关于担保物权与诉讼时效制度的关系，担保法体系和物权法作出了不同的规定。司法实践中应当充分注意到这一立法制度的变动状况。
担保法《解释》的规定是，担保物权所担保债权的诉讼时效结束后，担保权人在诉讼时效结束后的两年内行使担保物权的，人民法院应当予以支持。但是，物权法第202条却规定，抵押权人应当在主债权诉讼时效期间行使抵押权，未行使的，人民法院不予保护。二者的差异非常明显。
很显然，担保法《解释》赋予抵押权人在主债权诉讼时效超期后的两年内仍可行使抵押权。这种规定的理论依据在于，认为抵押权系独立的物权，其不应受主债权诉讼时效的限制。但是，物权法已将抵押权的实现期限与主债权的诉讼时效直接挂钩，使二者在司法保护期上完全重合。主债权诉讼时效一旦届满，抵押权也将归于非强制力保护的范畴，使之丧失了依据旧法可以享受“缓期两年”的特权。
上述问题的解决，首先应当考虑法律的效力层级。笔者认为，物权法的效力层级高于担保法，故抵押权必须随同主债权一起适用诉讼时效。因为物权法明确规定抵押权的实现期间与主债权的诉讼时效同步，那么就意味着主债权的诉讼时效不超期时，抵押权人可以随时主张抵押权的实现。
但有理论误认为物权法已将抵押权的实现期间压缩在主债权届期之日起的两年之内。这一误解的根本原因在于，将债权届期与时效届满两个概念混淆和等同，忽视了主债权时效的动态性和可变性。由于主债权作为民事权利的一种，其必然要适用民法通则第135条的普通诉讼时效制度，还要适用第139条和140条关于时效中止和中断的规定。这样，主债权届期后其时效存续的实际时限可能大大地超出两年的范围。由于上述主债权时效的动态性直接限制了抵押权的实现期间，故抵押权的存续期限仍然是一个无法绝对固定的时间段。
担保法《解释》一方面对主债务人所获时效利益予以确认，另一方面又用“缓期两年”的方式延续了与主债务人处于同一责任体系的抵押人的责任期间。由于抵押人在承担了清偿义务后享有向主债务人追偿的权利，故当抵押权人用该《解释》所赋予的“缓期两年”的特权迂回实现抵押权后，等于又变相地使主债务人丧失了其所获得的时效利益。
另一个问题是，当抵押权因时效届满而丧失司法强制力保护后，是否应当视为被彻底“消灭”或是应视为已转换为一种自然债权而继续存续？笔者认为，自然债权的解读更加符合诚信原则。如果超期后抵押人仍然自愿履行债务，那么法律没有必要禁止这种基于诚信理念的偿债行为，故应当尊重抵押人的这种意思自治权而不能强制性地否认其恢复承担抵押义务的法律效力。
此外，关于质权和留置权是否适用诉讼时效的问题物权法未加规定。但时效与质权是有必然联系的。因为质权人的主债权也存在着时效问题，不能认为质权人持有质物就视为其时效持续中断。
