1679年，即清代康熙十八年，开明史馆编写《明史》，对如何确立王阳明的学术地位，参编人员议论纷纷。有人认为王阳明的学术不能代表儒学，是道学；有人则认为王阳明的学术既不是儒学，也不是道学，而是禅学。意见的不统一引发了清初学界关于“心学”与“禅学”的辩论。
“道学”之名，最早出现在南北朝道教典籍中，原来是指先秦老子创立的有关道的学说，它包括哲学的道家、宗教学的道教，也包括追求人与宇宙的自然本性相契合的内丹学。“道学”作为“理学”的别称，则见于张载《答范巽之书》。南宋末年，出现“理学”一词，后人就将“理学”与“道学”并称。在中国古代列入正史的《艺文志》或《经籍志》的学术分类中，常常以儒、道各分为类，从来没有将儒学与道学合在一起。自《史记》、《汉书》以来的官方史书都只有《儒林传》，叙述儒学发展的历史以及《六经》传受的儒林人物而无“道学传”。到了元代编写《宋史》，始立“道学传”，把邵雍、周敦颐、程颢、程颐、张载、朱熹等专讲性理之学的20余位著名理学家归入一类，作为儒学正统，于是“儒林”与“道学”分途并存，后人对此褒贬不一。当时明史馆总裁所定的体例中即仿《宋史》之例，于是有学者表示反对，认为儒学的含义比道学更为宽泛，“儒林”可以包括“道学”，所以两者应合而为一，不必沿袭《宋史》体例。此次编写《明史》，王阳明的归属问题引起各方学人的争执。如徐乾学主张宜仿《宋史》例，以程朱一派另立为“理学传”，并主张对陈献章、王守仁、湛若水等心学传播者，按照《宋史》陆九渊、杨简传例而归入《儒林传》。明史馆参与编写《明史》的馆臣中，本来就杂有学术宗旨对立的朱陆二派，对此持论并不统一。学宗程朱理学的学者认为王阳明的“心学”是一种变质的“道学”，实质上是“禅学”。也有学者认为“道学”就是异学，程朱之学不合孔孟，因此他们不是儒学；而王阳明既不属道学，当然就是儒学。
以“禅语”的形式来传授学习圣人之学的心得，这本是王阳明学说的特点。陈建批评他一生所尊信者达摩、慧能，而于孔、曾、思、孟皆有所不满。王阳明再传弟子陶望龄也认为自王阳明后，学者盛谈玄虚，遍天下皆禅。因此，被誉为王学殿军的刘宗周干脆直呼其为“阳明禅”。清初学者批评王阳明的“心学”为“禅学”，并不是简单地探讨两者的学理异同，而是明代中后期心学与禅悦之风，吸引了众多苦于沉闷空气的士大夫从内心禁锢的世界中挣脱出来，从而大胆追求尘世幸福，掀起了一股追求个性解放的思潮，这与清初重振儒家传统道德观念无疑背道而驰。因此，他们视王学为禅学，客观上是对重新确立朱学权威的社会要求的一种回应。据王士禛说，他曾与当时担任明史馆总裁的叶方蔼为此辩论再三，直至最后康熙同意了“守仁致良知之说，与朱子不相剌谬”的提法才算有了公断。既然皇帝旨意已定，一时文人学士都从正面肯定“心学”所具有的儒学性质，认为王阳明为明朝第一流人物，是古代立德、立功、立言“三不朽”的典范。
不过，清初学界之所以确认“心学”为儒学，另外还有一个重要原因，那就是当时学者对儒、佛学说的认同。王士禛在《渔洋山人文略》中谈起他与见月和尚会面时的感受说，佛学与儒学了然不殊。恽日初曾经是刘宗周的弟子，后来出家到天台山，法号“明昙”，穿着僧服讲学。但黄宗羲却认为他不是禅学，而是儒学，并引以为知己。黄宗羲当时以大儒的身份，而王士禛则以当时文坛领袖的身份，两者都确认儒释双方思想感情的一致，这就不难理解清初学人执意断定王学是儒学了。“阳明学”在清初虽已趋于颓势，但仍产生影响，并没有淡出人们的视线
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