纳税人取得虚开专用发票进行抵扣，在税务稽查案件中，经常碰到。但如何处理，应查清事实，根据有关政策法律而定。根据国家税务总局有关文件规定，“善意”取得发票抵扣与“恶意”取得发票抵扣，其法律责任是不同的。
一、“善意”与“恶意”取得发票抵扣的区别
1．二者行为构成不同
“善意”取得虚开专用发票抵扣行为，是指纳税人在具体的货物生产销售业务中，接受了购货方开具的专用发票而予以抵扣，但不知道对方开具的专用发票是假的，或是第三方代开的。因此“善意”取得虚开专用发票行为构成如下：有生产货物销售行为；接受了与发生的销货额一致的虚开的增值税专用发票；主观上不知道。
“恶意”取得虚开专用发票抵扣行为，则是纳税人没有生产销售货物行为，而让对方为其虚开，或对方为其虚开时，积极受票，或在货物交易中，从购货方取得第三方开具的专用发票，或从销货地以外的地区取得专用发票，向税务机关申报抵扣税款的行为。因此，“恶意”接受虚开增值税专用发票抵扣税行为的构成如下：没有发生销售货物行为，或虽有货物销售行为，但票从第三方取得或从销货地以外取得虚开专用发票；向税务机关申报抵扣税款；主观上事先知道而且希望或放任这种行为发生。
2．二者定性及法律责任不同
对于“善意”取得虚开专用发票予以抵扣的行为，适用国家税务总局《关于善意取得虚开增值税专用发票处理问题的通知》第1条规定，不按偷骗税处理，不罚款、不抵扣税款。同时，适用《税收征管法》第五十二条第二款规定，因纳税人计算错误等失误，未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以追征税款、滞纳金；有特殊情况的，追征期可以延长到五年。因此，对纳税人善意取得虚开专用发票抵扣税款的行为，定性不认定为偷税，只定性为纳税人因失误少缴税款、未缴税款。法律责任一是追征不允许抵扣的税款，同时追征滞纳金；二是不予以罚款；三是纳税人如果能换回真实的进项发票还必须予以抵扣。
“恶意”取得虚开专用发票抵扣税款行为定性，按照《关于善意取得虚开增值税专用发票处理问题的通知》第3条规定，适用国家税务总局《关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》的规定，该行为应认定为偷税。法律责任，根据《税收征管法》第五十二条第三款、第六十三条第一款规定，如果未构成犯罪的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处以不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，移送司法机关依法追究其刑事责任。
二、如何认定“善意”还是“恶意”
1．纳税人无生产货物销售行为，取得虚开专用发票抵扣税款的，不管取得方和虚开方如何陈述、申辩，一律认定为取得专用发票方的行为为“恶意”取得。
2．有生产货物销售行为，从销售方取得第三方开具的专用发票，或从销货地以外的地区取得专用发票抵扣税款的，应认定为“恶意”取得，定性为偷税。
3．对于有生产货物销售行为，从销货方取得虚开专用发票抵扣税款行为的，要进行分析和区别。
一是要询问当事人，收集当事人陈述言词，分析认定。由于是否知情涉及主观因素，因此办案时一定要询问当事人，让当事人如实陈述取得虚开发票的全过程。如果纳税人的陈述表明，其事先知道取得的专用发票是虚开的，则是知情，其陈述笔录将作为案件的直接证据，认定其行为是“恶意”。如果纳税人的陈述表明，其事先不知道取得的专用发票是虚开的，则需要进一步调查。
二是要从源头上调查，询问虚开方当事人，分析间接证据，进行认定。如果虚开方当事人陈述取得方事先确实不知道，且与取得方陈述一致，则应认定取得增值税专用发票方为“善意”；如果虚开方陈述取得方事先知情，而取得方陈述事先不知情，则需进一步调查其他证人。
三是要对证人调查，运用间接证据进一步深入分析认定。调查取得虚开增值税专用发票方单位里的工作人员，如财务人员、销售人员，收集其言词笔录进行分析认定。如果虚开方单位的销售人员、财务人员证明，取得方事先知情或受其指使，则应认定取得方为“恶意”取得；如果虚开方单位工作人员证明取得方确实不知情，则应认定取得方为“善意”。
