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一、超形态的功能性、关系性模型
“气—阴阳—五行”不仅是中医学重要的概念范畴，而且是中医学最基本的思维模式。中医采用这一模型建构了自身的生理—病理—诊断—治疗的理论体系。从本质上说，“气—阴阳—五行”模型是一种非实体的、演示宇宙生成、描述万物关联的思维模型。如“气”字甲骨文中已经出现，原指气体状态的存在物，如云气、蒸气、烟气等。“气”有两种状态：一种是凝聚的、有形的状态，气凝聚为看得见摸得着的实体；一种是弥散的、无形的状态，气由于不停地运动，弥散四布而看不见摸不着。到西周时期，“气”已从表示有形可感的实物转变为无形的抽象概念。有形的气习惯上称为“形”，无形的气习惯上称“气”。“气”具有超形态性，气非形体但却是形体之本。
“阴阳”原本是指阳光照射不到与照射得到的地方。后指相互对立的两个实体，如日月、天地、水火、血气、魂魄、男女等。到西周时期“阴阳”指无形的二“气”，初步具有了哲学意味，是抽象的、无形的。
“五行”早期指“五材”，即木、火、土、金、水五种基本物质、材料。后指与这五种质料有关的五种属性，已超越了实体形态。按照这一模型，中医藏象学说认识的五脏并不等同于人体解剖形态上的肝、心、脾、肺、肾五个形态脏器，而更是具有五种相关功能的沟通内外、贯通天人的脏腑功能系统，这样组合起来的“五脏”显然是超形态的。
“气—阴阳—五行”作为一种思维模型，已从物质实体转变为功能实在。虽然“气”、“阴阳”、“五行”最早都表示特定的物质实体，但当它一旦成为一种思维模型，一旦成为一个哲学范畴，并被中医广泛运用时，它就不再仅指有形态结构的物质、实体，而是指超越形体的功能和属性。如在先秦哲学典籍和《黄帝内经》中，“气”的主要功能是：气是天地万物的本原，是生命的基本条件，是天地万物感应的中介。
“阴阳”从单纯指背阳、向阳的实体转变为两种相反、相对的功能属性：凡具有推动、温煦、兴奋、发散、上升的功能，则属于“阳”；凡具有静止、寒冷、抑制、凝聚、下降的功能，则属于“阴”。
“五行”从五种实体的元素材料转变为五种基本功能属性，即润下（水）、炎上（火）、曲直（木）、从革（金）、稼穑（土）“五性”，这是《尚书·洪范》首次提出的。后世对五行的解释基本上没有偏离《洪范》的这种属性规定。“五性”又演变为“五类”即木、火、土、金、水五种分类原则。《吕氏春秋·十二纪》、《礼记·月令》等开始以五行为原则，类分时令、祭祀、藏象、音律、方位等万事万物。这样一来，原本十分复杂、难以计量的事物一下子简单明晰了。《黄帝内经》建立的五藏系统，是五行模型作用的结果，表示人体生命五类功能体系。
“气—阴阳—五行”表示的是关系实在，属于关系性思维，其特征为注重事物与事物之间的关系、注重事物内部部分与部分的关系，超过了注重事物的形体及事物的内在构造。如“气”往往表示联系万事万物、联系每一物体内部各部分的中介。物体与物体之间、每一个物体内部都充满了气。在气的作用下，万物相互感应，相互融和，才成为一个合一的大整体，每一个事物才成为一个内部互有关联的整体。“阴阳”也是一种关系，阴阳的关系有阴阳互根、阴阳互动、阴阳消息、阴阳交感、阴阳互制、阴阳激荡、阴阳转化、阴阳胜复等。“五行”更是一种关系模型，五行之间的关系主要有五行生克、五行乘侮、五行胜复、五行制化等。与西方的“四行”（水、火、土、气）、印度的“四大”（地、水、火、风）相比，“五行”更为实用，也流传更久，其根本原因就在于五行具有关系性特征。
二、动态的整体性、相对性模型
“气—阴阳—五行”虽是一个三级的思维模型，但三者本质上是一气混元，具有整体性。从气的角度看，阴阳是二气，五行是五气；从阴阳角度看，气是阴阳的未分状态，五行是阴阳的分化状态。气—阴阳—五行是一个逐渐生成和分化的过程，气生阴阳，阴阳生五行，是动态的“活系统”。《周易·系辞上》说：“易有太极，是生两仪，两仪生四象，四象生八卦。”太极（气）生两仪（阴、阳）为第一级划分，阴阳生四象（太阳、太阴、少阳、少阴）为第二级划分，四象生八卦为第三级划分，只是划分基数为“二”。《黄帝内经》根据人体的实际情况对阴阳做了“三阴三阳”的划分，划分基数是“三”。从某种意义上说，五行也是阴阳所化生，只是划分基数是“五”。
“气—阴阳—五行”模型是一个相对性模型。如“阴阳”是相对的，不是绝对的。具体表现为：
一是“阴阳”要随着比较标准的改变而改变。阴阳是通过比较而确定的，单一方面无法定阴阳，没有比较标准也不能定阴阳，比较的标准不同，做出的阴阳判断也不同。如以 0度水为标准，则-1度水是阴，1度水是阳；如以10度水为标准，则1度水为阴，11度水为阳。
二是阴阳要随着关系的改变而改变。阴阳并不是实体，也不是事物所固有的本质，阴阳表示的是事物之间的关系。如在男与女这组关系中，男是阳，女是阴；而在父母与子女这组关系中，母（女）则为阳，子（男）则为阴。
三是阴中有阳、阳中有阴。因为阴阳是层层可分的，阴阳中复有阴阳。如昼为阳、夜为阴；昼中上午为阳（阳中之阳）、下午为阴（阳中之阴），夜中前半夜为阴（阴中之阴）、后半夜为阳（阴中之阳）。再如“五行”，同样要随比较标准的改变、随关系的改变而改变，同样也有各行又兼含有“五行”的现象。至于“气”的相对性则表现在其动态性上，哲学意义上的“气”已与“形”分立，“形”是有形的、静态的，“气”则是无形的、动态的。“气”具有运动不息、变化不止、连续不断的特性。气的运动称为气机，气机必然产生各种变化，从而化生天地万物，称为气化。气化学说经历了精气与元气两个发展阶段。气无形质而可以渗透，贯穿到一切有形质的事物之中，无处不入，无时不入；同时气又可以吸收其他事物的成分而组成各种各样的气，如阳气、阴气、天气、地气、风气、云气等。
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