咖啡灌肠是最容易被接受和实行的方法。其实医学界也曾经以柠檬汁、小麦草汁、芦荟或特殊的草本茶来做灌肠液，功效各有不同，结果显示咖啡是最易被接受和实行的方法。
选择以咖啡来灌肠的原因还包括：咖啡中所含的咖啡因及茶碱（theophylline）能刺激肠蠕动，扩张肠壁的血管并缓和肠炎。再加上咖啡因还能透过肠道的直接吸收，促进肝脏谷胱甘肽的活性，而达到加速排毒的效果。原本酵素是人体自己会合成的，但是体内酵素会随着年龄和饮食习惯不好而减少。谷胱甘肽为肝脏解毒和消除自由基最重要的酵素之一，它是一种抗氧化的酵素，可以避免自由基的伤害，同时帮助身体抵抗抽烟、饮酒所造成的肝损伤，也是重金属与药物的解毒剂。
原因在于，咖啡用喝的会先经过胃和小肠，咖啡中的丹宁酸会刺激胃壁，也会杀死小肠中的好菌。很多人喝咖啡会心悸，是因为咖啡成分经由胃和小肠等上消化道吸收，直接跟著血液进入脑部及心脏，才有提神效果和心悸的产生。
但是如果用灌肠的方式，让咖啡从下消化道的直肠直接灌入，咖啡中的丹宁酸可以杀死直肠中的坏菌，同时刺激大肠蠕动。而咖啡成分和茶硷也会经由肠直接吸收至 肝脏，促使迅速打开胆管，刺激肝脏分泌解毒酵素，让肝脏的解毒物质顺利排出，而达到排毒目标。咖啡灌肠是利用「肝循环」，从下消化道的直肠直接将咖啡中的 成分吸收进入肝脏，肝经过解毒之后再释放出来，因此即使经过心脏也不会产生心悸。
自腹腔干，将直接来自心脏的动脉血输入肝脏，主要供给氧气。门静脉引来消化道的静脉血接收肠道吸收进来的物质，肝脏就可以处理其中的营养物质和毒素废物，这可说是上天为人类设计的保护机制。
这个道理就像有时候病患发烧，医师会开:塞剂处方，就是因为从肛门塞入，用肠吸收药效比较快。咖啡灌肠也是经由这条「肝静脉」进行「肝循环」，将咖啡中的咖啡成分及茶硷，从肠直接吸收到肝脏，促进肝脏解读排毒。
咖啡灌肠使用的器材为细的软管，伸入直肠时较不易受伤，咖啡进入的也是下半部的部分，刺激度不算太大，其实是比较温和的方法。有很多人误解咖啡灌肠就是大肠水疗，这其实是两种完全不同的方式。大肠水疗是必须到专业医疗诊所才能进行的疗程，使用器材将水灌进肠子，再吸出来。
在进行咖啡灌肠时，肠子因为突然之间被大量的水灌入，肠内压力增加，会产生强烈的收缩反应，而发生绞痛。（咖啡灌肠因为采用滴入式，则不会发生此现象。）所以进行大肠水疗时，必须由有经验的指导教练来操作。
咖啡灌肠法，在欧美叫做替代疗法，在德国的自然疗法中心，所有病人一进来就会做咖啡灌肠，医院洗肠和咖啡灌肠不一样。
医院洗肠用的是医疗器械，是硬灌进去，而且加压的，要一个机器，而且要有执照的医师操作，在美国一定要大肠理疗师才能做，不能在家做。处理控制不好，容易有副作用。
咖啡灌肠是用咖啡来洗肠，这和一般我们讲的洗肠，大肠水疗不一样，咖啡灌肠是用滴漏式的，把有机的咖啡，用打点滴的点滴袋慢慢地滴漏到我们的直场内部来，很简单，自己能在家轻松操作，不用任何人协助你，也没有医疗风险，也不需要医疗器械，也不用去理疗那么昂贵！
大肠的主要功能是进一步吸收粪便中的水分、电解质、部分维生素和其他物质（如氨、胆汁酸等）。当我们快速的把结肠尚未成型的大便或已经成形的大便，快速的排出体外，意味着没有时间给它回收水分及回收电解质及微量的维生素，所以我们会在咖啡灌肠之后，补充身体所需水分，矿物质维生素，以及补充有益菌来维护肠道的平衡。
当然需要补充高品质天然有机植物浓缩素，例如有81年自有有机农场种植，萃取植物浓缩素的纽崔莱产品，避免合成补充剂，才能确保安全及有效吸收。优质水由益之源净水器所提供为最佳！
