处理后又会形成大量断裂的单链DNA，需要尽可能的提高DNA的文库转化率，所以对下游的建库方案进行了... 阅229 转3 评0 公众公开 20-12-02 12:09 |
illumina测序的化学原理。illumina是当前最热的二代测序公司，它测序的特点是使用带有可以切除的叠氮基和荧光标记的dNTP进行合成测序，由于dNTP上的叠氮基的存在，每个链每次测序循环只会合成一个碱基，由于A、C、G、T四种碱基所携带的荧光各不相同，因此读取此时的荧光就可以得知此时的碱基类型，重复这个过程，所有碱基序列就可以完成测定了... 阅745 转11 评0 公众公开 20-12-01 08:47 |
SDS:离子去污剂，0.01%即可完全抑制PCR反应，0.005%可显著降低产量苯酚:0.5%即可完全抑制PCR反应，0.2%可显著降低产量乙醇:大于1%的浓度可抑制PCR反应，但在某些体系里又能增加产量异丙醇:抑制作用比乙醇稍强乙酸钠:大于5mM时抑制PCR反应氯化钠:大于25mM时抑制PCR反应（生理盐水无影响）EDTA:0.5mM可使PCR产物减少，1mM完全没有PCR产物血红素血... 阅270 转1 评0 公众公开 20-11-30 14:23 |
二代测序建库流程关键酶。RNA的选择性降解(rRNA removal):针对rRNA设计DNA探针，利用热稳定RNase H选择性切割DNA/RNA杂合链，精准去除背景RNA。NxGENTM RNA酶抑制剂为一个猪RNA酶抑制基因(52KDa蛋白)融合了我们专利的22.5 kDa 蛋白标签；可将磷酸集团从ATP转移到5’ 羟基末端，适用于双链DNA, 单链DNA, 双链RNA 及单链RNA；主要应用为5’磷酸化... 阅700 转12 评0 公众公开 20-11-30 11:01 |
指的是测定接头连接前的文库量，然后进行接头连接，纯化后测定剩余的文库量。通常连接后文库中，会存在接头、未连接接头片段或者单端连接接头的文库，通过Qubit荧光定量，只能确定总的双链DNA量，无法确定有效的双端连接接头文库的量。小翊对此做了测试，对已知片段大小的DNA片段（350bp）进行接头连接，文库在连接接头后进行Agilent 2100检测... 阅1 转自生物_医药... 公众公开 20-11-30 10:58 |
我们先说第1种Dup——样本本身的Dup：我们还是以人基因测序为例并基于以上假设，对于接头连接产物进行6个PCR循环的扩增，要求最终得到约1ug PCR扩增产物，那这也就意味着我们需要1μg/（26）=15.6ng的DNA，假设待测分子片段长度平均为200bp，根据{（15.6×103pg）/（6.6pg/细胞基因组）}×2倍体×（30亿对碱基/基因组）≈14×1... 阅385 转4 评0 公众公开 20-11-25 12:58 |
大家可能都熟知illumina文库构建使用的Y型接头中的P5/P7（如图1中绿色和蓝色部分），当dsDNA变性为ssDNA后，ssDNA被加载到Flowcell上，P5/P5''''''''和P7/P7''''''''与Flowcell表面的2种Oligo（草坪接头）互补结合，结合后的ssDNA快速进行Bridge PCR生成Cluster，但如图3/4所... 阅3302 转11 评0 公众公开 20-11-25 12:53 |
关于cfDNA你了解它多少？cfDNA的片段分布？因此不难理解cfDNA 的片段分布特点，如图F，核酸酶会降解相邻核小体之间的连接DNA，即裸露的DNA，缠绕在NCP 上的DNA 会被保护，缠绕在核心颗粒上的147bp 加上H1蛋白结合的20bp 对应着167bp 的主峰（本篇文章是167 bp的主峰，有的文章是166bp），这些DNA 会发生与DNA 螺距相关的切口或者裂解，对应着10... 阅5166 转43 评0 公众公开 19-07-17 09:46 |
