一、多灾的国情,丰富的疫情文献
我国是一个季风国家，地处世界最大太平洋和世界最大大陆欧亚大陆交接处。冬夏气温冷暖不均，气候变化很大。大气环流不稳定，加之地质构造复杂，处于环太平洋火山地震带西岸。在地球发展的震荡时期，生物圈和人类智慧圈就会有失去平衡的或强或弱反映，因此，历史的近几千年来，中国灾害之多，世所罕匹。中国古代已知的瘟疫种类很多如：天花、鼠疫、白喉、猩红热、霍乱、斑疹伤寒、伤寒、肺病、麻疯、疟疾、吸血虫病…。有的怪病，传染性极强，至今也不知道它属于那一种病。《说文》提出“疫，民皆疾也。”把凡能传染的病通称为“疫”。“瘟”则是烈性传染病，可以在禽畜动物与人之间相互感染。特别烈性的瘟病可以朝发夕死。所以中国古代把传染病、流行病通称为“瘟疫”。
从中国几千年和“瘟疫”抗争有的历史中，流传下了大量的医史文献. “从公元前674年至1949年，这2632年间，共记载有772年次程度不等的瘟疫。” 各时代、各地区的传染种类虽不一，但自12世纪以后，“史料愈见精洋，连续性与现代疫情资料基本相衔接，内容丰富，可研究性强” 。
商代开始就有“瘟疫”的文献记载.《小屯殷虚文字乙编》,卜问殷王是否染上传染病,又卜问疫病是否会漫延流传 。此后《尚书》记录了传染病就是疫疾。《诗经·小雅·节南山》记载，公元前781—前771年，周幽王时期“天方荐瘥，丧乱弘多” 。由于物侯变化失常，引起疫病。《国语》、《春秋》、《左传》、《史记》、《汉书》以及各朝正史的“五行志”中都有关于瘟疫流行传播和防治的文献记载。例如《晋书。五行志》提出：“旱岁…人则多口喉颏嗽者，故有口舌疴” 从汉代开始，医书里都把传染病作为重点项目加以关注。陈邦贤《中国医学史》统计“论伤寒的书籍多至二百五十多种，可见我国古人对传染病的重视”中国是文明古国，有悠久的历史，曾克服过若干次温疫，留下了抗御“温疫”的丰富文献。自西周以来，中国历史上瘟疫大流行的高峰期有以下几段时期：
一是东西汉之间至东汉时期（公元1—3世纪）；另一是明末至清初（公元16—17世纪）。这两段时期都是处在地理环境的突变时期。气候变迁异常激烈，导至生物圈和人类智慧圈的失调及震荡。此间一些奇怪的病症、瘟疫就会预想不到地突然出现。东汉末年从公元204年至219年（建安九年至建安二十四年）中原地区流行瘟疫凶猛。东汉张仲景在“伤寒卒病论”中说“余宗族素多，向逾二百，自建安以来，犹未十年，其亡者三分之二，伤寒十居其七” 。特别是建安二十二年（217年）死人特多。魏文帝曹丕回忆说：“昔年疾疫，亲故多受其灾”。又说：“疫疠多起，士人雕落”。那时中原“家家有伏尸之痛，室室有号泣之声，或合门而亡，或举族而丧者” 。差不多同时，即欧洲罗马奥勒利安在位期间，大约在公元二世纪末,也暴发大瘟疫，瘟疫最严重时罗马城每天死亡约2000人 。中国中原和欧洲罗马之间的广大地区，并没有传染病流行的直接记录。日本田茂树《世界社会史》说：“在东汉末代中国有十一年间继续流行凶猛的疫病…欧洲在第二世纪中瘟疫波及于罗马全领土。在那医术还不发达的古代，这种疫病究竟猖獗到了什么程度很难想像.”
另一次凶险的瘟疫是十二世纪前后。这时也是地理环境突发变异的多灾时期 。从1109年至1234年，“疫死者半”、“开封大疫，诸门出柩90余万万。” 这次瘟疫磨练出了防治瘟疫医生，其中“金元四大家”的李杲和他的医学著作《脾胃论》为出名。
欧洲从14世纪黑死病（Black Death）大流行，共死亡2500万人，占当时欧洲人口的1\4。英国1664-1665年鼠疫大流行，46万人口中死亡7万。
明代万历、崇祯至清康熙年间，即从公元1580年至公元1663年此间是中国寒冷灾变时期 。这是疠疫流行，死亡枕籍。最严重的是1641年，南北两直隶，山东、安徽、浙江、贵州、湖南等地疾疫大作，山东东明县“春二月瘟疫大作，有一家死数口者，有一家全殁者，白骨山积，遗骸遍野” 。1643年的瘟疫，“有疙瘩瘟、羊毛瘟等，呼病即亡，不留片刻。八、九月间，死者数百万…至霜雪渐繁，势始渐杀。” 山东“春夏间瘟疫盛行，甚至户灭村绝。”
近代中国瘟疫大暴发是从光绪十四（1888）年、民国十（1921）年和民国二十一（1932）年。仅1888年霍乱流行，被清政府统计到的感染的市县达306处，患病者达100666人。死亡达31974人。1900--1949年，“仅仅死于鼠疫的人数就有102万。病死率89%，其中包括日本侵略军搬布鼠疫杆菌的部分受害者。”1921年，云南瘟疫流行，病名是“烂喉丹痧（猩红热兼白喉）”。“云南省长刘祖武全家传染此症，不治死亡” 。
中国古代疫情史料大体分为：25史正史文献；数量达八千余种，十万多卷的地方志；明、清皇家档案；地方档案；浩如渊海的中医著述；众多的文人笔记、日记、诗集；清代及民国的报纸刊物等。虽然欧、美及地中海沿岸的许多国家历史上都发生过不少重大的瘟疫，而中国历来重视历史文献的收集整理，为“文献名邦”，所以保存疫情史料之丰富，在世界上可以说是“举世无双”。
二、物侯异常与瘟疫的发生
中国古代从数千年和瘟疫抗争中逐渐总结出了一整套中医治瘟疫的理论系统。留下了防治瘟疫经验宝贵经验, 针对不用的瘟疫和个体病人的年龄、体质、职业、姓别等等具体情况，“辨证施治” 。创造了有不同的系列方剂，以调动病人整体免疫功能为主，平衡病人体内的虚、实、寒、热，培本固元、扶正除邪，方法灵活，效果显著。
为什么会出现瘟疫？中国古代有几乎一致的解答。
1. 物候变迁是瘟疫发生的重要原因之一，这一理论是《黄帝内经》奠定的。《黄帝内经》中的“五运六气” 是中国古代将天文、气象的变化及其影响人体发病的一种理论。《黄帝内经》更把把一年之中分为四季、十二旬、七十二候，详细记录了每一候的特点和人体生理的正常反映。如果“从其气则和，违其气则病” ，其中“天元纪大论” 、“五运行大论”、“气交变大论”等章节，将人体建康和天、地环境的运行变化作了较为系统的研究。其他古史文献都与《黄帝内经》的思路一致，如《吕氏春秋》说：“孟春行秋令，季春行夏令，仲夏行秋令，则民疾疫” 。“疠疾，气不和之疾”。《后汉书。顺帝纪》说：“上干天和，疫疠为灾”气候反常，寒暑错位是形成瘟疫环境条件的重要原因。《周礼天官》、《公羊传》等古籍都说明瘟疫流行的重要原因是气候反常。《淮南子》更明确地说：“季春…行夏令则民多疾疫”
2.东汉时期瘟疫肆虐的流行期，也是战胜温疫的中医著作出现的高峰期。治疗传染病以张仲景的《伤寒论》最为经典，共有397法，130方。此书是以气候不正为根据，也注意接触传染的防治。经过多年的经验总结，此后人们认为：瘟疫是“夫天行时异之病者，是春时应暖而反大寒，夏时应热反大凉，秋时应凉反大热，冬时应寒反大温，此非其时而有其异之气” 。这样的反常气候就易发生瘟疫。
3.明代和瘟疫抗争，出了一位医生吴有性，他在“瘟疫论”中,提出“温疫之为病，非风、非寒、非暑、非湿，乃天地间别有一种异气所感”,名曰“疠气”或“疫气”。当时虽然没有细菌和病毒的概念，但这“疠气”或“疫气”的概念已经包含有细菌和病毒的涵意。他采取治疗瘟疫的方济。对当时防治瘟疫很有效果。
4.这一看法是建立在中医物候学的基础之上。物候学是观察研究生物生长发育与环境气候条件之间相互关系的科学。生物（包括微生物）的生长发育和生命活动，除了受内部的遗传基因的影响外，也要受外部的环境因素的影响和制约。生物（包括微生物）的生息繁衍总是在特定的气候与环境（温度、湿度、气压、光波、电磁波、营养源…）条件下来实现的。物种的死亡和新物种的产生，除了内部的基因变异之处，也要受外部的气候和环境条件的影响。细菌和病毒要存活和传播都要受环境和气候的制约。物候学是生物学和气候学之间的边缘学科。
有时人的感觉器官不能精确地认识大自然的变化，但可以借助观察一些感觉器官比人更灵敏的动植物的活动来间接感知。春天燕子低飞就是下雨的征兆。在大海上一般的气压计只能提前两小时感和暴风雨的来临。但海鸟低飞使水手预知3-4小时后暴风雨的来临。水母有超常的本领能提前15小时预知暴风雨的到来。农夫听一听青哇的叫声就会知道未来的天气。中国古代从大雁、田鼠、鱼游、昆虫和许多植物的花开花落，就能感知大自然的一些因果变化。为什么一些鲸鱼会集体自杀？两千多年的《淮南子》记录说：“鲸鱼死而彗星出” 。
中国是文明古国，有悠久的物候记录历史。《诗经》中“豳风·七月”已有“七月流火，九月授衣，春日载阳，有鸣仓庚” 等物候记录。《逸周书·时训解》在原先把一年分为四季的基础上，又把一年分为七十二候，即每五天为一候。此后我们的祖先又记录了常年时每一候中，桃、李、梅、杏、海棠、芙蓉、莲、菊等植物开花结果的物候期。也记录了燕子、布谷鸟、杜鹃鸟、昆虫等的地域分布和鸣声、音节和出现的时间等。这些动植物都在一定的物候期内活动。如果超出了物候期，出现反常的活动，那就叫做物候反常。物候异常会引起水灾、旱灾、瘟疫等。在中国的物候学中又可细分为“植物物候学”、“动物物候学”和“医药物候学”等。其中古书一致认为：物候异常“春季…行夏令，则人多疾疫”
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