在地位上看，国际法院是联合国的主要机关之一，而且是联合国的主要司法机关。而从《联合国海洋法公约》第287条第1款和附件六第1条第1款的规定看，国际海洋法法庭是按照《联合国海洋法公约》附件六设立的。所以，国际法院是联合国主要的常设性司法机关，而国际海洋法法庭只是《联合国海洋法公约》这一体制内的常设性专业机构。
管辖权上看，《国际法院规约》第36条第1款规定：国际法院的管辖包括各当事国提交之一切案件，及联合国宪章或现行条约及协约中所特定之一切事件。《国际海洋法庭规约》第21条规定：法庭的管辖权包括按照本公约向其提交的一切争端和申请，和将管辖权授予法庭的任何其他协定中具体规定的一切申请。对于属事管辖，《国际法院规约》规定的是一切案件；而《国际海洋法庭规约》规定的是与《联合国海洋法公约》有关的一切争端和申请。可见，国际法院的管辖事项是多于甚至包含国际海洋法法庭的管辖事项的。（部分内容参考自金永明《海洋问题专论》）
总结起来，国际海洋法法庭在地位上不如国际法院重要，管辖权上也要小的多。但在专业性上，国际海洋法法庭由于法官必须是海洋法领域的专家，在处理海洋和岛屿等相关问题的时候，专业性会更强。此外，国际海洋法法庭受理案件的门槛也比国际法院低。与国际法院不同，国际海洋法法庭不但可以受理国与国之间的案件，还可以受理国与政治体甚至个人之间的案件。…[详细]
虽然在处理海洋相关问题的专业性上，国际海洋法法庭更强，但它也有不少争议。特别是它所基于的《联合国海洋法公约》，本身就有许多现行和遗留问题，其中最大的就是“美国不签署”和“西兰公国的存在”。
签署《联合国海洋法公约》的国家和地区：中国大陆和菲律宾都是缔约国，美国却不是美国不是《联合国海洋法公约》的缔约国，而美国早期对此公约的反对理由是其第十一章关于成立“国际海底管理局”( International Seabed Authority (ISA))的规定，认为这规定可能违反自由经济与开发原则，且此局的组成与资金运用被认为可能有利苏联等国施加控制。基于此因，美国当时没有签署公约，虽然美国宣称会遵守此章之外的其他条文。不过，联合国海洋事务总署在冷战结束后曾协调各国修改第十一章，让美国对海底管理局的资金运用等事务有否决权，即便如此该公约迄今仍未被美国批准。世界第一大经济体且为联合国常任理事国的美国缺席，使得《联合国海洋法公约》的效力和公信力大打折扣。 …[详细]
而西兰公国的存在，也是《联合国海洋法公约》一个难以回避的问题。西兰公国是一个由私人宣称建立而未被国际承认的私人国家，位于英吉利海峡的废弃人造建筑怒涛塔（Roughs Tower）是该国仅有的领土，它约距英国英格兰萨福克郡海岸10公里。该国自建立以来一直由其元首派迪·罗伊·贝茨和他的家人以及合作伙伴占据。西兰公国的常住人口很少超过五人，可供居住的领土面积只有550平方米。争议之处在于，当派迪·罗伊·贝茨在1967年占领怒涛塔时，怒涛塔位于国际公海水域范围内，并不属于英国或任何其他第三国的管辖范围内。因此，西兰拥有法理上的合法性。但根据《联合国海洋法公约》12海里的领海规定（之前为3海里），实际上西兰公国的领海主权甚至已经延伸到了英国本土，且英国具备了对该地的主权。所以英国在《联合国海洋法公约》对西兰公国如何适用这一问题也一直不置可否。
西兰公国（蓝线）和英国（黑线）领海示意图，虚线表示3海里的领海范围，实线表示12海里的领海范围
