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核酸的结构较为均一，所以各种核酸性质接近。比如在中性pH都带负电，双链核酸都是双螺旋结构，单链都是线团状结构。所以核酸的各种实验技术都有较强的通用性，这一点比蛋白质强得多。 核酸的提取比蛋白质容易。核酸在体内一般是与蛋白质结合存在的，称为核糖核蛋白（RNP）或脱氧核糖核蛋白（DNP）。一般先破碎细胞，得到DNP或RNP。然后用酚-氯仿将蛋白质变性除去，再用乙醇或异丙醇将核酸沉淀出来，干燥后再溶解即可。 核酸的纯化一般常用电泳或层析。PAGE一般用于分离1K以下的核酸，如测序。较大的要用琼脂糖电泳。纯化mRNA常用oligo-dT的层析柱或磁珠。如果只是除盐或浓缩，乙醇沉淀再溶解即可。样品浓度较低时为了提高收率，可以加入糖原助沉。  磁珠纯化mRNA，引自百度图片 核酸的一级结构对其构象影响较小，但也可以通过适当的方法辨别。比如单链构象多态性（single strand conformation polymorphism, SSCP）分析，就可以区分仅有一个碱基差异的两条DNA。  PCR-SSCP分析，引自百度图片 核酸研究中还有一个常用的工具，叫做限制性核酸内切酶（restriction endonucleases，REases）。它是内切酶的一种，能识别DNA分子中的特定序列，并在确定位置切断双链DNA，简称限制酶。它是细菌的限制-修饰系统的组成部分，用于识别并降解外源DNA，防止病毒侵染。现在广泛应用于核酸研究和基因工程领域，被称为分子手术刀。 限制酶有四种类型，最常用的是能够精确定位切割的第二类（type II）。第一类限制酶的酶切位点在识别序列以外，至少相隔1 KB以上。第三类则相隔24-26个碱基，但也不能精确定位。第四类是后来增加的，只能切割修饰的DNA（甲基化、羟甲基化等）。所以这三种应用不多。  四类限制酶的功能 Nucleic Acids Res. 2014 Jan 1; 42(1): 3–19. 第二类限制性核酸内切酶（II型限制酶）一般识别并切割特定的回文序列。回文序列（palindrome）即反向重复序列，两条链按5'到3'读取的序列相同。例如EcoRⅠ识别并切割GAATTC序列，如图。  EcoRⅠ识别的回文序列，引自百度百科 也有少数II型限制酶识别的序列并非回文序列，如下图。  少数II型限制酶识别非对称序列，引自REBASE 限制性内切酶的命名最初是以微生物属名的第一个字母（大写）加种名的前两个字母（小写），再加菌株名和序号（罗马数字）。严格来说，前三个字母表示拉丁学名，应用斜体，其它用正体。如Eco RⅠ，E是属名（Escherichia），co是种名（coli），R是菌株名（Ry13），Ⅰ是发现次序。从Bacillus amylolique（解淀粉芽孢杆菌）的 faciens H菌株中提取的第一种限制性内切酶称为Bam HⅠ。 随着限制酶数量的不断增长，原有规则显示出一些不足之处，2003年提出了一些修订。主要是在不同来源的酶出现同名时，可以加一些区分来源或功能的前后缀，以及书写时将斜体改为正体，在罗马数字前不留空格。这样书写更加便捷、美观，其实有些期刊早已采用。此外，还提出了第四类限制性内切酶，以及II型限制酶的亚型划分标准等（Nucleic Acids Res. 2003 Apr 1;31(7):1805-12.）。  限制酶名称不需斜体，Science, 1995 |
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