宰牲亭
宰牲亭，是宰杀牲畜的地方，根据礼制祭祀用的祭品“必丰、必洁、必诚、必敬”。牛必须选用全黑、体壮、一百斤重，没拉过犁的乳牛。羊须是三十斤重的白羊，猪必须是八十斤的纯黑色猪。三牲在宰杀前要披一块黄绸子，主祭官要给牛磕头，然后宰杀。动物的毛血放入事先挖好的毛血池中，用土掩埋，以免被人践踏，以示洁净之意。
东官厅
东官厅，是参加祭礼典礼的官员斋戒、休息、和进行准备活动的场所。按照祭礼礼制正献官即主祭官，是祭祀孔子的主角，担任向孔子献祭的重大责任。清代以后，北京孔庙的正献官多由皇祭孔的正献官帝担任，山东曲阜孔庙的正献官由孔子嫡传后代“衍圣公”来担任，而各地方文庙一般由当地的状元或最高行政长官出任。在大型祭祀的前三天，正献官就要住进东西官厅，沐浴斋戒，敬心诚意地进行准备
西官厅
西官厅，是参加祭孔典礼人员进行斋戒、休息和进行准备活动的场所。按照祭祀礼制，参加祭祀的人员有组织、有分工，各司其职。有祭祀的鸣赞，相当于祭祀典礼的司仪，引赞是祭祀的引导官，分献官负责祭祀四配、十二哲、先贤先儒及崇圣祠的五代先祖。此外还有陪祭、监祭、乐舞生、执事、杂役等人员，都在西官厅进行准备活动。
神厨
神厨，是加工祭品的场所。宰杀后的牲畜送到神厨，神厨中有锅灶等设施，将祭品切割、制熟，以备祭祀。祭品在质量、形状、来源等方面不仅原料，连加工方法也如此。如：鱼要先用盐搓，盐必须选用山形的大粒盐，需用大量花椒，每一粒都要去头去尾，烧火的柴要劈成八寸长一段，炭要用鸡骨白炭，燃烧时发出叮当声才合格。
乐器库
乐器库，是存放祭孔乐器和舞器的地方。祭孔所使用的乐器有磐、编钟、编磐、古瑟、笙、排箫、洞箫、龙笛、箎、敔、陶埙、以及各类鼓、即金、石、丝、竹、革、木、匏、土等古代八音之器。柷是一种打击乐器，状如方斗，击打三次而乐起。特磐四种，编钟六种，编磐十六种。
乡贤祠
乡贤祠是祭祀地方贤人的配殿。哈尔滨文庙的乡贤祠建筑为歇山顶，灰陶瓦，旋子彩画，面阔三开间。乡贤祠供奉历朝历代本地的地方名人，包括是有政绩、得民心的官员，也包括道德高尚、学问出众、教育有方的乡贤。乡贤祠表彰这些名人的成就和贡献，为后世树立榜样，鼓励后人向他们学习。
玉振门
玉振门是位于大成门西侧的掖门。玉振即磐的声音，故事奏乐以击磐告终，磐响则“终条理也，终条理者，圣之事也“，即成为玉振。成语有始有终即来源于此。玉比喻君子内在的美德。《五行》中说“唯有德者然后能金声而玉振之”，“金声玉振之者，己仁而以人仁，己义而以人义”，意思是只有德行高尚的人，才能体察美善的事物，并在内心产生共鸣。玉振之名出自《孟子 · 万章下》“孔子之谓集大成集大成也者，金声而玉振之也”。象征孔子思想集古圣先贤之大成，如同钟磐之声，集众音之大成，并通过祭孔的礼乐而传遍大地。
大成殿
大成殿是文庙的主殿，位于第二进院纵轴线上。其名出自《孟子 · 万章下》“孔子之谓集大成”一语。宋徽宗尊崇孔子为“集古圣先贤之大成”，诏名曰大成殿。 哈尔滨文庙单程殿建筑为重檐庑殿顶式，金龙和玺彩画，面阔十一间，进深五间，顶覆黄色琉璃瓦，在大成殿的顶层飞檐上摆设了十一个走兽，按照传统规定，只能摆六个走兽。因为这座文庙建在民国年间，所以它打破了原有的格局。依次排列为骑凤仙人、龙、凤、狮、天马、海马、狻猊、押鱼、豸、斗牛。在双重飞檐中的海蓝色竖匾上，木刻贴金的群龙，紧紧团护着三个金色的大字：大成殿。哈尔滨文庙大成殿是按大祀祭祀仪式的规格设计建造的，其格局可与北京故宫的太和殿相媲美。其面阔十一开间，这在文庙建筑史上是绝无仅有的。
西庑
西庑是大成殿西面的配房，是供奉配享孔庙先贤先儒牌位的地方属从祀儒家先贤先儒的纪念性建筑。先贤先儒是文庙中的第三个等级，大多数为孔子的弟子。其位次和等级是清朝颁定，成为文庙礼制，为后世继承。由于政治原因，不断有罢黜和增加。到民国八年（1919年），供奉有先贤三十九位，先儒三十九位。所谓先儒者及孔门弟子以外传经学及德行贯世或功业显著之人也，此等先贤先儒经历代学者之奏议，因是从祀之可否，及位置之顺序，议论纷纭，宋之徽宗政和三年，大成殿上唯祀先师及四位配神，其它之诸弟子并先贤先儒等从祀于东西庑，明之宣德三年，先贤从祀名位考证以后颁行天下，至清朝雍正二年，乾隆十八年，同治八年等，多次更正其顺序，哈尔滨文庙西庑古建筑造型为歇山式，旋子彩画，顶覆绿色琉璃瓦，面阔九间，进深三间。
东庑
东庑是大成殿东面配房，是供奉配享文庙先贤先儒牌位的地方，属从祀儒家先贤先儒的纪念性建筑。先贤先儒是文庙从祀的第三个等级，大多数为孔子的弟子。其位次和等级是清朝颁定，成为文庙礼制，为后世继承。由于政治原因，不断有罢黜和增加，到民国八年（1919年），东庑供奉先贤四十位，先儒三十九位。先贤因属从祀地位，祭祀时其规格又低于“四配十二哲”。文庙的祭祀，随等级的不同，所享受的礼遇也随之发生变化。哈尔滨文庙东庑古建筑造型为歇山式，旋子彩画，顶覆绿色琉璃瓦，面阔九间，进深三间。
独占鳌头
“鳌”传说是海中的大龟，相传它与魁星有密切的关系。魁星是北斗七星中前四颗星的总称，又称奎宿。在中国古代神话中，魁星是一个满腹经纶、才华出众的人，因相貌丑陋而屡试不中，走投无路之下，魁星欲投水自尽，忽然从水中出现一只“鳌”将他托起，并升上天空成为主案文章兴衰的神。现实中魁星被描绘为一个赤发蓝面的鬼的形象，他总是单腿站在一只巨鳌的头上，一脚向后翘起，一手捧斗，一手执笔，意思是用笔点定中试人的姓名，这就是“魁星点斗”的由来。我国唐宋时期皇帝宫殿前的台阶上刻有龙和巨大的鳌鱼，科举考试中进士的人接旨时要站在殿前，其中状元所站位置最为靠前，正站在“鳌鱼”头的位置上，因此也成为“独占鳌头”。后来用“独占鳌头”比喻占首位或取得第一名。
万仞宫墙
万仞宫墙也称数仞宫墙、屏垣，是孔庙纵轴线上的第一座建筑，也是中国孔庙特有的建筑。其名取自《论语 · 子张篇》赞孔子学问“夫子之墙数仞”，其含义为赞扬孔子学问与道德的博大精深。哈尔滨文庙的万仞宫墙位于最南端，与文庙围墙连成一体。宫墙的中心段略向南突出，全长44.85米，高5.9米，中心向以立体圆形牡丹报甲琉璃雕花砖，四角镶有立体牡丹角形花叶琉璃雕花砖，墙脊覆盖黄琉璃瓦，瓦当中心雕刻九曲之龙。 万仞宫墙所在之处，本应辟建文庙的正门，因中国民间约定俗成，无论何地建成文庙，都有当地当朝状元前来祭孔，然后方可修建文庙的正门。哈尔滨文庙建于近代，科举制度已经废除，没有状元前来祭孔，因此万仞宫墙取代了正门。这恰巧成为哈尔滨文庙独有的掌故和特色景观。
