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一、生物信息学软件简介 （一）分类 单机分析软件，如：winplas 在线分析软件， 如：webcutter 生物学数据库，如：NCBI, DDBJ, EBI （二）意义 1.分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间。 2.提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验。 3.用计算机管理实验数据。	（三）常用功能（核酸类） DNA 序列片断拼接----Contig Express DNA序列测定图谱分析 分析mRNA开放读框 限制性酶切位点分析 DNA 模拟电泳 PCR 引物设计 RNA二级结构分析
常用功能（蛋白质类） 蛋白质一级结构分析（氨基酸分析） 蛋白质二级结构分析（结构域分析） 蛋白质三级结构分析（空间结构分析） 常用功能（共同类） DNA、蛋白质序列同源分析 进化树构建 常用功能（其它类） 质粒绘图类 图象处理软件 二、DNA 序列片断拼接（电子基因克隆） 获得感兴趣的EST，在dbEST数据库中找出EST的最有途径是寻找同源序列，标准：长度≥100bp，同源性50%以上、85%以下。 然后将检出序列组装为重叠群（contig），以此重叠群为被检序列，重复进行BLAST检索与序列组装，延伸重叠样系列，重复以上过程，直到没有更多的重叠EST检出或者说重叠群序列不能继续延伸，有时可获得全长的基因编码序列。 再与GeneBank核酸数据库进行相似性检测，假如有精确匹配基因，将EST序列数据据EST六种阅读框翻译成蛋白质，接着与蛋白质序列数据库进行比较分析。	Vector NTI 5.2 中的contig Express Contig Express软件： Sequencer软件： ftp://genecodes.com/pub/SequencherPC.zip 举例说明使用 三、DNA序列测定图谱分析 Chromas软件： http://www./chromas230.exe

四、限制性核酸内切酶位点的分析 （一）定义： 限制性核酸内切酶（restriction endonuclease） 识别DNA的特异序列，并在识别位点或其周围切割双链DNA的一类内切酶。即一类能识别双链DNA分子中特异核苷酸序列的DNA水解酶。 是细菌内存在的保护性酶。分为I、II、III三类。 其中的II类限制性核酸内切酶是重组DNA技术中的重要工具酶。 II类酶识别序列特点为回文结构，大多为 4~6 bp 回文结构（palindrome sequence）， 如EcoRI 识别序列： n5’GAATTC 3’ 5’GGATCC 3’ 3’CTTAAG 5’ 3’CCTAGG 5’
限制性核酸内切酶命名 Smith和Nathame命名原则（1973） 属名 + 种名 + 株名 + 流水 例如： 流感噬血杆菌d株 （Haemophilus influengae d） Hind Ⅰ Hind Ⅱ Hind Ⅲ Hind Ⅳ
常用的限制性核酸内切酶酶切序列 限制酶 识别序列及切口 限制酶 识别序列及切口 Alu Ⅰ AG/CT Hind Ⅲ A/AGCTT TC/GA TTCGA/A BamHⅠ G/GATCC SalⅠ G/TCGAC CCGAG/G CAGCT/G BglⅠ A/GATCT SmaⅠ CCC/GGG TCTAG/A GGG/CCC EcoRⅠ G/AATTC CTTAA/G CTTAA/G （二）分析步骤： 利用Vector NTI软件： http://register./solutions/ vectornti/molecular_viewer.html 该软件输入文件格式广泛，除了molecule documents (.gb) 是该公司本身文件格式外，还能识别各种数据库应用格式软件：EMBL,GenBank,FASTA,Sequence files. 可以查找特定序列，ORF（可以设置相关参数），描述载体、限制酶位点、一些功能序列和附注。整个界面由文本、图形和序列三部分构成，而且点击任意的序列、RE、基因，图形和序列均会自动标记到相应位置，非常直观方便。 载体可以圆形表示也可以线形表示。 还可进行核酸到蛋白的翻译等功能。 利用webcutter 2.0在线免费软件分析： http://www./cutter/cut2.html 或： http://www./firstmarket/cutter DNAStar、DNAClub、DNATool 等其他商业软件均能分析。 以DNAClub为例说明。