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詹姆士认为，心理学的研究方法主要有三种。
（一）内省法
在詹姆士看来，内省法乃是心理学研究的基本方法。他说：“内省的观察是我们首先的和主要的而且经常所需依赖的方法。内省这个词几乎不用定义──当然，它是说观察我们的心理而报告在那里所发现的。人人都同意：在那里，我们发现的是意识状态。”
在内省的准确性问题上，他也承认内省观察是“困难的并易误的”。但同时也指出，内省的困难是一切观察共同存在的困难，并且，通过努力，完全可以使内省法做到准确无误。对此，他说：“唯一的保障在于我们对于所要知道的现象的更进一步的知识之最后的意见一致。后来见解改正较早的见解，一直到最后达到一个贯串的系统的谐和为止。这种渐渐完成的系统是心理学者证明‘他所报告的任何一次特殊心理学、观察是无误’之最好保障。”他反对那种受过专门训练的心理学家的内省。
（二）实验法
在对待实验法的态度上，詹姆士表现出尖锐的矛盾。一方面他从理论上证明并高度评价了实验法的作用。他主张心理学家要用实验法，因为实验法可以提供必要的心理学事实。并且，心理学研究必须依靠实验法，才能获得真正的进步。对刚刚兴起的德国实验心理学，詹姆士也给予了比较高的评价。他说：“心理学正在进入一个不太简单的阶段。在短短几年里，一种可以称为显微镜式的心理学已经在德国兴起，这种心理学依据实验方法，当然是时刻寻求着内省资料，并用大样本数据和统计方法消除资料的不确定性。”但另一方面詹姆士对当时实验方法的发展却抱着不满、轻视和消极的态度。他曾写信给闵斯特伯格表示讨厌实验工作。
（三）比较法
詹姆士把比较法正式列入心理学的研究方法范围之内。他认为:“比较法可以补充内省法和实验法的不足。这种方法预先假定一种常态的内省的心理学在它的主要特色方面已经确立，可是在这些特色的起源，或者是它们彼此之间的依存性成为问题的地方，那就极需要把这种现象通过考察它的一切可能的类型和组合的变异而加以研究。因此，就发生了这样的事实，人们把各种动物的本能详加研究以求有助于了解我们自己的本能，并且乞援于蜜蜂和蚂蚁的推理能力，野人、婴儿、白痴、聋盲人、罪犯和怪僻人的心理，以求支持关于我们自己的心理生活的某一部分的这种或那种特殊的学说。”正因为詹姆士把比较法看做心理学研究的重要方法，所以后来在机能主义心理学家的倡导和影响下，比较心理学、发展心理学、变态心理学的研究之风在美国特别盛行。
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